PDB-5m6r: Human porphobilinogen deaminase in complex with reaction intermediate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m6r

タイトル

Human porphobilinogen deaminase in complex with reaction intermediate

要素

Porphobilinogen deaminase

キーワード

TRANSFERASE / Porphobilinogen deaminase / heme biosynthesis / porphyria / HMBS

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / heme O biosynthetic process / heme B biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Pluta, P. / Millet, O. / Roversi, P. / Rojas, A.L. / Gu, S.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Structural basis of pyrrole polymerization in human porphobilinogen deaminase.
著者: Pluta, P. / Roversi, P. / Bernardo-Seisdedos, G. / Rojas, A.L. / Cooper, J.B. / Gu, S. / Pickersgill, R.W. / Millet, O.

履歴

登録	2016年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.2	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m6r.cif.gz	538.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m6r.ent.gz	448 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m6r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m6r_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m6r_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5m6r_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	5m6r_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m6r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m7fC 3ecrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kk4-1 6vhz-2 2i6y-d 3pcs-4 6yg1-3 4w8d-d 4gw2-d 2izu-d 4j98-1 6cav-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Porphobilinogen deaminase

B: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

87.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.910, 81.200, 79.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Porphobilinogen deaminase / PBG-D / Hydroxymethylbilane synthase / HMBS / Pre-uroporphyrinogen synthase 分子量: 42718.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMBS, PBGD, UPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08397, hydroxymethylbilane synthase
#2: 化合物	ChemComp-7J8 / 3-[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-5-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid 分子量: 838.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₄₆N₄O₁₆
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 % / 解説: Plates
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.1 M Na HEPES pH 7.2, 0.9 M Na dihydrogen phosphate/0.9 M K dihydrogen phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972422 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→81.2 Å / Num. obs: 22971 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 62.83 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.73→2.78 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 1.377 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC_1/2: 0.655 / % possible all: 65.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS	VERSION May 1, 2016	データ削減
Aimless	version 0.5.23	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ECR

3ecr

解像度: 2.73→56.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.883 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.822 / SU R_free Blow DPI: 0.317

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1104	4.9 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.2	22510	95.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.3736 Å²	0 Å²	-47.0689 Å²
2-	-	32.3634 Å²	0 Å²
3-	-	-	-18.9898 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.46 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.73→56.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5099	0	150	29	5278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	10665	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.14	19364	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2414	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		132	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1663	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10665	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.18
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.7
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		687	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		11840	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.73→2.86 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	127	5.22 %
R_work	0.239	2306	-
all	0.241	2433	-
obs	-	-	77.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1377	-0.5325	-1.4042	3.4544	0.019	1.9639	-0.2162	0.296	-0.3389	-0.0234	0.0105	0.4829	0.1171	-0.4124	0.2057	-0.1366	-0.04	0.244	-0.3854	-0.0635	-0.0125	-15.2439	0.8914	2.1699
2	2.1768	0.0767	-2.2414	3.1626	0.2005	3.5809	0.2093	0.2053	0.1627	0.2536	0.0322	0.4156	-0.2817	-0.2356	-0.2415	-0.1177	0.0523	0.3332	-0.4977	0.0424	0.0423	-32.9844	26.072	25.703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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