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- PDB-5m6d: Streptococcus pneumoniae Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m6d
タイトルStreptococcus pneumoniae Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (SpGAPDH) crystal structure
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GAPDH / host/pathogen / plasminogen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gaboriaud, C. / Moreau, C.P. / Di Guilmi, A.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-02 フランス
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Deciphering Key Residues Involved in the Virulence-promoting Interactions between Streptococcus pneumoniae and Human Plasminogen.
著者: Moreau, C. / Terrasse, R. / Thielens, N.M. / Vernet, T. / Gaboriaud, C. / Di Guilmi, A.M.
履歴
登録2016年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.52024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,38810
ポリマ－76,8812
非ポリマー5078
水4,288238
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,77620
ポリマ－153,7614
非ポリマー1,01516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area17300 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area47630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.041, 130.237, 79.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 38440.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The active site cystein is oxidized, this why there seems to be a mismatch between sequence and coordinates, but this is not the case
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: gapdh, gap, gapA, gapA_3, ERS003549_02320, ERS019166_02194, ERS019420_02001, ERS019499_02096, ERS020135_02122, ERS020141_02006, ERS020142_02114, ERS020143_02138, ERS020145_02042, ERS020146_ ...遺伝子: gapdh, gap, gapA, gapA_3, ERS003549_02320, ERS019166_02194, ERS019420_02001, ERS019499_02096, ERS020135_02122, ERS020141_02006, ERS020142_02114, ERS020143_02138, ERS020145_02042, ERS020146_02116, ERS020147_02108, ERS020151_01255, ERS020155_02130, ERS020157_02177, ERS020178_05802, ERS020520_01871, ERS020522_01677, ERS020523_02061, ERS020524_02058, ERS020526_04928, ERS020526_06565, ERS020527_02055, ERS020531_01991, ERS020539_02263, ERS020541_02011, ERS020726_03159, ERS020822_04318, ERS020831_02217, ERS020873_02164, ERS020881_02198, ERS021047_02054, ERS021354_07537, ERS021360_02109, ERS021447_07389, ERS022199_02215, ERS022232_07453, ERS096208_02293, ERS232497_02152, ERS367628_02144, ERS367811_01576, ERS394170_00349, ERS409165_02221, ERS409372_02114, ERS409444_01606, ERS455085_02183, ERS515225_02154, SpnNT_02067
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL
参照: UniProt: I6L8L9, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

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非ポリマー , 5種, 246分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 6000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M ADA, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 48531 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 15.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LVF

3lvf


解像度: 2→40.516 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 2466 5.1 %
Rwork0.1953 --
obs0.1963 48379 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.516 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5136 0 29 238 5403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.887258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7753208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03850.32661560.31092522X-RAY DIFFRACTION99
2.0385-2.08010.3521440.29492541X-RAY DIFFRACTION100
2.0801-2.12530.28461230.27022564X-RAY DIFFRACTION100
2.1253-2.17480.32181300.2692517X-RAY DIFFRACTION100
2.1748-2.22910.26221200.24282549X-RAY DIFFRACTION99
2.2291-2.28940.2431390.25342536X-RAY DIFFRACTION99
2.2894-2.35680.27851300.23362540X-RAY DIFFRACTION100
2.3568-2.43280.20471340.23062574X-RAY DIFFRACTION100
2.4328-2.51980.25751400.22422530X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.62060.24241590.22362539X-RAY DIFFRACTION100
2.6206-2.73990.23321410.20872546X-RAY DIFFRACTION100
2.7399-2.88430.22591400.20852542X-RAY DIFFRACTION100
2.8843-3.0650.21941520.19912557X-RAY DIFFRACTION100
3.065-3.30150.22011330.19342539X-RAY DIFFRACTION100
3.3015-3.63360.21811230.18262583X-RAY DIFFRACTION100
3.6336-4.15890.17791530.16972548X-RAY DIFFRACTION100
4.1589-5.2380.17221200.14622575X-RAY DIFFRACTION100
5.238-100.17171290.16842611X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68392.39630.92083.70640.73322.0932-0.12110.0683-0.5065-0.24390.08950.14450.4954-0.19070.07420.4702-0.05880.12560.3744-0.15760.84247.24551.361122.4391
21.14970.1515-0.7061.3251.4855.5177-0.12540.2213-0.321-0.0543-0.12520.60790.1679-0.56080.21260.3602-0.03620.09510.3937-0.11130.9518-5.662756.977726.3002
33.63791.6487-1.69192.9068-0.62251.1073-0.35490.6007-0.5569-0.16620.07370.76370.1205-0.53550.20850.2084-0.00460.01920.3402-0.06550.48172.83677.350934.4121
41.78240.35180.01432.0520.13580.9837-0.2387-0.1841-0.84260.29110.00860.40220.2475-0.17890.21240.32960.01890.21290.31470.06150.67921.652965.079845.1114
52.356-0.7567-1.71432.41360.37022.30850.0874-1.5440.470.77810.119-0.4397-0.41121.1585-0.23620.6268-0.0937-0.09151.0019-0.15190.368126.120597.713756.7134
62.6337-1.1151-2.79852.87561.63582.7236-0.2408-1.0144-0.66140.87940.13520.28860.02760.44020.08530.38890.06230.09190.41590.13170.294216.374676.593552.0992
72.7077-0.1814-0.66252.27670.13361.5855-0.0231-0.4487-0.03690.50120.02090.4101-0.1348-0.02060.01820.32420.04890.07830.30150.02660.22865.66588.837650.2136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 87 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 186 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 187 through 219 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 220 through 355 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 22 through 186 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 187 through 219 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 220 through 355 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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