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- PDB-5m8u: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 4-... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5m8u | |||||||||
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Title | PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 4-bromophenol | |||||||||
![]() | Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration anaerobic crystallisation cobalamin | |||||||||
Function / homology | ![]() tetrachloroethene reductive dehalogenase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer. Authors: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 307.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 41.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 62.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5m2gC ![]() 5m8wC ![]() 5m8xC ![]() 5m8yC ![]() 5m8zC ![]() 5m90C ![]() 5m91C ![]() 5m92C ![]() 5ma0C ![]() 5ma1C ![]() 5ma2C ![]() 5maaC ![]() 4uquS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 52164.387 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 801 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/BVQ.gif)
![](data/chem/img/BEN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/BML.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BVQ.gif)
![](data/chem/img/BEN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/BML.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-BEN / | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-BML / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 52 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 3, 2015 |
Radiation | Monochromator: Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→36.774 Å / Num. obs: 76785 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 23.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09902 / Net I/σ(I): 19.91 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.953 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / CC1/2: 0.691 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4UQU Resolution: 1.9→36.774 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / Phase error: 17.39
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→36.774 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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