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万見
- PDB-5m3b: Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66L, the periplasmic v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3b
タイトルStructure of cobinamide-bound BtuF mutant W66L, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli
要素Vitamin B12-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BtuF / Cobinamide / periplasmic binding protein / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin transport complex / cobalamin transport / cobalamin binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, vitamin B12-binding protein / : / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COB(II)INAMIDE / CYANIDE ION / Vitamin B12-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mireku, S.A. / Ruetz, M. / Zhou, T. / Korkhov, V.M. / Kraeutler, B. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Conformational Change of a Tryptophan Residue in BtuF Facilitates Binding and Transport of Cobinamide by the Vitamin B12 Transporter BtuCD-F.
著者: Mireku, S.A. / Ruetz, M. / Zhou, T. / Korkhov, V.M. / Krautler, B. / Locher, K.P.
履歴
登録2016年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12-binding protein
B: Vitamin B12-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,21210
ポリマ－62,8782
非ポリマー2,3358
水9,998555
1
A: Vitamin B12-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5735
ポリマ－31,4391
非ポリマー1,1344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Vitamin B12-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6395
ポリマ－31,4391
非ポリマー1,2004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.280, 90.460, 50.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-661-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Vitamin B12-binding protein


分子量: 31438.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OmpA-NcoI-BtuF-BamHI-3C-BamHI-His6 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: btuF, yadT, b0158, JW0154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37028
#2: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#3: 化合物 ChemComp-CBY / COB(II)INAMIDE


分子量: 990.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H72CoN11O8
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.67 Å / Num. obs: 89061 / % possible obs: 96.77 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 11.04

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
PHENIX1.10.1-2155精密化
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10.1-2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M29

5m29


解像度: 1.5→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.74 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22875 4454 5 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.19772 84607 96.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å20 Å20.18 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3539 0 160 555 4254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.023797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4232.0215208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95338529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7155456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.54625.159157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20415612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4461523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2540.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0214288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1671.7721833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1621.771831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3712.6442281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3712.6462282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0772.1091964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0732.1091964
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6673.012927
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.60416.9974794
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.60517.0014795
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 325 -
Rwork0.41 6169 -
obs--96.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40060.24320.0120.498-0.11110.16160.0315-0.0411-0.0268-0.037-0.00410.01610.01210.0207-0.02740.0128-0.0041-0.00580.06890.00520.0071-47.0434-26.8131-15.5966
20.3394-0.1379-0.17210.34750.06280.1472-0.04150.00840.00050.04690.035-0.0560.0456-0.01140.00650.0431-0.00520.00480.0559-0.01020.014-33.3458-20.38145.7582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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