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- PDB-5m5g: Crystal structure of the Chaetomium Thermophilum polycomb repress... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m5g
タイトルCrystal structure of the Chaetomium Thermophilum polycomb repressive complex 2 (PRC2)
要素
  • Fragment from molecular 2 (region containing putative polycomb protein Suz12)
  • HISTONE H3 11-Mer peptide
  • Putative uncharacterized protein
  • putative polycomb protein EED
キーワードTRANSFERASE / REPRESSIVE / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / histone H3K27 methyltransferase activity / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes ...[histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / histone H3K27 methyltransferase activity / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / methylation / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
EZH2, N-terminal domain / MCSS domain / : / : / Fungal MCSS domain / EZH2 N-terminal domain / Fungal polycomb repressive complex 2, Ezh2-like, preSET CXC domain / Polycomb protein EED insertion domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein ...EZH2, N-terminal domain / MCSS domain / : / : / Fungal MCSS domain / EZH2 N-terminal domain / Fungal polycomb repressive complex 2, Ezh2-like, preSET CXC domain / Polycomb protein EED insertion domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Polycomb protein SUZ12 / Polycomb protein EED / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Zhang, Y. / Justin, N. / Wilson, J. / Gamblin, S.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Comment on "Structural basis of histone H3K27 trimethylation by an active polycomb repressive complex 2".
著者: Zhang, Y. / Justin, N. / Wilson, J.R. / Gamblin, S.J.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural Basis Of Histone H3K27 Trimethylation By An Active Polycomb Repressive Complex 2.
著者: Jiao, L. / Liu, X.
履歴
登録2016年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative polycomb protein EED
B: Putative uncharacterized protein
D: HISTONE H3 11-Mer peptide
E: Fragment from molecular 2 (region containing putative polycomb protein Suz12)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,87113
ポリマ－174,9634
非ポリマー9089
水9,512528
1
A: putative polycomb protein EED
D: HISTONE H3 11-Mer peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1682
ポリマ－67,1682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area22240 Å2
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein
E: Fragment from molecular 2 (region containing putative polycomb protein Suz12)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,70311
ポリマ－107,7962
非ポリマー9089
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area45600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.554, 74.612, 128.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 putative polycomb protein EED


分子量: 66021.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0029920 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G0S8H7
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 106869.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0053230 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G0SDW4

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 DE

#3: タンパク質・ペプチド HISTONE H3 11-Mer peptide


分子量: 1146.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド Fragment from molecular 2 (region containing putative polycomb protein Suz12)


分子量: 926.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G0RYC6*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 537分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 5CH1
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 15% PEG4000, 175mM ammonium citrate, pH 7.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211.063
シンクロトロンAPS 19-ID20.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2015年2月4日
ADSC QUANTUM 3152CCD2015年3月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0631
20.9791
反射解像度: 2.27→45.84 Å / Num. obs: 58693 / % possible obs: 90.69 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 1.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.27→45.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.612 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22146 3147 5.1 %RANDOM
Rwork0.17088 ---
obs0.17343 58693 90.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.147 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0 Å20.19 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→45.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10331 0 34 528 10893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01910648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.721.95914416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0373.00222997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.57651273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6923.495515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.235151753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6561586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3873.825159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3853.8195158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1575.6926407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1565.6926408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0924.2985489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0914.2995490
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5546.258010
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.98630.09611769
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.98630.09811769
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.329 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 124 -
Rwork0.231 2468 -
obs--51.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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