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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m6z | ||||||
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タイトル | The X-ray structure of human M189I PGK-1 mutant in partially closed conformation | ||||||
![]() | Phosphoglycerate kinase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / human phosphoglycerate kinase 1 / M189I SNP -derived mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / plasminogen activation / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis ...Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / plasminogen activation / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / cellular response to hypoxia / membrane raft / phosphorylation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ilari, A. / Fiorillo, A. / Petrosino, M. / Cipollone, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The phosphoglycerate kinase 1 variants found in carcinoma cells display different catalytic activity and conformational stability compared to the native enzyme. 著者: Fiorillo, A. / Petrosino, M. / Ilari, A. / Pasquo, A. / Cipollone, A. / Maggi, M. / Chiaraluce, R. / Consalvi, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 781 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 782.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 44523.387 Da / 分子数: 1 / 変異: M189I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 205分子 ![](data/chem/img/3PG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-3PG / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.51 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 2.5 M Na//KPO4, pH=8.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.872899 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→60 Å / Num. obs: 42601 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.26 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15.08 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.77 Å / 冗長度: 4.18 % / Rmerge(I) obs: 0.675 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / CC1/2: 0.59 / % possible all: 94.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ZGV 解像度: 1.67→53.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.867 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.804 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.67→53.06 Å
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拘束条件 |
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