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- PDB-5m4y: Crystal structure of the Sec3/Sso2 complex at 2.20 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m4y
タイトルCrystal structure of the Sec3/Sso2 complex at 2.20 angstrom resolution
要素
  • Exocyst complex component SEC3
  • Protein SSO2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / exocyst / Sec3 / Sso2
機能・相同性
機能・相同性情報


Disinhibition of SNARE formation / vesicle fusion to plasma membrane / exocyst assembly / ascospore-type prospore assembly / exocyst localization / endoplasmic reticulum inheritance / Golgi vesicle fusion to target membrane / exocyst / trans-Golgi Network Vesicle Budding / prospore membrane ...Disinhibition of SNARE formation / vesicle fusion to plasma membrane / exocyst assembly / ascospore-type prospore assembly / exocyst localization / endoplasmic reticulum inheritance / Golgi vesicle fusion to target membrane / exocyst / trans-Golgi Network Vesicle Budding / prospore membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / incipient cellular bud site / vesicle fusion / cellular bud tip / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / Golgi to plasma membrane transport / phosphatidic acid binding / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / exocytosis / endomembrane system / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / small GTPase binding / protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PH-domain like - #90 / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Syntaxin ...PH-domain like - #90 / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / PH-domain like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Exocyst complex component SEC3 / Protein SSO2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, Y.B. / Dong, G.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP24929-B21 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Sec3 promotes the initial binary t-SNARE complex assembly and membrane fusion.
著者: Yue, P. / Zhang, Y. / Mei, K. / Wang, S. / Lesigang, J. / Zhu, Y. / Dong, G. / Guo, W.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年10月16日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / reflns_shell / Item: _atom_site.occupancy
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SSO2
B: Exocyst complex component SEC3
C: Protein SSO2
D: Exocyst complex component SEC3
E: Protein SSO2
F: Exocyst complex component SEC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,8147
ポリマ－158,7226
非ポリマー921
水5,855325
1
A: Protein SSO2
B: Exocyst complex component SEC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9072
ポリマ－52,9072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protein SSO2
D: Exocyst complex component SEC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9993
ポリマ－52,9072
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Protein SSO2
F: Exocyst complex component SEC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9072
ポリマ－52,9072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.145, 135.803, 185.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-476-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein SSO2


分子量: 24394.135 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SSO2, YMR183C, YM8010.13C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39926
#2: タンパク質 Exocyst complex component SEC3 / Protein PSL1


分子量: 28513.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SEC3, PSL1, YER008C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33332
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.2 M NaCl, and 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 62754 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 13.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A58, 1IFO

3a58

1ifo


解像度: 2.2→19.978 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 1735 2.67 %
Rwork0.2286 --
obs0.2295 64891 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8680 0 6 325 9011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42211872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2875488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021559
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.26470.36421420.34755193X-RAY DIFFRACTION100
2.2647-2.33770.29831440.31975203X-RAY DIFFRACTION100
2.3377-2.42110.32151440.30245241X-RAY DIFFRACTION100
2.4211-2.51780.31481430.2955214X-RAY DIFFRACTION100
2.5178-2.63220.34181430.28855204X-RAY DIFFRACTION100
2.6322-2.77060.31091450.295243X-RAY DIFFRACTION100
2.7706-2.94370.32781430.26645227X-RAY DIFFRACTION100
2.9437-3.17020.31391450.26165246X-RAY DIFFRACTION100
3.1702-3.48770.27561460.23085295X-RAY DIFFRACTION100
3.4877-3.98880.24941450.20345281X-RAY DIFFRACTION100
3.9888-5.01240.21111470.17745348X-RAY DIFFRACTION100
5.0124-19.97870.21451480.19495461X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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