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万見
- PDB-5m0a: Solution structure of isolated 15th Fibronectin III domain from h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m0a
タイトルSolution structure of isolated 15th Fibronectin III domain from human fibronectin
要素Fibronectin
キーワードCELL ADHESION / Fibronectin III domain / beta sheet protein / inflammation / integrin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / Fibronectin matrix formation / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / peptide cross-linking / integrin activation ...negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / Fibronectin matrix formation / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / peptide cross-linking / integrin activation / ALK mutants bind TKIs / cell-substrate junction assembly / regulation of protein phosphorylation / proteoglycan binding / extracellular matrix structural constituent / biological process involved in interaction with symbiont / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / peptidase activator activity / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / response to muscle activity / endodermal cell differentiation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of axon extension / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / Integrin signaling / extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / platelet alpha granule lumen / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / integrin-mediated signaling pathway / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / response to wounding / integrin binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / GPER1 signaling / Platelet degranulation / nervous system development / regulation of cell shape / heparin binding / : / heart development / protease binding / blood microparticle / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / apical plasma membrane / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Waltho, J.P. / Cliff, M.J. / Blumson, E. / Humphries, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of isolated 15th Fibronectin III domain from human fibronectin
著者: Waltho, J.P. / Cliff, M.J. / Blumson, E. / Humphries, M.
履歴
登録2016年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3441
ポリマ－9,3441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5370 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Fibronectin / FN / Cold-insoluble globulin / CIG


分子量: 9344.231 Da / 分子数: 1 / 断片: 15th Fibronectin III domain, UNP residues 2108-2193 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: sequence numbering starts from 395. construct is actually from residue 2109 of human fibronectin
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FN1, FN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02751

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D HN(CO)CA
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HN(COCA)CB
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic12D 1H-15N HSQC
282isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
292isotropic12D 1H-13C TROSY aromatic
1101isotropic33D 1H-15N NOESY
1111isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
2122isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic13D 1H-15N TOCSY
2142isotropic13D 1H-13C TOCSY
2152isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution110 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 0.02 ug/mL TSP, 1 mM sodium azide, 0.35 mM [U-13C; U-15N] 15th Fibronectin III domain from human fibronectin, 0.5 mM EDTA, 90% H2O/10% D2Onaf15a90% H2O/10% D2O
solution210 mM [U-2H] TRIS, 0.35 mM [U-13C; U-15N] 15th Fibronectin III domain from human fibronectin, 150 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 0.02 ug/mL TSP, 0.5 mM EDTA, 100% D2Onaf15b100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMTRISnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
0.00002 mg/mLTSPnatural abundance1
1 mMsodium azidenatural abundance1
0.35 mM15th Fibronectin III domain from human fibronectin[U-13C; U-15N]1
0.5 mMEDTAnatural abundance1
10 mMTRIS[U-2H]2
0.35 mM15th Fibronectin III domain from human fibronectin[U-13C; U-15N]2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMsodium azidenatural abundance2
0.00002 mg/mLTSPnatural abundance2
0.5 mMEDTAnatural abundance2
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1none161 mMh2o6.51 bar298 K
2none161 mMd2o6.5 pH*1 bar298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9503at MRC Crick

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.4.0CCPNchemical shift assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
TopSpinBruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.4.0CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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