PDB-5m4j: Crystal Structure of Wild-Type Human Prolidase with GlyPro ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m4j

タイトル

Crystal Structure of Wild-Type Human Prolidase with GlyPro ligand

要素

Xaa-Pro dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Wilk, P. / Weiss, M.S. / Mueller, U. / Dobbek, H.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Substrate specificity and reaction mechanism of human prolidase.
著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Kalms, J. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2016年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.4	2021年6月2日	Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.5	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5m4j.ent.gz	335.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5m4j_validation.pdf.gz	471 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m4j_full_validation.pdf.gz	475.3 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m4j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5m4gC 5m4lC 5m4qC 2oknS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h2p-d 6h2q-d 5mbz-d 5mc3-d 5mc2-d 5m4g-d 6g85-d 5m4q-d 5m4l-d 5mc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m35m4j / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Xaa-Pro dipeptidase

B: Xaa-Pro dipeptidase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.554, 106.942, 216.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-646- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase 分子量: 53799.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

#1: タンパク質

Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase

分子量: 53799.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

-
非ポリマー , 5種, 964分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂ / 詳細: substrate / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂ / 詳細: substrate / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 951 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10mM NaBorate, 690-760mM NaCitrate / PH範囲: 7.6-8.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月3日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

B_iso Wilson estimate: 19.4 Å²

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.64	1.264	1.62	0.667	1	98.9
1.64-1.76	0.808	2.49	0.828	1	100
1.76-1.9	0.495	4.27	0.933	1	100
1.9-2.08	0.264	7.92	0.979	1	100
2.08-2.32	0.141	13.57	0.992	1	100
2.32-2.68	0.093	20.69	0.997	1	100
2.68-3.28	0.056	31.7	0.998	1	100
3.28-4.63	0.035	51.81	0.999	1	100
4.63-47.942	0.03	56.19	0.999	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2okn

2okn

解像度: 1.55→47.94 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.168	2101	1.21 %
R_work	0.151	-	-
obs	0.151	173235	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7542	0	58	951	8551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7964
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	10792
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.346	2959
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1167
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1416

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5503	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5503	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5488-1.5848	0.3131	137	0.323	11076	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5848-1.6244	0.2723	138	0.281	11313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6244-1.6683	0.2611	139	0.2427	11322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6683-1.7174	0.2612	139	0.2267	11334	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7174-1.7729	0.26	140	0.2118	11381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7729-1.8362	0.2468	139	0.198	11335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8362-1.9098	0.1897	140	0.1748	11422	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9098-1.9967	0.2113	139	0.1574	11348	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9967-2.102	0.1892	140	0.1445	11391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.102-2.2336	0.149	140	0.1338	11405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2336-2.4061	0.1482	141	0.1312	11455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4061-2.6482	0.1383	140	0.1342	11449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6482-3.0314	0.1725	141	0.143	11474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0314-3.819	0.1341	142	0.1288	11592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.819-47.9652	0.1406	146	0.1316	11837	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4838	0.0238	0.0561	0.7768	0.2229	0.4626	0.0099	0.0508	-0.0836	-0.0716	0.0554	-0.2881	0.0253	0.0181	0.0074	0.1547	-0.0012	0.027	0.1765	-0.0116	0.2317	39.9249	25.0195	69.9225
2	0.1404	-0.0886	0.0467	0.1862	-0.3108	0.216	-0.0193	-0.0907	0.0354	0.066	0.0552	-0.3232	0.0076	0.0205	0.0042	0.149	0.0221	-0.0298	0.2125	-0.0498	0.3854	47.1137	28.8658	79.0375
3	0.5045	-0.269	-0.0394	1.0268	0.1056	-0.0645	-0.0313	-0.0216	0.0477	-0.0471	0.0188	0.0614	-0.0187	-0.0155	-0.0008	0.1586	0.009	-0.0167	0.1954	0.0088	0.1361	20.1421	34.3572	73.1473
4	0.7912	-0.3801	-0.1204	1.455	0.1983	0.1573	-0.0097	-0.0344	0.2259	-0.0089	0.0265	-0.0237	-0.049	0.0153	-0	0.1692	0.0199	-0.0121	0.1668	0.0072	0.201	17.3199	52.9377	76.3037
5	0.1022	0.0366	0.149	0.529	0.0626	0.1173	0.0467	0.1246	0.2711	-0.0883	-0.0382	0.1967	-0.0509	-0.0916	0.0065	0.1721	0.0193	0.0171	0.1825	0.0223	0.2689	10.4262	51.8019	74.3082
6	0.1815	-0.0476	0.0244	0.0584	0.0627	0.0918	-0.0004	0.4416	-0.0978	-0.4993	-0.0631	0.3203	-0.1438	-0.0102	0.1029	0.3136	0.0396	-0.1261	0.3043	0.0211	0.2572	7.5102	43.8444	59.4716
7	0.2089	0.285	0.0037	0.3756	0.1497	0.3381	0.0193	-0.0552	-0.1369	0.3912	0.0286	0.6041	-0.0105	-0.2059	-0.2409	0.3551	0.0108	0.1553	0.2193	0.0454	0.1673	5.4319	14.7983	97.1924
8	0.4523	-0.1138	-0.2075	0.3612	0.0495	0.0639	-0.0323	0.0845	0.0921	0.2428	0.0778	-0.0321	-0.0498	-0.0348	0.0383	0.2866	0.0053	-0.0066	0.1898	0.0007	0.1237	19.758	22.4845	95.555
9	0.5551	-0.1715	0.215	0.2118	0.1853	0.4496	-0.0658	0.0295	0.2646	0.4912	0.0766	0.1794	-0.2613	-0.0654	-0.2856	0.4275	0.0412	0.0886	0.2431	0.0132	0.1838	10.6401	30.7299	100.5542
10	0.1349	0.1634	0.0807	0.2149	-0.0217	0.0875	0.0633	-0.0508	-0.0158	0.3754	-0.0276	-0.3251	-0.215	0.0916	-0.0272	0.5368	0.0077	-0.0629	0.2264	-0.0292	0.0445	21.6828	21.303	105.6702
11	0.1591	-0.2214	-0.1536	0.9485	-0.1217	0.4913	-0.0329	-0.0274	-0.0784	0.3106	0.0185	0.1292	0.0323	-0.0869	-0.18	0.2444	0.0075	0.0254	0.1647	0.0147	0.1127	14.4482	12.3328	92.5458
12	0.0723	0.0193	0.0257	0.4404	0.0628	0.0102	0.0318	-0.0015	-0.0873	-0.0486	0.0068	-0.0102	0.004	0.0124	-0	0.1796	0.0096	-0.0142	0.1971	-0.0175	0.1725	18.1052	13.0616	67.348
13	0.2389	-0.2242	0.1114	0.3645	-0.0064	0.077	0.0286	0.0599	-0.1238	0.0004	-0.0623	0.1756	0.0007	-0.081	-0.001	0.165	-0.0107	-0.0091	0.1835	-0.0306	0.1829	12.8662	0.1751	70.6594
14	0.2922	-0.1836	-0.1016	0.4344	-0.0174	0.4251	-0.0345	-0.0177	-0.1696	0.2196	0.0513	-0.0102	0.1424	0.0412	-0	0.2243	-0.0004	-0.0174	0.1801	0.0014	0.2061	22.6336	-7.8477	82.1473
15	0.2216	0.0955	-0.0424	0.4139	-0.1267	0.5332	0.1025	0.0372	-0.1383	0.0209	-0.0409	-0.1869	-0.0368	0.0811	0.0424	0.1303	0.009	-0.0121	0.2049	-0.0393	0.2418	30.2103	-8.7171	67.7404
16	0.3524	0.0085	0.0135	0.6565	0.1608	0.1641	-0.0157	0.1279	-0.1229	-0.0194	-0.1022	0.2663	-0.0269	-0.0595	-0.0097	0.1457	-0.0064	-0.0225	0.2058	-0.0263	0.2109	8.3033	2.86	70.3645
17	0.6773	-1.0274	0.2167	1.6017	-0.3313	0.0708	0.0159	0.0357	0.0203	-0.0028	0.0338	0.0306	0.0259	0.031	0.0031	0.3082	0.0371	-0.086	0.388	-0.0491	0.3165	22.3957	4.5138	78.4384
18	0.0545	0.3919	0.1962	2.8522	1.4814	0.8235	-0.0108	-0.0211	-0.0151	-0.0403	0.0241	0.008	0.0741	-0.0424	-0.0102	0.2612	0.0105	-0.0199	0.3197	0.0027	0.3899	19.1702	42.982	78.3925

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 124 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 125 THROUGH 159 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 160 THROUGH 277 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 278 THROUGH 434 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 435 THROUGH 464 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 465 THROUGH 489 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 36 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 37 THROUGH 82 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 83 THROUGH 124 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 125 THROUGH 159 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 160 THROUGH 212 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 213 THROUGH 277 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 278 THROUGH 319 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 320 THROUGH 407 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 408 THROUGH 443 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 444 THROUGH 489 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 2 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 2 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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