PDB-5m7z: Translation initiation factor 4E in complex with (SP)-m2(7,2'O)Gp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m7z

タイトル

Translation initiation factor 4E in complex with (SP)-m2(7,2'O)GppSepG mRNA 5' cap analog (beta-Se-ARCA D2)

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / m2(7 / 2'O)GppSepG / beta-Se-ARCA / selenophosphate / mRNA 5' cap analog / translation

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.689 Å

データ登録者

Warminski, M. / Nowak, E. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Translation initiation factor 4E in complex with (SP)-m2(7,2'O)GppSepG mRNA 5' cap analog (beta-Se-ARCA D2)
著者: Warminski, M. / Nowak, E. / Kubacka, D. / Kowalska, J. / Nowotny, M. / Jemielity, J.

履歴

登録	2016年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m7z.cif.gz	289.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m7z.ent.gz	233.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5m7z_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m7z_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5m7z_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	5m7z_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1l8bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5m7v-1 2v8x-1 5j5o-4 5m7w-2 6u06-4 6u06-1 5m80-3 4izj-5 5zk9-d 5m7x-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (17)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

91.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

登録者が定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.140, 38.140, 147.180
Angle α, β, γ (deg.)	88.28, 84.07, 76.64
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit 分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-7LO / [[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanyl-purin-7-ium-9-yl)-4-methoxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-selanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate 分子量: 880.428 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₂N₁₀O₁₇P₃Se
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.41 % / 解説: Thin plate
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 18% PEG 5000 MME, 0.2M HCOONa, 0.1M BICINE pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97957 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 88368 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.756 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.84
反射シェル	解像度: 1.69→1.73 Å / 冗長度: 3.704 % / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / CC_1/2: 0.675 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L8B

1l8b

解像度: 1.689→37.107 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2555	2080	2.35 %
R_work	0.2186	-	-
obs	0.2195	88362	98.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.689→37.107 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5114	0	115	434	5663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5431
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	7428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.798	3151
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	935

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6892-1.7285	0.2863	135	0.2782	5586	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7285-1.7718	0.2941	135	0.2637	5617	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7718-1.8197	0.3072	143	0.2551	5898	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8197-1.8732	0.317	135	0.2501	5625	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8732-1.9337	0.2643	139	0.25	5742	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9337-2.0028	0.2425	139	0.224	5762	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0028-2.0829	0.2596	137	0.2228	5690	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0829-2.1777	0.2637	138	0.2197	5749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1777-2.2925	0.2836	141	0.222	5819	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2925-2.4361	0.2724	139	0.2233	5794	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4361-2.6242	0.2474	140	0.2234	5815	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6242-2.8882	0.2753	141	0.2214	5814	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8882-3.3059	0.237	140	0.2119	5821	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3059-4.1642	0.2229	140	0.1908	5796	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1642-37.1162	0.2519	138	0.2148	5754	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2573	3.1305	5.2506	7.792	3.5321	9.6019	0.0628	0.2568	-0.4133	0.5582	0.3172	-1.1126	-0.02	0.8424	-0.3578	0.27	-0.0479	-0.0331	0.1564	-0.0634	0.4122	-46.8687	78.5399	-1.6923
2	6.2169	-1.166	0.0352	0.2804	-0.1357	0.2712	0.0094	-0.2058	-0.0443	0.0722	-0.077	0.1767	-0.035	-0.0949	0.0499	0.1886	0.0026	0.0157	0.1111	-0.0523	0.2294	-72.7513	71.4774	-6.7367
3	3.1973	1.7499	1.5501	4.7975	-0.0512	2.4106	0.1222	-0.2018	0.0138	0.34	-0.1156	-0.0528	0.1285	-0.0734	0.001	0.1887	0.0226	0.0255	0.0775	-0.0627	0.1687	-61.9619	66.2877	-2.9192
4	7.8388	1.5196	1.9714	6.9894	0.4492	4.2842	-0.043	0.094	0.6365	-0.385	-0.0618	0.2601	-0.7123	-0.3046	0.1264	0.2248	0.0595	0.0285	0.0936	-0.0149	0.2163	-68.1786	77.8226	-18.8335
5	0.5062	-0.6878	0.4153	1.7778	-0.6657	1.2897	0.0268	0.0412	-0.1818	-0.2232	-0.0589	-0.0728	0.4324	-0.0275	0.0151	0.2902	0.0335	0.026	0.1298	-0.0526	0.213	-60.6325	58.4647	-13.2043
6	2.3327	-1.6309	1.1353	2.9224	1.476	3.4451	0.1244	0.3848	0.4842	-0.3926	-0.1471	-0.415	-0.2623	0.3939	-0.017	0.2127	0.0555	0.0634	0.1222	0.0313	0.2562	-55.3493	71.643	-17.9189
7	2.7772	-0.3377	-0.8201	1.6605	0.5399	2.6527	0.2322	0.5054	-0.0702	-0.5603	-0.1259	-0.1742	0.1025	0.1151	-0.1046	0.332	0.1001	0.0686	0.1873	-0.0349	0.204	-59.1888	65.6219	-22.3075
8	2.0855	1.1654	1.5694	1.041	-0.3526	5.0598	-0.0965	0.6675	-0.9815	-0.7642	0.0588	-0.1177	0.172	0.1964	0.0514	0.4593	0.141	0.0845	0.2636	-0.1273	0.3112	-55.0634	53.4286	-22.7566
9	3.7681	-3.0258	-2.3606	3.9342	2.1635	3.0288	0.1842	0.678	-0.3636	-0.3732	-0.4964	0.2589	0.1387	-0.2738	0.2965	0.4509	0.0939	0.0505	0.2455	-0.0677	0.18	-66.238	66.1368	-28.0538
10	5.4356	2.4463	-2.9514	3.4218	-3.819	4.3515	0.3971	0.3323	0.876	0.1406	-0.1323	0.1542	-0.5751	0.148	-0.2421	0.1907	-0.013	0.0738	0.243	0.0418	0.3803	-33.4124	61.0086	-60.4468
11	0.5864	2.0202	-0.0505	8.4479	-0.7904	0.3302	-0.048	0.0367	-0.0986	-0.2033	0.0264	0.2887	0.1533	0.0431	0.0425	0.139	0.0284	0.0642	0.1444	-0.0309	0.2487	-47.8492	36.7455	-54.3591
12	2.2906	2.6954	-1.327	4.9007	-2.3783	1.2506	-0.1149	0.3197	-0.1888	-0.3139	-0.0123	-0.451	0.207	-0.024	0.0913	0.147	0.0182	0.0612	0.2026	-0.0211	0.1887	-42.9186	49.7113	-60.4252
13	3.0309	-0.6332	-0.2744	1.8569	-0.1684	1.9988	-0.1947	-0.2231	-0.0335	0.2457	0.1352	0.1028	-0.027	-0.1494	0.0673	0.1243	0.0555	0.052	0.1491	-0.0222	0.1538	-49.0263	49.0062	-47.6324
14	0.5168	-0.3383	-0.3062	1.3717	0.2686	1.1474	-0.1884	-0.3221	0.0032	0.3626	0.1614	0.0691	0.0333	-0.0009	-0.0404	0.3729	0.2397	0.0639	0.388	-0.1175	0.1909	-50.5449	53.1707	-36.534
15	2.1621	-2.1078	1.2687	5.5165	-4.6714	4.8563	-0.114	0.0731	0.0675	-0.3175	0.0674	-0.173	0.4357	-0.1602	0.0736	0.1529	0.0103	0.0456	0.6229	-0.0663	0.1795	-52.5112	47.9319	-72.0593
16	1.9399	0.6699	-0.4989	0.2707	-0.3415	0.8579	0.1222	0.59	0.9501	-0.0915	0.1813	0.2842	-0.2734	-0.324	-0.2541	0.2491	-0.021	0.0586	0.6684	0.3551	0.662	-63.5252	69.1781	-76.5936
17	0.691	-0.1068	0.4126	0.3559	-0.4006	0.5956	0.0327	0.7872	0.4925	-0.1288	0.1242	0.1499	-0.1208	-0.1397	-0.092	0.1607	0.0022	0.0621	0.7073	0.2041	0.3624	-66.9618	60.3286	-76.5343
18	6.5175	0.7022	-1.1505	0.6558	0.3079	0.5254	0.0548	0.5482	0.2424	-0.094	0.1874	0.204	-0.0998	-0.2027	-0.1736	0.2058	-0.0612	0.0039	0.9187	0.0868	0.2733	-74.396	54.6157	-80.652
19	3.2576	0.0066	-1.3839	1.1382	-0.0881	0.5929	-0.0239	0.4139	-0.0281	-0.2565	0.0844	-0.2504	-0.0569	0.3586	0.2178	0.3206	-0.0807	0.0802	1.023	0.1448	0.3146	-61.9151	55.0136	-87.2107
20	0.6134	0.0612	-0.3461	0.9162	0.0194	0.4324	-0.0843	0.6893	0.0377	-0.093	0.1468	0.0603	0.0533	-0.1178	-0.0138	0.3114	-0.089	-0.0242	1.3462	0.1637	0.342	-70.2672	55.446	-90.7274
21	3.6886	-3.5739	2.1026	5.4833	-2.733	3.134	0.0739	-0.148	0.0441	0.042	0.0329	0.0306	-0.1599	-0.1286	-0.0597	0.5868	-0.0458	-0.0212	0.1297	-0.0359	0.2249	-64.1332	62.5628	10.3062
22	1.3024	0.7522	1.0201	1.2339	0.1457	1.0448	0.316	-0.0042	-0.5639	0.755	0.105	-0.9732	0.6609	0.3063	-0.4341	0.6845	-0.0772	-0.3633	0.3092	-0.062	0.7066	-45.5855	44.6229	15.5397
23	0.2731	0.6379	0.1541	1.5153	0.3191	0.4397	0.2076	-0.0778	-0.2431	0.3325	-0.0211	-0.5533	0.0829	0.1293	-0.0992	0.5037	-0.0918	-0.1948	0.1443	-0.0204	0.4068	-54.8363	46.9517	11.8423
24	0.0341	-0.0279	0.0991	0.0214	-0.0767	0.2838	0.1033	-0.0547	-0.1281	0.3161	-0.127	-0.2861	0.1253	0.0855	-0.0912	0.9526	-0.2769	-0.3692	0.3799	0.1012	0.4954	-54.0631	43.1277	24.6076
25	2.8784	0.4923	0.7142	2.3291	0.3103	1.1633	0.1831	-0.2296	0.1343	0.3228	-0.0893	-0.0153	-0.0711	-0.0445	0.1837	0.7796	-0.2354	-0.1718	0.2375	-0.0022	0.2676	-61.7828	48.5153	21.9462
26	0.85	-0.0884	0.3495	0.2932	0.3092	0.6314	0.1337	-0.1866	-0.0359	0.4836	-0.1489	-0.0994	0.1281	-0.1265	-0.0466	1.0954	-0.3516	-0.2383	0.438	0.1133	0.342	-60.2724	45.6797	29.8387

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 110 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 111 through 138 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 139 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 186 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 187 through 194 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 195 through 217 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 32 through 42 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 43 through 56 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 57 through 78 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 79 through 172 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 173 through 217 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 32 through 42 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 43 through 66 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 67 through 118 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 119 through 138 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 139 through 156 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 157 through 191 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 33 through 42 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 43 through 56 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 57 through 95 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 96 through 125 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 126 through 156 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 157 through 190 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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