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万見
- PDB-5m4u: ORTHORHOMBIC COMPLEX STRUCTURE OF HUMAN PROTEIN KINASE CK2 CATALY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m4u
タイトルORTHORHOMBIC COMPLEX STRUCTURE OF HUMAN PROTEIN KINASE CK2 CATALYTIC SUBUNIT (ISOFORM CK2ALPHA') WITH THE INHIBITOR 4'-CARBOXY-6,8-CHLORO- FLAVONOL (FLC21)
要素Casein kinase II subunit alpha'
キーワードTRANSFERASE / protein kinase CK2 / casein kinase 2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / liver regeneration / acrosomal vesicle / Signal transduction by L1 / Regulation of PTEN stability and activity / cerebral cortex development / Wnt signaling pathway / KEAP1-NFE2L2 pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / spermatogenesis / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / chromatin / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7FC / ACETATE ION / Casein kinase II subunit alpha'
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Niefind, K. / Bischoff, N. / Yarmoluk, S.M. / Bdzhola, V.G. / Golub, A.G. / Balanda, A.O. / Prykhod'ko, A.O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationNI 643/4-2 ドイツ
引用
ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2017
タイトル: Structural Hypervariability of the Two Human Protein Kinase CK2 Catalytic Subunit Paralogs Revealed by Complex Structures with a Flavonol- and a Thieno[2,3-d]pyrimidine-Based Inhibitor.
著者: Niefind, K. / Bischoff, N. / Golub, A.G. / Bdzhola, V.G. / Balanda, A.O. / Prykhod'ko, A.O. / Yarmoluk, S.M.
#1: ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2015
タイトル: A Note of Caution on the Role of Halogen Bonds for Protein Kinase/Inhibitor Recognition Suggested by High- And Low-Salt CK2alpha Complex Structures.
著者: Guerra, B. / Bischoff, N. / Bdzhola, V.G. / Yarmoluk, S.M. / Issinger, O.G. / Golub, A.G. / Niefind, K.
#2: ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2011
タイトル: Synthesis and biological evaluation of substituted (thieno[2,3-d]pyrimidin-4-ylthio)carboxylic acids as inhibitors of human protein kinase CK2.
著者: Golub, A.G. / Bdzhola, V.G. / Briukhovetska, N.V. / Balanda, A.O. / Kukharenko, O.P. / Kotey, I.M. / Ostrynska, O.V. / Yarmoluk, S.M.
#3: ジャーナル: Mol. Cell. Biochem. / 年: 2011
タイトル: Structure-based discovery of novel flavonol inhibitors of human protein kinase CK2.
著者: Golub, A.G. / Bdzhola, V.G. / Kyshenia, Y.V. / Sapelkin, V.M. / Prykhod'ko, A.O. / Kukharenko, O.P. / Ostrynska, O.V. / Yarmoluk, S.M.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32017年5月17日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02018年10月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,94212
ポリマ－42,8221
非ポリマー1,12011
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.850, 83.780, 142.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha' / CK II alpha'


分子量: 42821.832 Da / 分子数: 1 / 変異: Asp39Gly, Cys336Ser / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A2, CK2A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19784, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 6種, 326分子

#2: 化合物 ChemComp-7FC / 4-[6,8-bis(chloranyl)-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-chromen-2-yl]benzoic acid


分子量: 351.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H8Cl2O5
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PROTEIN STOCK SOLUTION: 5.5 MG/ML CK2ALPHA'D39G-C336S IN 0.5 M NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5; INHIBITOR STOCK SOLUTION: 10 MM INHIBITOR IN DMSO; PROTEIN/INHIBITOR COMPLEX SOLUTION: 90 ...詳細: PROTEIN STOCK SOLUTION: 5.5 MG/ML CK2ALPHA'D39G-C336S IN 0.5 M NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5; INHIBITOR STOCK SOLUTION: 10 MM INHIBITOR IN DMSO; PROTEIN/INHIBITOR COMPLEX SOLUTION: 90 MICROLITER PROTEIN STOCK SOLUTION + 10 MICROLITER INHIBITOR STOCK SOLUTION; RESERVOIR SOLUTION: 25 % PEG5000 MME, 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M MES buffer, pH 6.5; DROP SOLUTION BEFORE EQULIBRATION: 0.3 MICROLITER PROTEIN/INHIBITOR COMPLEX SOLUTION + 0.3 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.195→44.6 Å / Num. obs: 29246 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 21.44 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1909 / Rsym value: 0.1909 / Net I/σ(I): 9.99
反射 シェル解像度: 2.195→2.274 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.185 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / CC1/2: 0.684 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OFM

3ofm


解像度: 2.195→44.502 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 1142 3.91 %
Rwork0.1704 --
obs0.1721 28094 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.195→44.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2785 0 71 315 3171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5763943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7761739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1953-2.29520.291400.26393256X-RAY DIFFRACTION94
2.2952-2.41620.24061380.20433502X-RAY DIFFRACTION100
2.4162-2.56750.23561380.17853480X-RAY DIFFRACTION100
2.5675-2.76580.26711330.18023511X-RAY DIFFRACTION100
2.7658-3.0440.24021500.17323486X-RAY DIFFRACTION100
3.044-3.48440.19521360.1533556X-RAY DIFFRACTION100
3.4844-4.38930.17031620.13623554X-RAY DIFFRACTION100
4.3893-44.51070.19741450.16923749X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1914-0.2131-0.2470.65330.44760.9669-0.046-0.2706-0.03140.16740.0302-0.01670.05370.11070.00050.17690.00330.00640.22370.01580.16533.072-14.8249-11.4226
21.30360.1466-0.03970.8480.10860.7755-0.02620.06630.0046-0.03840.0365-0.04450.0006-0.0207-0.00370.1125-0.0043-0.00330.09860.00570.101314.9445-13.2497-30.2894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 130 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 131 through 334 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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