+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m2l | |||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of DNA tetrameric AGCGA-quadruplex adopted by 15-mer d(GCGAGGGAGCGAGGG), VK34, oligonucleotide found in regulatory region of the PLEKHG3 human gene | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / AGCGA-quadruplex / tetramer / AGCGA-quadruplex family / GAGA-quartet / G-G N1-carbonyl symmetric base pair / PLEKHG3 gene | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Kocman, V. / Plavec, J. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Tetrahelical structural family adopted by AGCGA-rich regulatory DNA regions. 著者: Kocman, V. / Plavec, J. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 387.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 313.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 364.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 550.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5m1lC ![]() 5m4wC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4765.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 150 mM / Label: tVK34_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 273 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-
解析
NMR software |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |