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- PDB-5m11: Structural and functional probing of PorZ, an essential bacterial... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m11
タイトルStructural and functional probing of PorZ, an essential bacterial surface component of the type-IX secretion system of human oral-microbiomic Porphyromonas gingivalis.
要素Immunoreactive 84kD antigen PG93
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Bacterial secretion system / cell surface / post translational processing
機能・相同性: / TSS9, PorZ, N-terminal beta-propeller domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / metal ion binding / CACODYLATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Immunoreactive 84kD antigen PG93
機能・相同性情報
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lasica, A.M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Zhou, X. / Ksiazek, M. / Madej, M. / Guo, Y. / Guevara, T. / Nowak, M. / Potempa, B. ...Lasica, A.M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Zhou, X. / Ksiazek, M. / Madej, M. / Guo, Y. / Guevara, T. / Nowak, M. / Potempa, B. / Goel, A. / Sztukowska, M. / Prabhakar, A.T. / Bzowska, M. / Widziolek, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Simonian, M. / Kulczyk, A.W. / Nguyen, K.-A. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助 スペイン, ポーランド, 米国, 7件
組織認可番号国
European CommissionFP7-HEALTH-2012-306029-2 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-64487R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessMDM-2014-0435 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2013-49320-EXP スペイン
Foundation for Polish Science2012/04/A/NZ1/00051 ポーランド
Polish Ministry of Science and Higher Education2975/7.PR/13/2014/2 ポーランド
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE 09761 and DE 022597 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural and functional probing of PorZ, an essential bacterial surface component of the type-IX secretion system of human oral-microbiomic Porphyromonas gingivalis.
著者: Lasica, A.M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Zhou, X. / de Diego, I. / Ksiazek, M. / Madej, M. / Guo, Y. / Guevara, T. / Nowak, M. / Potempa, B. / Goel, A. / Sztukowska, M. / Prabhakar, A.T. / ...著者: Lasica, A.M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Zhou, X. / de Diego, I. / Ksiazek, M. / Madej, M. / Guo, Y. / Guevara, T. / Nowak, M. / Potempa, B. / Goel, A. / Sztukowska, M. / Prabhakar, A.T. / Bzowska, M. / Widziolek, M. / Thgersen, I.B. / Enghild, J.J. / Simonian, M. / Kulczyk, A.W. / Nguyen, K.A. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2016年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoreactive 84kD antigen PG93
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,04421
ポリマ－81,5201
非ポリマー1,52520
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-282 kcal/mol
Surface area32020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.520, 115.520, 139.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-941-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Immunoreactive 84kD antigen PG93


分子量: 81519.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: PorZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9S3Q8

-
非ポリマー , 8種, 63分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
解説: tetragonal and contained one protein molecule in the asymmetric unit.
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8 % polyethylene glycol 10000, 0.2 M zinc acetate, 0.008 M calcium chloride 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALBA XALOC10.9793
シンクロトロンESRF ID23-220.8726
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2014年7月23日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2014年7月9日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.87261
反射

Entry-ID: 5M11 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rmerge(I) obsNet I/σ(I)
2.9-48.52160099.912.163.30.9990.10820
3.1-443148599.74.6630.9930.14610.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.9-3.0512.10.9133.40.837199.7
3.1-3.182.80.9761.80.584198.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
BUSTER2.10.2精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→48.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9393 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.352
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 723 3.35 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.185 21599 99.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5863 Å20 Å20 Å2
2--0.5863 Å20 Å2
3----1.1727 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.336 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→48.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5678 0 62 43 5783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015835HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.227915HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2642SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes143HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes854HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5835HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion760SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance37HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6328SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.04 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3926 84 2.99 %
Rwork0.2276 2730 -
all0.2323 2814 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3770.88791.53993.66040.50983.2115-0.0753-0.29370.51420.22370.06220.60160.0206-0.1710.0131-0.0678-0.1014-0.0583-0.0923-0.02550.087155.917884.739376.7053
22.21730.8377-0.62043.7542-2.5164.4210.0122-0.1069-0.26830.1537-0.5749-0.64380.09030.66330.5627-0.1681-0.007-0.0088-0.04730.0764-0.191120.836958.22370.1274
35.96863.2146-0.6133.63040.316210.93930.02240.2797-0.10360.066-0.14190.1369-0.3410.31610.11950.3158-0.128-0.0908-0.00930.2430.019255.724580.566737.5433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|29 - 36 A|327 - 679 A|999 - 999}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|37 - 326}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|680 - 776}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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