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- PDB-5ly9: Structure of MITat 1.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ly9
タイトルStructure of MITat 1.1
要素Variant surface glycoprotein MITAT 1.1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Trypanosoma / Mitat / VSG / immune response / Glycoprotein
機能・相同性Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / evasion of host immune response / plasma membrane / Variant surface glycoprotein MITAT 1.1
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Schaefer, C. / Bartossek, T. / Jones, N. / Kuper, J. / Kisker, C. / Engstler, M.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationEN 305 ドイツ
German Research FoundationGRK 1114 ドイツ
German Research FoundationSFB630 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the shielding function of the dynamic trypanosome variant surface glycoprotein coat.
著者: Bartossek, T. / Jones, N.G. / Schafer, C. / Cvitkovic, M. / Glogger, M. / Mott, H.R. / Kuper, J. / Brennich, M. / Carrington, M. / Smith, A.S. / Fenz, S. / Kisker, C. / Engstler, M.
履歴
登録2016年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein MITAT 1.1
B: Variant surface glycoprotein MITAT 1.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,85511
ポリマ－79,2852
非ポリマー2,5699
水16,466914
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13760 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area27640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.507, 95.041, 103.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein MITAT 1.1 / VSG


分子量: 39642.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P26331

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 921分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 914 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 5.5-6.5 13-18% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.52 Å / Num. obs: 93995 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.126 / CC1/2: 0.675 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→47.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.343 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.0905 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.094
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 4696 5 %RANDOM
Rwork0.1654 ---
obs0.1674 89212 99.61 %-
原子変位パラメータBiso max: 103.94 Å2 / Biso mean: 28.862 Å2 / Biso min: 10.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2--1.99 Å2-0 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→47.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5506 0 170 925 6601
Biso mean--38.64 42.16 -
残基数----732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.025819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9292.0067907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.078313057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.755748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.87725.799219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.225151019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.9051522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2571.9792945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2551.9782944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8692.9573681
LS精密化 シェル解像度: 1.648→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 331 -
Rwork0.28 6283 -
all-6614 -
obs--95.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05260.06340.24150.30020.61051.56790.0013-0.0137-0.02340.00150.00750.0440.0029-0.013-0.00880.05350.0064-0.00550.1069-0.01230.040849.963768.784117.3703
20.1241-0.04530.05810.09850.1680.50610.04940.016-0.0418-0.0046-0.00890.01690.02580.0202-0.04050.06880.0056-0.01960.0754-0.01860.044152.621958.1704-0.3334
30.1385-0.1128-0.58990.12910.40482.7036-0.01720.0176-0.01750.0083-0.00350.03790.077-0.02970.02070.0336-0.01950.00430.1233-0.00810.038250.504361.070134.37
41.8506-0.6293-0.21776.1208-4.4663.5155-0.10440.0026-0.15380.3909-0.0594-0.1293-0.25660.05260.16380.04970.02370.00210.05360.02480.03755.323456.610556.3396
50.62870.24-0.3240.0988-0.16680.56920.082-0.01520.10010.04260.01040.0503-0.107-0.0573-0.09240.04290.03210.03250.08010.00130.052450.878881.110546.8283
60.1181-0.01530.01210.10530.29480.87720.030.023-0.0130.00230.0225-0.015-0.01550.0811-0.05250.06030.00660.00250.0909-0.03020.035669.166968.070310.6169
70.3928-0.03230.13980.29470.21320.26870.00760.10380.0535-0.04650.0241-0.0406-0.07530.0966-0.03170.0552-0.01150.02610.131-0.00670.021268.1568.8737-12.6041
80.16980.28180.38090.63251.1922.95740.02920.06770.0652-0.07080.05230.0709-0.3619-0.0149-0.08150.12590.01720.06580.08470.00550.09269.560291.806330.459
90.70950.374-0.12940.6696-0.16450.60440.0864-0.1069-0.11540.0092-0.0594-0.0572-0.02880.099-0.0270.0329-0.0057-0.00930.0935-0.00870.030772.174276.481544.6539
103.52622.84241.52387.2279.237413.6549-0.1977-0.5072-0.0015-0.1355-0.12540.1951-0.04710.230.32310.08670.04220.00030.1942-0.03060.024857.695480.200563.1441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3A253 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4A285 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5A295 - 368
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7B151 - 254
8X-RAY DIFFRACTION8B255 - 299
9X-RAY DIFFRACTION9B300 - 357
10X-RAY DIFFRACTION10B358 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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