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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m38 | ||||||
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タイトル | Structure of the TagL peptidoglycan binding domain from EAEC T6SS | ||||||
![]() | OmpA family protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / T6SS TagL Peptidoglycan binding domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cambillau, C. / Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Cascales, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the TagL peptidoglycan binding domain from EAEC T6SS 著者: Cambillau, C. / Nguyen, V.S. / Cascales, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3td5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15093.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: mixing protein solution (5 mg/ml) with 0.1 M imidazole pH 6.5, 1.2 M NaAc PH範囲: 6.0 - 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8729 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→45.1 Å / Num. obs: 25065 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 97.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.71 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.53 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3TD5 解像度: 2.6→45.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9333 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9347 / SU R Cruickshank DPI: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.199
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原子変位パラメータ | Biso mean: 85.38 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.434 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→45.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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