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- PDB-5m4z: Crystal structure of the complex of T.spiralis thymidylate syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m4z
タイトルCrystal structure of the complex of T.spiralis thymidylate synthase with N(4)-hydroxy-2'-deoxycytidine-5'-monophosphate, crystallized in the presence of N(5,10)-methylenetetrahydrofolate
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / enzyme-inhibitor complex / high-resolution structure / anticancer target
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7K8 / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichinella spiralis (せんもうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.179 Å
データ登録者Wilk, P. / Maj, P. / Jarmula, A. / Dowiercial, A. / Rode, W.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Molecular Mechanism of Thymidylate Synthase Inhibition by N 4 -Hydroxy-dCMP in View of Spectrophotometric and Crystallographic Studies.
著者: Maj, P. / Jarmula, A. / Wilk, P. / Prokopowicz, M. / Rypniewski, W. / Zielinski, Z. / Dowiercial, A. / Bzowska, A. / Rode, W.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5929
ポリマ－74,4812
非ポリマー1,1117
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.290, 52.780, 63.920
Angle α, β, γ (deg.)72.470, 68.030, 61.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase


分子量: 37240.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichinella spiralis (せんもうちゅう)
遺伝子: ts, Tsp_03568 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NDD3, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-7K8 / [(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[(4~{E})-4-hydroxyimino-2-oxidanylidene-1,3-diazinan-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 325.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O8P
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 0.1M NaF pH 7.1, 19% PEG 3350, 0.02% NaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.179→28.092 Å / Num. obs: 172936 / % possible obs: 97.41 % / 冗長度: 3.61 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 16.43
反射 シェル解像度: 1.179→1.21 Å / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4g9u

4g9u
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.179→28.092 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 17.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1511 1816 1.05 %
Rwork0.1377 --
obs0.1379 172936 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.28 Å2 / Biso mean: 23.8067 Å2 / Biso min: 8.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.179→28.092 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4676 0 125 291 5092
Biso mean--31.51 32.66 -
残基数----573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084943
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0866699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2621889
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1791-1.21090.28361270.2812118981202589
1.2109-1.24660.24741360.2396128621299895
1.2466-1.28680.24691400.211131681330897
1.2868-1.33280.19961390.1868131001323997
1.3328-1.38620.17611400.1703132171335798
1.3862-1.44930.1841400.1535131831332398
1.4493-1.52570.14511400.1325132141335498
1.5257-1.62120.15971420.1201133421348499
1.6212-1.74640.15131420.1163133811352399
1.7464-1.92210.10711420.1077134161355899
1.9221-2.20010.11391430.1097134611360499
2.2001-2.77160.14981430.12361343713580100
2.7716-28.10030.14791420.1424134411358399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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