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- PDB-5m7u: Structure of human O-GlcNAc hydrolase with new iminocyclitol type... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m7u
タイトルStructure of human O-GlcNAc hydrolase with new iminocyclitol type inhibitor
要素Protein O-GlcNAcase
キーワードHYDROLASE / human glycoside hydrolase / GlcNAc
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoprotein metabolic process / hyalurononglucosaminidase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / glycoprotein catabolic process / protein O-linked glycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / identical protein binding ...glycoprotein metabolic process / hyalurononglucosaminidase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / glycoprotein catabolic process / protein O-linked glycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Acyl-CoA N-acyltransferase / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XHA / Protein O-GlcNAcase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Roth, C. / Chan, S. / Offen, W.A. / Hemsworth, G.R. / Willems, L.I. / King, D. / Varghese, V. / Britton, R. / Vocadlo, D.J. / Davies, G.J.
資金援助 英国, カナダ, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K003836/1 英国
Canadian Institutes for Health ResearchMOP-123341 カナダ
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional insight into human O-GlcNAcase.
著者: Roth, C. / Chan, S. / Offen, W.A. / Hemsworth, G.R. / Willems, L.I. / King, D.T. / Varghese, V. / Britton, R. / Vocadlo, D.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein O-GlcNAcase
B: Protein O-GlcNAcase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,8234
ポリマ－206,0422
非ポリマー7812
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area35240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.230, 101.230, 284.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Protein O-GlcNAcase / OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma- ...OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma-expressed antigen 5 / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase / Nuclear cytoplasmic O-GlcNAcase and acetyltransferase / NCOAT


分子量: 103020.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGEA5, HEXC, KIAA0679, MEA5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: O60502, protein O-GlcNAcase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-XHA / 2-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)-1-[3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propyl]pyrrolidin-2-yl]-~{N}-methyl-ethanamide


分子量: 390.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H25F3N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1-0.2 M tri Ammonium citrate pH 7.5 16-20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→95.56 Å / Num. obs: 66853 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 2.697 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.58 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5m7r

5m7r


解像度: 2.3→95.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.179
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 1991 3 %RANDOM
Rwork0.2001 ---
obs0.2009 66741 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 188.5 Å2 / Biso mean: 80.1799 Å2 / Biso min: 41.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20 Å20 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---2.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→95.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7334 0 54 47 7435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.95310320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.6252.98616403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1865886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75823.496369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.619151292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4521547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7414.2323574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7414.2323573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7586.3354450
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 146 -
Rwork0.34 4698 -
all-4844 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.06750.1308-0.23873.2602-0.53052.6689-0.0412-0.3239-0.43550.41690.00860.31630.3532-0.07920.03270.1841-0.04520.1430.06820.05690.4813-14.21-13.37738.45
23.568-0.87561.1946.9168-1.53372.9965-0.07660.1931-0.08780.10670.17751.0308-0.1027-0.5431-0.1010.119-0.06880.14280.27960.050.6077-28.927-7.60330.399
34.30910.6694-0.15761.9396-0.03451.030.0849-0.80550.39590.7044-0.07950.1944-0.12130.1207-0.00530.4005-0.02640.07180.2542-0.04080.3577-4.9433.64446.802
413.36-5.23470.64049.7569-0.38695.3119-0.469-1.15461.39040.90310.5218-0.7547-0.44420.1072-0.05270.4075-0.0332-0.00730.3624-0.08690.51520.57619.12829.86
53.0161-0.47310.6312.4805-0.28142.12550.02680.1891-0.19790.04170.0061-0.59880.05350.5199-0.03280.0070.013-0.04770.131-0.0180.415322.86-4.98421.867
69.15063.5421-5.41884.7663-2.41898.216-0.68790.7201-0.5713-0.7050.4414-0.24950.4333-0.32560.24660.19960.0162-0.04440.2302-0.0470.25261.122-0.0837.435
72.6978-0.0916-0.45912.31760.20531.92970.07710.10790.7511-0.0111-0.01210.7008-0.5533-0.4977-0.0650.21160.0925-0.01370.1810.05530.6269-10.3414.39320.501
82.08360.38333.63250.44911.12897.0546-0.32380.41640.55090.2232-0.1481-0.1252-0.44240.36090.47190.5709-0.10310.01760.42910.09351.0772-1.80517.6839.512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A59 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2A138 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3A185 - 680
4X-RAY DIFFRACTION4A681 - 695
5X-RAY DIFFRACTION5B59 - 335
6X-RAY DIFFRACTION6B336 - 538
7X-RAY DIFFRACTION7B539 - 663
8X-RAY DIFFRACTION8B664 - 695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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