PDB-5m80: Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-iPr-m7GppSp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m80

タイトル

Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-iPr-m7GppSpG mRNA 5' cap analog

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / iPr-m7GppSpG / phosphorothioate / mRNA 5' cap analog / translation

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Warminski, M. / Nowak, E. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-iPr-m7GppSpG mRNA 5' cap analog
著者: Warminski, M. / Nowak, E. / Kubacka, D. / Kowalska, J. / Nowotny, M. / Jemielity, J.

履歴

登録	2016年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m80.cif.gz	289.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m80.ent.gz	235.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m80.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5m80_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m80_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5m80_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	5m80_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m80	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1l8bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5j5y-1 5j5o-1 6gkj-2 6gkk-1 5m7v-2 6ylt-1 5m7x-1 6gkl-1 4bea-d 6ylv-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (17)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

90.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

登録者が定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

登録者が定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.237, 38.271, 146.818
Angle α, β, γ (deg.)	87.53, 95.37, 102.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit 分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物	ChemComp-7L2 / [[[(3~{a}~{R},4~{R},6~{R},6~{a}~{R})-4-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-2,2-dimethyl-3~{a},4,6,6~{a}-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-sulfanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate 分子量: 859.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₄N₁₀O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.72 % / 解説: Thin plates
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 19% PEG 10000, 0.2M CH3COONa, 0.1M TRIS pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 43091 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 1.979 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.47
反射シェル	解像度: 2.12→2.25 Å / 冗長度: 1.829 % / R_merge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.68 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L8B

1l8b

解像度: 2.12→37.29 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2583	2100	4.87 %
R_work	0.204	-	-
obs	0.2066	43088	93.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→37.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5168	0	122	321	5611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5516
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	7569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.039	3173
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	828
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	944

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1182-2.1675	0.3063	127	0.2716	2480	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1675-2.2217	0.3131	136	0.2543	2660	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2217-2.2817	0.2756	140	0.2388	2730	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2817-2.3489	0.2844	141	0.234	2757	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3489-2.4247	0.2778	141	0.2221	2749	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4247-2.5113	0.2804	144	0.2355	2823	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5113-2.6118	0.306	138	0.2257	2678	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6118-2.7307	0.2822	144	0.2197	2813	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7307-2.8746	0.2887	135	0.2091	2647	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8746-3.0546	0.2725	142	0.2052	2767	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0546-3.2903	0.2586	144	0.1908	2803	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2903-3.6212	0.2561	143	0.1815	2789	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6212-4.1446	0.221	139	0.1786	2717	X-RAY DIFFRACTION	93
4.1446-5.2195	0.2367	143	0.1738	2796	X-RAY DIFFRACTION	96
5.2195-37.2957	0.2262	143	0.2118	2779	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9301	-1.6984	-3.1191	4.6874	1.9124	7.4287	-0.0021	-0.0983	-0.1662	-0.5651	0.3342	-0.9197	-0.0767	0.7242	-0.3074	0.2481	-0.028	0.0464	0.1559	-0.1089	0.5178	49.7745	49.1041	-60.181
2	4.5385	0.2473	0.3575	0.1283	-0.1199	0.4521	-0.1266	0.0891	0.0353	-0.0292	0.054	0.272	-0.1448	-0.09	0.0642	0.1985	0.0037	-0.03	0.1222	-0.0472	0.4166	22.0729	57.7038	-53.9716
3	6.9589	-3.7952	-0.6586	2.629	1.0011	0.7981	-0.0179	-0.1195	-0.828	-0.044	-0.0679	0.2192	0.2202	-0.1318	0.1177	0.2018	-0.0381	-0.06	0.1484	-0.027	0.3995	26.9591	53.2099	-56.4876
4	3.2032	-1.7659	-2.199	5.0007	0.3582	3.1309	0.1406	0.2975	-0.1248	-0.3789	-0.1707	0.1705	-0.0796	-0.2177	0.0339	0.1637	-0.0102	-0.0582	0.1133	-0.0832	0.2336	34.4059	61.3491	-58.8376
5	0.7775	-0.0148	0.4582	5.8057	-3.162	2.3116	-0.074	-0.139	0.1641	0.3289	0.0778	0.0101	-0.2615	-0.1429	-0.0202	0.1553	0.0317	-0.0005	0.1564	-0.061	0.2913	30.4505	62.3402	-45.0426
6	1.578	0.8343	-1.059	1.3276	0.978	3.3903	-0.0611	-0.1647	-0.0802	0.1137	-0.0373	-0.2209	0.1276	0.2497	0.0812	0.1225	0.0071	-0.0584	0.1065	-0.0492	0.355	39.8881	60.6217	-47.714
7	2.1488	0.6797	0.2574	0.401	0.7399	2.3656	0.0527	-0.1572	-0.2202	0.2504	-0.0964	0.0066	-0.1035	-0.1367	0.0184	0.1951	0.0021	-0.0361	0.1339	-0.05	0.3025	31.2441	61.4009	-41.8877
8	1.9017	-0.564	-2.6644	6.5532	-1.745	6.1391	0.0861	-0.4093	0.1959	0.7776	-0.1503	-0.646	-0.006	0.8951	0.0343	0.2915	0.0008	-0.1795	0.2312	-0.067	0.3758	43.7557	62.5642	-37.7662
9	4.1564	4.7364	-1.0959	5.3915	-1.2419	5.0384	0.3706	-0.4992	0.3898	0.7179	-0.3613	0.5143	-0.2204	0.0758	0.0175	0.3646	0.0503	-0.0301	0.1778	-0.0206	0.3161	33.9087	65.456	-35.0421
10	3.6237	1.1682	-1.0842	6.8378	-1.6586	7.8834	0.0555	0.1126	-0.0194	-0.1925	0.034	-0.3887	0.779	-0.4809	-0.0733	0.6378	0.0294	-0.0166	0.1262	-0.0339	0.2923	30.6062	64.4341	-70.8485
11	2.6317	-1.0329	-0.2525	0.7772	-0.841	2.8637	0.2971	0.0561	0.4242	-0.5501	0.1673	-1.1461	-0.9196	0.6381	-0.4794	0.9296	-0.0364	0.4531	0.3939	-0.0988	0.798	50.3228	82.9878	-77.1963
12	0.2967	-0.5078	-0.1283	0.9776	-0.0005	0.5842	0.3639	0.1712	0.3948	-0.6762	0.0062	-1.0516	-0.2545	0.1766	-0.2668	0.6873	0.0701	0.2527	0.2449	-0.0603	0.6001	43.226	79.7835	-75.6035
13	0.4512	-0.7382	-0.8105	1.2055	1.3152	1.4394	0.2397	0.2276	0.0091	-0.6034	-0.3416	-0.0435	-0.2298	-0.0358	-0.0277	1.2561	0.2615	0.3503	0.3866	0.0325	0.5284	38.5127	88.8106	-86.8942
14	3.7361	0.8723	-0.6889	3.9524	1.5139	2.4153	0.1409	0.2613	-0.0259	-0.5411	-0.1186	0.0307	0.1236	-0.1205	0.0807	0.9483	0.1978	0.1292	0.2814	-0.0276	0.2769	34.3416	79.2321	-83.4398
15	3.1822	0.4227	-0.0229	3.2711	0.1504	0.0241	0.3085	0.3783	0.0832	-0.6602	-0.1374	-0.1014	-0.0839	0.0485	-0.1655	1.1864	0.1425	0.398	0.3464	0.0499	0.4532	41.2949	83.3788	-90.2529
16	3.8248	0.9821	3.5433	0.7253	0.6797	3.3935	0.0411	0.1544	-0.0071	-0.2174	0.0085	0.002	-0.0592	-0.2745	-0.0525	1.4363	0.3084	-0.0707	0.5047	0.0037	0.3589	29.8989	79.6446	-92.1846
17	3.7202	-0.919	-3.6455	0.3785	0.9887	3.6223	0.4852	-0.5095	0.7515	-0.3527	-0.1245	-0.2102	-0.3167	0.1449	-0.3659	1.1966	0.4443	0.2302	0.8245	-0.0234	0.4987	40.144	84.5926	-95.2657
18	7.38	-2.8147	3.2999	2.8437	-1.6513	4.5497	0.4173	-0.5238	-0.8377	0.0571	0.0496	-0.0757	0.563	0.0032	-0.5109	0.186	-0.0028	-0.1577	0.3002	0.0039	0.5304	64.1273	65.1678	-1.6206
19	1.8247	-2.6681	0.1497	5.0315	-0.5695	0.1992	-0.0272	-0.1013	0.4115	0.3237	-0.0741	-0.3178	-0.1166	0.062	0.1038	0.1578	-0.0315	-0.0643	0.2193	-0.0701	0.3879	51.7919	88.608	-6.5096
20	1.5176	0.6352	-0.482	1.3633	-0.7483	2.7599	-0.0432	0.0493	-0.0553	-0.0351	-0.0358	0.0292	-0.0172	-0.0865	0.0655	0.1143	0.0165	-0.0733	0.1652	-0.0614	0.3209	48.5692	76.9387	-10.9792
21	4.862	1.9856	-0.0265	3.1206	-0.3035	3.083	-0.4322	0.6561	0.1156	-0.6507	0.2965	0.0281	0.0046	-0.1311	0.117	0.2643	-0.0299	-0.0655	0.2685	-0.0476	0.1918	48.2338	74.9119	-24.5429
22	4.9178	-0.1931	-2.9956	3.0275	-3.4841	7.7185	0.2551	-0.5672	0.0649	0.4345	-0.0568	-0.1962	-0.7835	-0.0668	-0.1737	0.2497	-0.0928	-0.065	0.607	-0.1358	0.2974	45.2278	80.1778	9.1164
23	5.2056	-0.3047	0.3336	0.0237	-0.1459	2.6898	0.2393	-0.6686	-1.5037	-0.0085	-0.0086	0.1729	0.6036	-0.6938	-0.2896	0.3521	-0.119	-0.1344	0.943	0.4241	0.8943	31.7012	56.1373	15.7571
24	2.1924	-1.9119	0.5854	1.708	-0.9202	4.574	0.0942	-0.9312	-1.0589	0.0755	0.1578	0.2572	0.0771	0.0162	-0.2177	0.2001	0.0304	-0.0889	0.5354	0.0813	0.4796	35.5671	67.742	10.2119
25	5.7468	0.498	-1.1469	0.1647	-0.4666	1.3373	0.1818	-0.7609	-1.2197	0.1708	0.2116	0.2527	0.4343	-0.6792	-0.4254	0.298	-0.0856	-0.1378	0.7942	0.3712	0.7227	21.6936	62.8583	11.3721
26	2.6462	-0.6008	1.2992	0.5145	-0.46	0.9776	-0.0082	-1.1617	-0.3445	0.2634	0.0418	-0.0088	0.0365	-0.3498	-0.0531	0.2387	0.03	-0.1039	1.2753	0.2561	0.427	30.481	67.7523	22.787
27	0.9253	0.2922	-0.9625	1.7925	-1.26	1.5377	-0.0207	-0.3181	-0.0296	0.0925	0.1576	0.144	-0.0218	-0.1154	-0.1674	0.4729	-0.1051	-0.0046	1.5836	0.3343	0.4778	28.9907	64.8365	28.3072
28	0.7567	-0.0283	-2.3317	3.51	-0.8763	7.4489	-0.2156	-0.2516	-0.0048	0.3036	-0.0032	-0.0507	-0.2775	0.1869	0.1778	0.5629	0.29	-0.0308	1.767	-0.226	0.4883	30.0633	76.5478	31.3797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 56 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 95 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 96 through 125 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 126 through 156 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 157 through 172 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 173 through 186 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 187 through 217 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 31 through 42 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 43 through 55 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 56 through 104 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 105 through 125 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 126 through 155 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 156 through 174 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 175 through 187 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 188 through 201 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 31 through 42 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 43 through 66 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 67 through 161 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 162 through 217 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 31 through 42 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 43 through 56 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 57 through 78 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 79 through 88 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 89 through 156 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 157 through 172 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 173 through 188 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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