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- PDB-5m2w: Structure of nanobody nb18 raised against TssK from E. coli T6SS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m2w
タイトルStructure of nanobody nb18 raised against TssK from E. coli T6SS
要素Llama nanobody nb8 against TssK from T6SS
キーワードIMMUNE SYSTEM / T6SS TssK nanobody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Cambillau, C. / Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Desmyter, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR- 14-CE14-0006-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Type VI secretion TssK baseplate protein exhibits structural similarity with phage receptor-binding proteins and evolved to bind the membrane complex.
著者: Nguyen, V.S. / Logger, L. / Spinelli, S. / Legrand, P. / Huyen Pham, T.T. / Nhung Trinh, T.T. / Cherrak, Y. / Zoued, A. / Desmyter, A. / Durand, E. / Roussel, A. / Kellenberger, C. / Cascales, E. / Cambillau, C.
履歴
登録2016年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Llama nanobody nb8 against TssK from T6SS
B: Llama nanobody nb8 against TssK from T6SS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6995
ポリマ－27,4112
非ポリマー2883
水5,242291
1
A: Llama nanobody nb8 against TssK from T6SS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8012
ポリマ－13,7051
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Llama nanobody nb8 against TssK from T6SS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8973
ポリマ－13,7051
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.390, 53.390, 88.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: 抗体 Llama nanobody nb8 against TssK from T6SS


分子量: 13705.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: 100 nL of 13 mg per ml nb18 protein solution with 100 nL of 0.2 M Li2SO4, 0.1 M NaAc pH 4.75, 30% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 38858 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.67 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.785 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.61 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→12.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9542 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.084 / SU Rfree Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.075
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 1940 5 %RANDOM
Rwork0.2026 ---
obs0.2032 38782 98.55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8397 Å20 Å20 Å2
2---0.8397 Å20 Å2
3---1.6794 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.239 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→12.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1783 0 15 291 2089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081832HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12490HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d617SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes37HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes280HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1832HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion236SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2210SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 146 5.02 %
Rwork0.3057 2762 -
all0.3048 2908 -
obs--98.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.361-0.3561-0.2051.6422-1.50941.3723-0.0049-0.0196-0.00360.01870.03940.02840.0777-0.0063-0.0344-0.0425-0.0111-0.061-0.01130.0178-0.02013.37711.45760.012
21.7747-0.54350.61421.1796-0.0061.1576-0.02190.0073-0.0346-0.0320.0142-0.0023-0.1006-0.04280.0078-0.0197-0.0305-0.0261-0.0170.0408-0.0288-13.372830.0848-16.1391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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