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- PDB-5lyt: COMPARISON OF RADIATION-INDUCED DECAY AND STRUCTURE REFINEMENT FR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lyt
タイトルCOMPARISON OF RADIATION-INDUCED DECAY AND STRUCTURE REFINEMENT FROM X-RAY DATA COLLECTED FROM LYSOZYME CRYSTALS AT LOW AND AMBIENT TEMPERATURES
要素HEN EGG WHITE LYSOZYME
キーワードHYDROLASE(O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dewan, J.C. / Young, A.C.M. / Tilton, R.F.
引用
ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 1993
タイトル: Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
著者: Young, A.C.M. / Dewan, J.C. / Nave, C. / Tilton, R.F.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: An X-Ray Study of the Structure and Binding Properties of Iodine-Inactivated Lysozyme
著者: Beddell, C.R. / Blake, C.C.F. / Oatley, S.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Real-Space Refinement of the Structure of Hen Egg-White Lysozyme
著者: Diamond, R.
#3: ジャーナル: Lysozyme / 年: 1974
タイトル: Crystallographic Studies of Lysozyme and its Interactions with Inhibitors and Substrates
著者: Phillips, D.C.
#4: ジャーナル: The Enzymes,Third Edition / 年: 1972
タイトル: Vertebrate Lysozymes
著者: Imoto, T. / Johnson, L.N. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Rupley, J.A.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Energy Refinement of Hen Egg-White Lysozyme
著者: Levitt, M.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Crystal Structure of a Lysozyme-Tetrasaccharide Lactone Complex
著者: Ford, L.O. / Johnson, L.N. / Machin, P.A. / Phillips, D.C. / Tjian, R.
#7: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1967
タイトル: On the Conformation of the Hen Egg-White Lysozyme Molecule
著者: Blake, C.C.F. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R.
#8: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1967
タイトル: Crystallographic Studies of the Activity of Hen Egg-White Lysozyme
著者: Blake, C.C.F. / Johnson, L.N. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R.
#9: ジャーナル: Sci.Am. / 年: 1966
タイトル: The Three-Dimensional Structure of an Enzyme Molecule
著者: Phillips, D.C.
#10: ジャーナル: Nature / 年: 1965
タイトル: Structure of Hen Egg-White Lysozyme, a Three-Dimensional Fourier Synthesis at 2 Angstroms Resolution
著者: Blake, C.C.F. / Koenig, D.F. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R.
#11: ジャーナル: Nature / 年: 1965
タイトル: Structure of Some Crystalline Lysozyme-Inhibitor Complexes Determined by X-Ray Analysis at 6 Angstroms Resolution
著者: Johnson, L.N. / Phillips, D.C.
#12: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#13: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1992年3月20日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEN EGG WHITE LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.420, 78.420, 36.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 HEN EGG WHITE LYSOZYME


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.98 %
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 4.6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
116.7 mg/mlprotein11
20.05 Macetate11
31 %11NaNO3
42 %12NaNO3

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 5958 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.176

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.176 / 最高解像度: 1.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 237 1238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.039
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.041
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0250.013
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.151
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.50.701
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it21.087
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it21.086
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.51.416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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