PDB-5m2d: CRYSTAL STRUCTURE 4Ac Endoglucanase-like protein from Acremonium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m2d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE 4Ac Endoglucanase-like protein from Acremonium chrysogenum

要素

Endoglucanase-like protein

キーワード

HYDROLASE / Endoglucanase-like protein / ALPHA/BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acremonium chrysogenum ATCC 11550 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.097 Å

データ登録者

Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE 4Ac Endoglucanase-like protein from Acremonium chrysogenum
著者: Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. / Lisov, A.

履歴

登録	2016年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年10月16日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / reflns_shell / Item: _atom_site.occupancy
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m2d.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m2d.ent.gz	75.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m2d_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m2d_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	5m2d_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5m2d_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/5m2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/5m2d	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1oa2-1 1h8v-3 1h8v-1 1oa2-3 1oa3-4 1oa2-2 5gm5-2 1oa3-2 4u4l-1 1ks5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoglucanase-like protein

B: Endoglucanase-like protein

ヘテロ分子

51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.889, 49.255, 117.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-478- HOH

#1: タンパク質	Endoglucanase-like protein 分子量: 25726.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acremonium chrysogenum ATCC 11550 (菌類) 遺伝子: ACRE_041060 / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: A0A086T6R4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.2 M Sodium malonate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→42 Å / Num. obs: 23601 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.67 % / Net I/σ(I): 7.15

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.097→40.793 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 21.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2142	2215	4.83 %
R_work	0.1896	-	-
obs	0.1909	23601	95.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.097→40.793 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3454	0	12	143	3609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	4914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.44	1230
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	659

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0973-2.1429	0.2627	112	0.2297	2065	X-RAY DIFFRACTION	72
2.1429-2.1927	0.279	119	0.2369	2312	X-RAY DIFFRACTION	83
2.1927-2.2475	0.2611	171	0.2366	2632	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2475-2.3083	0.3296	130	0.2285	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3083-2.3762	0.2258	118	0.2271	2880	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3762-2.4529	0.2341	117	0.2222	2881	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4529-2.5406	0.2119	120	0.207	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5406-2.6423	0.2558	131	0.2052	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6423-2.7625	0.2497	125	0.2015	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7625-2.9081	0.2625	149	0.2048	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9081-3.0902	0.2105	122	0.2014	2877	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0902-3.3287	0.1799	134	0.174	2764	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3287-3.6635	0.2034	225	0.1623	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6635-4.1932	0.1783	146	0.1504	2785	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1932-5.2812	0.1355	174	0.138	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2812-40.8005	0.2045	122	0.1725	2814	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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