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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m48 | |||||||||||||||
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タイトル | Coiled coil domain of Rtt103p | |||||||||||||||
要素 | Regulator of Ty1 transposition protein 103 | |||||||||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / coiled coil / dimer | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / retrotransposon silencing / mRNA 3'-end processing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II complex binding / site of double-strand break / chromatin / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.593 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jasnovidova, O. / Kalynych, S. / Plevka, P. / Stefl, R. | |||||||||||||||
資金援助 | チェコ, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Structure and dynamics of the RNAPII CTDsome with Rtt103. 著者: Jasnovidova, O. / Klumpler, T. / Kubicek, K. / Kalynych, S. / Plevka, P. / Stefl, R. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5m48.cif.gz | 57.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m48.ent.gz | 47.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5m48.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5m48_validation.pdf.gz | 422.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5m48_full_validation.pdf.gz | 423.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5m48_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5m48_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m48 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13819.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Protein was crystallized in 3.75M sodium formate at 20oC. Protein was labeled with seleno-methionine by feedback inhibition of the methionine biosynthesis pathway in M9 media. 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: RTT103, YDR289C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05543 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Purified protein was dialysed to 25mM Tris 200mM NaCl 1mM BME, pH = 8.0 (4oC) and concentrated to 6mg/ml. Protein was crystallized in 3.75M sodium formate. |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979, 0.9792, 0.9919, 0.9713 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月14日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.593→54.54 Å / Num. obs: 14200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.7 % / Net I/av σ(I): 1.7 / Net I/σ(I): 21.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5889→2.6814 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.593→48.554 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.97
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.593→48.554 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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