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万見
- PDB-5lyg: CRYSTAL STRUCTURE OF INTRACELLULAR B30.2 DOMAIN OF BTN3A1 BOUND T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lyg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF INTRACELLULAR B30.2 DOMAIN OF BTN3A1 BOUND TO MALONATE
要素Butyrophilin subfamily 3 member A1
キーワードSIGNALING PROTEIN / B30.2 / butyrophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / activated T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of cytokine production / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Butyrophilin subfamily 3 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mohammed, F. / Baker, A.T. / Salim, M. / Willcox, B.E.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: BTN3A1 Discriminates gamma delta T Cell Phosphoantigens from Nonantigenic Small Molecules via a Conformational Sensor in Its B30.2 Domain.
著者: Salim, M. / Knowles, T.J. / Baker, A.T. / Davey, M.S. / Jeeves, M. / Sridhar, P. / Wilkie, J. / Willcox, C.R. / Kadri, H. / Taher, T.E. / Vantourout, P. / Hayday, A. / Mehellou, Y. / Mohammed, F. / Willcox, B.E.
履歴
登録2016年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 3 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7785
ポリマ－21,4891
非ポリマー2884
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.730, 127.220, 39.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 3 member A1


分子量: 21489.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN3A1, BTF5 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: O00481
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350 and 0.2M Sodium malonate dibasic monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→39.4 Å / Num. obs: 67598 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 29.811 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12.29
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.52-1.561.0161.060.471195.1
1.56-1.60.8741.530.647198.5
1.6-1.650.7122.280.791198.6
1.65-1.70.5753.060.842199.2
1.7-1.760.4364.070.892199.1
1.76-1.820.3125.340.929199.4
1.82-1.890.2267.220.962199.5
1.89-1.960.1659.390.978199.6
1.96-2.050.11611.850.987199.5
2.05-2.150.09213.570.991199.4
2.15-2.270.07416.120.993199.6
2.27-2.40.06618.260.995199.5
2.4-2.570.05520.570.996199.4
2.57-2.780.04822.50.996199.3
2.78-3.040.0426.460.997199.3
3.04-3.40.03529.510.998199.2
3.4-3.920.03231.650.998198.8
3.92-4.810.02933.410.998198.1
4.81-6.80.02833.790.998199.1
6.80.02633.520.998198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→39.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.218 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.1032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.079
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 1625 5.2 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.1895 29501 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 54.45 Å2 / Biso mean: 23.514 Å2 / Biso min: 14.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→39.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1516 0 19 126 1661
Biso mean--25.45 33.13 -
残基数----187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.021565
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9481.9542126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4865186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.04123.7572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99615248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.66159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211206
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.50231565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.037554
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.91751596
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 92 -
Rwork0.28 1965 -
all-2057 -
obs--98.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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