ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
REFMAC | 5.8.0155精密化 | iMOSFLM | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | REFMAC | 5.8.0155精密化 | | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EFI 解像度: 1.6→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.1758 | 3766 | 5.1 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.147 | 70449 | - | - |
---|
obs | 0.1485 | 74215 | 92.66 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
---|
原子変位パラメータ | Biso max: 67.76 Å2 / Biso mean: 17.9038 Å2 / Biso min: 5.78 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | 0.26 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
---|
2- | - | 0.19 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | -0.46 Å2 |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.2 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 4115 | 0 | 307 | 810 | 5232 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.022 | 0.02 | 4736 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0 | 0.02 | 4509 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.236 | 2.037 | 6436 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg3.589 | 3.023 | 10512 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.084 | 5 | 552 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg36.533 | 25.879 | 182 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg12.467 | 15 | 881 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg29.253 | 15 | 15 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.129 | 0.2 | 769 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.013 | 0.021 | 5067 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.025 | 0.02 | 956 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.127 | 1.034 | 2166 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_other1.126 | 1.034 | 2166 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.631 | 1.538 | 2720 | | | | | | | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.263 | 186 | - |
---|
Rwork | 0.216 | 3482 | - |
---|
all | - | 3668 | - |
---|
obs | - | - | 62.66 % |
---|
|
---|
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
---|
1 | 1.2948 | 0.4042 | -0.2496 | 0.8112 | -0.3443 | 0.9571 | 0.0081 | -0.0505 | -0.0115 | 0.0459 | 0.0112 | -0.1145 | -0.0157 | 0.1137 | -0.0193 | 0.0028 | 0.0018 | -0.0073 | 0.0193 | -0.0131 | 0.0232 | 97.251 | 83.639 | 35.386 | 2 | 0.965 | 0.2505 | 0.1814 | 0.6414 | 0.1961 | 1.8787 | -0.0444 | 0.1334 | -0.0318 | -0.127 | 0.0554 | -0.0543 | -0.0612 | 0.1515 | -0.0109 | 0.0281 | -0.0162 | 0.0157 | 0.0362 | -0.0095 | 0.0261 | 99.195 | 82.398 | 13.491 | 3 | 1.5061 | 0.1617 | 0.3797 | 0.4754 | 0.1204 | 1.4137 | 0.0321 | 0.0471 | -0.0283 | -0.023 | -0.0092 | 0.0339 | -0.0417 | -0.0375 | -0.023 | 0.0289 | 0.0054 | 0.003 | 0.0134 | -0.0022 | 0.0051 | 79.845 | 75.852 | 5.362 | 4 | 1.1909 | -0.1081 | -0.638 | 0.6597 | 0.4041 | 1.638 | -0.0069 | -0.0126 | -0.0712 | 0.0329 | -0.0247 | 0.0641 | 0.0761 | -0.1666 | 0.0316 | 0.0091 | -0.0128 | -0.0058 | 0.0419 | -0.001 | 0.0291 | 65.851 | 73.184 | 22.145 | 5 | 1.1482 | 0.2786 | 0.1662 | 0.5639 | 0.378 | 1.6638 | -0.018 | -0.0685 | -0.024 | 0.0706 | -0.0034 | 0.005 | 0.0506 | -0.0342 | 0.0213 | 0.0137 | 0.0075 | 0.0051 | 0.0147 | 0.0078 | 0.0054 | 76.627 | 78 | 40.77 |
|
---|
精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
---|
1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A1 - 103 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B1 - 103 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | C1 - 103 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | D1 - 103 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | E1 - 103 | | | | | |
|
---|