PDB-5m2g: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 2,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m2g

タイトル

PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 2,4,6-tribromophenol

要素

Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit

キーワード

OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration anaerobic crystallisation cobalamin

機能・相同性

機能・相同性情報

tetrachloroethene reductive dehalogenase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurospirillum multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer.
著者: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

履歴

登録	2016年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m2g.cif.gz	378.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m2g.ent.gz	306.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m2g_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m2g_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5m2g_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	5m2g_validation.cif.gz	63.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/5m2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/5m2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m8uC 5m8wC 5m8xC 5m8yC 5m8zC 5m90C 5m91C 5m92C 5ma0C 5ma1C 5ma2C 5maaC 4uquS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ma2-d 5obi-d 5m8w-d 5m8x-d 5m8z-d 5m8u-d 5m90-d 5m8y-d 5obp-d 4ur2-d 5ma0-d 4ur3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (15) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (15)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit

B: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.610, 73.610, 184.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Sulfurospirillum multivorans (バクテリア) Plasmid details: DSM-12446 / 参照: UniProt: O68252

-
非ポリマー , 6種, 786分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12 分子量: 1305.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₇H₈₂CoN₁₆O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-TBP / 2,4,6-TRIBROMOPHENOL / 2,4,6-トリブロモフェノ-ル分子量: 330.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₃Br₃O
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.265 Å / Num. obs: 90629 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.75 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15.14
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / CC_1/2: 0.702 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UQU

4uqu

解像度: 1.8→47.265 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1667	4532	5 %
R_work	0.1343	-	-
obs	0.1359	90624	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6809	0	290	771	7870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.994	10049
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.481	4397
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1355

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.2042	301	0.1949	5699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8205-1.8419	0.2309	303	0.194	5740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8644	0.2477	296	0.1939	5629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8644-1.888	0.2214	303	0.1841	5758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.888-1.9128	0.2084	296	0.1718	5624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	0.19	303	0.1637	5759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.215	298	0.1616	5678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.9961	0.1842	304	0.155	5759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9961-2.0273	0.1925	294	0.1547	5615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0273-2.0605	0.1514	305	0.1451	5784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.096	0.1832	300	0.1413	5653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.1341	0.1903	299	0.1417	5686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1752	0.1687	301	0.137	5677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1752-2.2196	0.1772	300	0.137	5752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2196-2.2678	0.1763	297	0.1356	5639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3206	0.154	300	0.1336	5696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.3786	0.1705	303	0.1319	5743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3786-2.4429	0.1631	299	0.1373	5677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.5148	0.1449	301	0.1343	5679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5148-2.596	0.1845	302	0.1409	5717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.6888	0.1946	300	0.1359	5682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6888-2.7964	0.1538	302	0.1321	5698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7964-2.9236	0.1597	298	0.1338	5676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9236-3.0778	0.1913	301	0.1319	5742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0778-3.2706	0.1773	297	0.1289	5693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2706-3.523	0.1584	302	0.1262	5725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.523-3.8774	0.1374	299	0.113	5686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8774-4.4381	0.1339	300	0.1102	5680	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4381-5.5901	0.1502	303	0.1195	5679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5901-47.2808	0.1576	298	0.1379	5702	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6298	0.3378	0.3449	0.9963	0.2624	2.0684	0.0727	-0.1944	0.0485	0.122	-0.0082	0.0848	-0.0439	-0.2168	-0.0417	0.1605	0.0068	0.0002	0.2019	-0.0527	0.1788	-13.7409	-18.3038	5.1372
2	0.4173	0.0441	0.1041	0.8228	0.3218	0.8305	-0.0197	0.044	0.0477	-0.1239	0.0065	0.0329	-0.1124	-0.0658	0.0148	0.2094	-0.0084	-0.0337	0.1708	-0.0114	0.1772	-7.6903	-23.623	-16.1658
3	1.0659	0.1798	-0.2185	0.9548	0.1065	0.9031	-0.0155	0.0637	0.0472	-0.1402	-0.0231	0.1665	-0.1012	-0.2257	0.0389	0.2243	0.0078	-0.0596	0.2138	-0.0222	0.2164	-16.3361	-23.0411	-16.0515
4	0.426	0.1208	-0.011	0.7804	0.1773	0.846	0.0232	-0.0805	0.0324	0.0285	-0.0433	0.048	-0.0746	-0.1025	0.016	0.1991	-0.0008	-0.0331	0.194	-0.0207	0.1764	-9.9248	-22.7796	-3.6351
5	0.7525	0.1944	-0.6166	0.6114	0.2997	1.6664	0.0783	-0.0296	0.188	-0.111	-0.0356	0.1041	-0.4088	-0.1063	-0.0327	0.3502	0.0398	-0.0442	0.1723	-0.0289	0.2378	-9.6049	-3.7957	-7.1283
6	0.3769	0.2906	-0.7211	0.7548	-1.752	5.8385	-0.0603	-0.1494	0.0227	-0.0229	-0.0982	-0.0462	-0.1177	0.4546	0.2048	0.2331	-0.0033	-0.0266	0.2163	-0.0121	0.2061	2.1379	-16.0887	5.18
7	0.0843	-0.1112	-0.1166	0.3059	0.4392	0.8971	0.0623	-0.1941	0.0573	0.1829	0.0369	-0.099	-0.0252	0.1679	-0.093	0.2635	-0.053	-0.0417	0.2669	-0.0338	0.2596	4.0091	-25.9556	3.4577
8	1.3366	0.2354	-0.1357	1.2724	0.2105	1.3483	0.0311	-0.0279	-0.0869	0.0998	0.1047	-0.3936	0.349	0.2318	-0.129	0.3198	0.0528	-0.053	0.1978	-0.0709	0.3126	8.7687	-56.6205	-19.8306
9	0.7313	0.0732	-0.2147	0.8918	0.6412	0.7425	0.0473	-0.1168	-0.0883	0.192	-0.0876	0.0895	0.3368	-0.1639	0.0426	0.335	-0.1002	-0.0401	0.2138	0.0144	0.2197	-14.8932	-54.619	-8.9114
10	0.3693	-0.079	0.0256	0.6169	0.435	0.944	-0.0075	0.0801	-0.0311	-0.1479	0.1	-0.197	-0.0328	0.0985	-0.077	0.2285	-0.035	0.0042	0.2081	-0.0419	0.2335	7.5565	-35.6411	-25.0279
11	0.9651	0.3703	-0.2467	1.1015	0.2465	1.2409	-0.0164	0.1389	-0.0661	-0.1618	0.1252	-0.1445	0.0797	0.0445	-0.1045	0.2554	-0.0221	-0.0139	0.1738	-0.0369	0.2259	2.8249	-45.6603	-27.2644
12	0.6435	0.2778	0.1213	1.0532	0.2836	0.9245	0.0626	-0.015	-0.1893	0.0868	0.0762	-0.2758	0.2773	0.1712	-0.1168	0.256	0.0412	-0.076	0.1639	-0.0517	0.276	9.0482	-51.589	-15.277
13	0.2486	0.0067	0.1305	0.6755	0.3269	0.8362	0.1048	-0.0636	-0.0957	0.2454	0.0085	-0.1729	0.2343	0.0959	-0.0991	0.3026	-0.0057	-0.0879	0.1999	0.0022	0.2362	4.7946	-43.7361	-1.4976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 177 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 236 through 338 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 339 through 379 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 380 through 404 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 405 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 7 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 98 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 99 through 176 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 177 through 235 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 236 through 379 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 380 through 461 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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