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- PDB-5m3k: A multi-component acyltransferase PhlABC from Pseudomonas protegens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3k
タイトルA multi-component acyltransferase PhlABC from Pseudomonas protegens
要素
  • 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlB
  • 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
  • PhlA
キーワードTRANSFERASE / acyltransferase / Pseudomonas protegens / PhlABC / multi-component
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA C-acyltransferase activity / acyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF35, OB-fold, C-terminal / : / ChsH2, C-terminal OB-fold domain / Domain of unknown function DUF35, rubredoxin-like zinc ribbon domain, N-terminal / ChsH2, rubredoxin-like zinc ribbon domain / : / Thiolase C-terminal domain-like / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal ...Domain of unknown function DUF35, OB-fold, C-terminal / : / ChsH2, C-terminal OB-fold domain / Domain of unknown function DUF35, rubredoxin-like zinc ribbon domain, N-terminal / ChsH2, rubredoxin-like zinc ribbon domain / : / Thiolase C-terminal domain-like / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlB / 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC / PhlA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Pavkov-Keller, T. / Schmidt, N.G. / Kroutil, W. / Gruber, K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of a Bacterial Friedel-Crafts Acylase.
著者: Pavkov-Keller, T. / Schmidt, N.G. / Zadlo-Dobrowolska, A. / Kroutil, W. / Gruber, K.
履歴
登録2016年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PhlA
B: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlB
C: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
D: PhlA
E: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlB
F: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,7598
ポリマ－195,6286
非ポリマー1312
水7,188399
1
A: PhlA
B: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlB
C: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
D: PhlA
E: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlB
F: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
ヘテロ分子

A: PhlA
B: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlB
C: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
D: PhlA
E: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlB
F: 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,51716
ポリマ－391,25512
非ポリマー2624
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area69650 Å2
ΔGint-304 kcal/mol
Surface area94040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)222.626, 222.626, 237.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEUAA4 - 3624 - 362
21LYSLYSLEULEUDD4 - 3624 - 362
12METMETASPASPBB3 - 1453 - 145
22METMETASPASPEE3 - 1453 - 145
13ALAALAASPASPCC3 - 3983 - 398
23ALAALAASPASPFF3 - 3983 - 398

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 PhlA


分子量: 38565.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: phlA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9TP23
#2: タンパク質 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlB


分子量: 16666.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: phlB, PFL_5956 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K419
#3: タンパク質 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthesis protein PhlC


分子量: 42581.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYS:SCY issue - at the position 88 the Cystein residue is modified and has attached acetyl group (SCY)
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: phlC, PFL_5955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K420
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12 mg mL-1 protein solution Index screen crystallization condition #91 (0.15 M, DL-malic acid pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3,350)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→49.862 Å / Num. obs: 82036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rrim(I) all: 0.271 / Net I/σ(I): 7.87
反射 シェル解像度: 2.83→2.94 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.891 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / CC1/2: 0.67 / Rrim(I) all: 0.271 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0173精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tvz, 3zbg

1tvz

3zbg


解像度: 2.83→49.862 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 20.171 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19618 4102 5 %RANDOM
Rwork0.16748 ---
obs0.1689 77934 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20.21 Å20 Å2
2--0.43 Å2-0 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.83→49.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13606 0 2 399 14007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01913874
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.9618774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9533.00129614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75851793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64124.08598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.111152267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.821582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.092.4887190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.092.4887189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8473.7288977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8473.7298978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5392.686684
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5342.6796682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5863.9469797
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.50447.89256988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.49447.87956852
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A223400.05
12D223400.05
21B81660.06
22E81660.06
31C252520.06
32F252520.06
LS精密化 シェル解像度: 2.834→2.907 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 290 -
Rwork0.286 5507 -
obs--97.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8475-0.0431-0.05870.3076-0.02520.89320.0166-0.09290.11320.0704-0.01970.0485-0.11-0.06610.00310.10980.00160.01290.0621-0.02020.025259.338-70.78743.187
21.2058-0.07530.49190.4812-0.08010.9814-0.02380.12830.1077-0.04940.01190.046-0.06710.00450.01180.09670.00510.01190.10930.01740.019944.086-90.3520.933
30.3673-0.0529-0.08320.4024-0.13830.8417-0.01280.00280.07840.00160.01610.061-0.082-0.1013-0.00330.1028-0.00540.00750.1002-0.01090.037823.001-95.36522.237
40.47050.0359-0.19760.57360.0280.861-0.01060.11650.062-0.08320.03540.0469-0.0725-0.0464-0.02480.07470.0108-0.01140.08830.01960.011867.615-77.089-9.313
50.60960.42220.03191.22080.41660.80540.0381-0.03180.07950.0139-0.06330.0779-0.0589-0.07140.02520.11470.00770.01190.0798-0.00450.011884.328-60.36833.333
60.4232-0.1298-0.13220.57740.0550.74050.02340.02030.0932-0.0537-0.01870.0188-0.1414-0.0104-0.00480.1166-0.0148-0.00490.09780.01410.0267103.432-51.3311.37
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 362
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 146
3X-RAY DIFFRACTION2B200
4X-RAY DIFFRACTION3C3 - 398
5X-RAY DIFFRACTION4D4 - 362
6X-RAY DIFFRACTION5E2 - 146
7X-RAY DIFFRACTION5E200
8X-RAY DIFFRACTION6F3 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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