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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lyt | ||||||
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タイトル | COMPARISON OF RADIATION-INDUCED DECAY AND STRUCTURE REFINEMENT FROM X-RAY DATA COLLECTED FROM LYSOZYME CRYSTALS AT LOW AND AMBIENT TEMPERATURES | ||||||
要素 | HEN EGG WHITE LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Dewan, J.C. / Young, A.C.M. / Tilton, R.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 1993 タイトル: Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures 著者: Young, A.C.M. / Dewan, J.C. / Nave, C. / Tilton, R.F. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975 タイトル: An X-Ray Study of the Structure and Binding Properties of Iodine-Inactivated Lysozyme 著者: Beddell, C.R. / Blake, C.C.F. / Oatley, S.J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974 タイトル: Real-Space Refinement of the Structure of Hen Egg-White Lysozyme 著者: Diamond, R. #3: ジャーナル: Lysozyme / 年: 1974 タイトル: Crystallographic Studies of Lysozyme and its Interactions with Inhibitors and Substrates 著者: Phillips, D.C. #4: ジャーナル: The Enzymes,Third Edition / 年: 1972 タイトル: Vertebrate Lysozymes 著者: Imoto, T. / Johnson, L.N. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Rupley, J.A. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974 タイトル: Crystal Structure of a Lysozyme-Tetrasaccharide Lactone Complex 著者: Ford, L.O. / Johnson, L.N. / Machin, P.A. / Phillips, D.C. / Tjian, R. #7: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1967 タイトル: On the Conformation of the Hen Egg-White Lysozyme Molecule 著者: Blake, C.C.F. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R. #8: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1967 タイトル: Crystallographic Studies of the Activity of Hen Egg-White Lysozyme 著者: Blake, C.C.F. / Johnson, L.N. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R. #9: ジャーナル: Sci.Am. / 年: 1966 タイトル: The Three-Dimensional Structure of an Enzyme Molecule 著者: Phillips, D.C. #10: ジャーナル: Nature / 年: 1965 タイトル: Structure of Hen Egg-White Lysozyme, a Three-Dimensional Fourier Synthesis at 2 Angstroms Resolution 著者: Blake, C.C.F. / Koenig, D.F. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R. #11: ジャーナル: Nature / 年: 1965 タイトル: Structure of Some Crystalline Lysozyme-Inhibitor Complexes Determined by X-Ray Analysis at 6 Angstroms Resolution 著者: Johnson, L.N. / Phillips, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lyt.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lyt.ent.gz | 29.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lyt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5lyt_validation.pdf.gz | 415.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5lyt_full_validation.pdf.gz | 428.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5lyt_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5lyt_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/5lyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/5lyt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 4.6 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 5958 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.176 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.176 / 最高解像度: 1.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.176 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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