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- PDB-5m6q: Crystal Structure of Kutzneria albida transglutaminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m6q
タイトルCrystal Structure of Kutzneria albida transglutaminase
要素Uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE / MTGASE / ZYMOGEN / PRO-ENZYME / CROSS-LINKING / ACYLTRANSFERASE
機能・相同性Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase superfamily / Microbial transglutaminase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Kutzneria albida DSM 43870 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Steffen, W. / Benz, J. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a microbial transglutaminase enabling highly site-specific labeling of proteins.
著者: Steffen, W. / Ko, F.C. / Patel, J. / Lyamichev, V. / Albert, T.J. / Benz, J. / Rudolph, M.G. / Bergmann, F. / Streidl, T. / Kratzsch, P. / Boenitz-Dulat, M. / Oelschlaegel, T. / Schraeml, M.
履歴
登録2016年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,22010
ポリマ－52,9792
非ポリマー1,2418
水7,530418
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3056
ポリマ－26,4891
非ポリマー8155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9154
ポリマ－26,4891
非ポリマー4263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.870, 106.870, 56.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 26489.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kutzneria albida DSM 43870 (バクテリア)
遺伝子: KALB_7456 / プラスミド: based on pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: W5WHY8
#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium tartrate, 20% PEG 3350 / PH範囲: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→47.96 Å / Num. obs: 49849 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.91 % / Biso Wilson estimate: 35.381 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 7.41
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2% possible all
1.98-2.034.61.5291.060.30199.8
2.03-2.091.3681.290.39999.9
2.09-2.151.2061.540.477100
2.15-2.210.9921.950.62199.9
2.21-2.290.8422.460.747100
2.29-2.370.6733.150.833100
2.37-2.460.5753.810.8799.9
2.46-2.560.4554.620.89899.8
2.56-2.670.3935.440.92399.8
2.67-2.80.326.720.958100
2.8-2.950.258.220.971100
2.95-3.130.18710.170.98100
3.13-3.350.13712.470.988100
3.35-3.620.10414.910.99199.7
3.62-3.960.08416.960.99399
3.96-4.430.07220.380.995100
4.43-5.110.06921.030.995100
5.11-6.260.0719.280.99599.9
6.26-8.860.05221.970.99799.9
8.860.0427.720.99799.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3iu0

3iu0


解像度: 1.98→46.276 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 2419 4.85 %
Rwork0.1827 --
obs0.1849 49828 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.4 Å2 / Biso mean: 33.3266 Å2 / Biso min: 15.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→46.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3744 0 75 422 4241
Biso mean--51.75 38.51 -
残基数----450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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