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- PDB-5m48: Coiled coil domain of Rtt103p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m48
タイトルCoiled coil domain of Rtt103p
要素Regulator of Ty1 transposition protein 103
キーワードTRANSCRIPTION / coiled coil / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / retrotransposon silencing / mRNA 3'-end processing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II complex binding / site of double-strand break / chromatin / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of Ty1 transposition protein 103
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.593 Å
データ登録者Jasnovidova, O. / Kalynych, S. / Plevka, P. / Stefl, R.
資金援助 チェコ, 4件
組織認可番号国
European Union355855
European Molecular Biology Organization3041
European Research Council649030
Czech Science Foundation13-18344S チェコ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure and dynamics of the RNAPII CTDsome with Rtt103.
著者: Jasnovidova, O. / Klumpler, T. / Kubicek, K. / Kalynych, S. / Plevka, P. / Stefl, R.
履歴
登録2016年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of Ty1 transposition protein 103


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8201
ポリマ－13,8201
非ポリマー00
水77543
1
A: Regulator of Ty1 transposition protein 103

A: Regulator of Ty1 transposition protein 103


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6402
ポリマ－27,6402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation26_555-x,-y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.141, 217.141, 217.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-336-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Regulator of Ty1 transposition protein 103


分子量: 13819.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein was crystallized in 3.75M sodium formate at 20oC. Protein was labeled with seleno-methionine by feedback inhibition of the methionine biosynthesis pathway in M9 media.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: RTT103, YDR289C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05543
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Purified protein was dialysed to 25mM Tris 200mM NaCl 1mM BME, pH = 8.0 (4oC) and concentrated to 6mg/ml. Protein was crystallized in 3.75M sodium formate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979, 0.9792, 0.9919, 0.9713
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97921
30.99191
40.97131
反射解像度: 2.593→54.54 Å / Num. obs: 14200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.7 % / Net I/av σ(I): 1.7 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.5889→2.6814 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.9-1692位相決定
精密化解像度: 2.593→48.554 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 1413 10 %
Rwork0.2455 --
obs0.2474 14127 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.593→48.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 0 0 43 978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4631270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.825372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.018138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5889-2.68140.38531310.39171182X-RAY DIFFRACTION95
2.6814-2.78870.4231380.36941244X-RAY DIFFRACTION100
2.7887-2.91560.31911380.34951242X-RAY DIFFRACTION100
2.9156-3.06930.32161400.32681250X-RAY DIFFRACTION100
3.0693-3.26160.32051390.31211258X-RAY DIFFRACTION100
3.2616-3.51340.2841410.26741257X-RAY DIFFRACTION100
3.5134-3.86680.24641420.23021283X-RAY DIFFRACTION100
3.8668-4.4260.23151430.20421286X-RAY DIFFRACTION100
4.426-5.5750.24241440.21081304X-RAY DIFFRACTION100
5.575-48.56270.21711570.19681408X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8704-0.18910.6350.22280.51830.50620.292-0.5702-0.44560.2744-0.219-0.3780.13290.19290.00010.6363-0.0689-0.08330.6355-0.0260.734422.26195.243326.1433
20.19890.4341-0.17580.33510.12020.46550.3210.2125-0.04610.18670.08280.09540.0982-0.06170.01310.6216-0.0691-0.01770.65790.10560.6931-23.7167-8.691615.4881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 140:218)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 219:253)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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