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- PDB-5m06: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis PknI kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m06
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis PknI kinase domain
要素Serine/threonine-protein kinase PknI
キーワードSIGNALING PROTEIN / Tuberculosis / kinase / signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of growth rate / peptidyl-threonine phosphorylation / manganese ion binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...regulation of growth rate / peptidyl-threonine phosphorylation / manganese ion binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Serine/threonine-protein kinase PknI
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wagner, T. / Lisa, M.N. / Alexandre, M. / Barilone, N. / Raynal, B. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of PknI from Mycobacterium tuberculosis shows an inactive, pseudokinase-like conformation.
著者: Lisa, M.N. / Wagner, T. / Alexandre, M. / Barilone, N. / Raynal, B. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年3月1日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PknI
B: Serine/threonine-protein kinase PknI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8084
ポリマ－59,3412
非ポリマー4672
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.004, 69.541, 257.417
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-350-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PknI


分子量: 29670.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: pknI, Rv2914c, MTCY338.02c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WI69, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% PEG 4000, 240 mM CaCl2, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 5 mM ADP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.43 Å / Num. obs: 36891 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 48.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.668 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Partially refined model from SeMet MAD phasing on a nonisomorphous crystal

解像度: 2→28.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9511 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9444 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.154
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 1839 5 %RANDOM
Rwork0.2116 ---
obs0.213 36813 99.73 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5185 Å20 Å20 Å2
2---1.7623 Å20 Å2
3---3.2808 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→28.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3697 0 28 127 3852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013814HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.925202HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1692SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes78HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes593HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3814HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion486SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4377SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.06 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2909 134 4.63 %
Rwork0.2662 2763 -
all0.2674 2897 -
obs--98.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.23875.3491-0.8255.7219-0.45310.7945-0.1529-0.2738-0.1395-0.6765-0.2767-0.13730.3010.30230.4297-0.17160.0564-0.0092-0.00180.1297-0.2545-22.9057-5.1435-23.3914
22.91820.90610.19875.6890.14522.53220.5734-0.96480.05850.595-0.94890.2847-0.3049-0.10920.3755-0.3192-0.22360.01830.33950.0687-0.3742-18.698113.6246-8.5488
32.01891.0784-0.03893.0524-0.73961.93240.1699-0.3783-0.05630.2731-0.07420.1406-0.2728-0.3017-0.0958-0.12720.0767-0.0883-0.1322-0.0028-0.1035-40.877111.9289-39.3681
42.95590.1491-0.34032.5693-0.3372.2891-0.04390.0035-0.1228-0.0424-0.2169-0.37790.05880.36790.2607-0.1610.0714-0.0915-0.24220.0818-0.1693-20.849116.5065-51.8956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|94 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|95 - A|255 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|2 - B|94 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|95 - B|255 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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