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- PDB-5lxg: Revised crystal structure of the human adiponectin receptor 1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxg
タイトルRevised crystal structure of the human adiponectin receptor 1 in an open conformation
要素
  • Adiponectin receptor protein 1
  • V REGION HEAVY CHAIN
  • V REGION LIGHT CHAIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROGESTIN AND ADIPOQ RECEPTOR FAMILY / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / 7TM / CERAMIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / fatty acid oxidation ...adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / fatty acid oxidation / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of cell growth / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein kinase binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
AdipoR/Haemolysin-III-related / Haemolysin-III related / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adiponectin receptor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Leyrat, C. / Vasiliauskaite-Brooks, I. / Granier, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council647687 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural insights into adiponectin receptors suggest ceramidase activity.
著者: Vasiliauskaite-Brooks, I. / Sounier, R. / Rochaix, P. / Bellot, G. / Fortier, M. / Hoh, F. / De Colibus, L. / Bechara, C. / Saied, E.M. / Arenz, C. / Leyrat, C. / Granier, S.
履歴
登録2016年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年3月22日ID: 3WXV
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年4月12日Group: Database references
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_related_exp_data_set ...pdbx_audit_support / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.52024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adiponectin receptor protein 1
H: V REGION HEAVY CHAIN
L: V REGION LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1076
ポリマ－59,8493
非ポリマー2583
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.310, 194.110, 74.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adiponectin receptor protein 1 / Progestin and adipoQ receptor family member I


分子量: 35040.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADIPOR1, PAQR1, TESBP1A, CGI-45 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96A54

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 V REGION HEAVY CHAIN


分子量: 13160.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: E.COLI CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 V REGION LIGHT CHAIN


分子量: 11647.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: E.COLI CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 172分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 100mM Bicine, 100mM MgCl2, 30% PEG400, pH 8.0, Lipidic mesophase method, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→97.06 Å / Num. obs: 17815 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 52.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 7.934

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WXV

3wxv
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.73→26.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.115 / SU Rfree Blow DPI: 0.312 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.312
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 890 5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 17798 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.6039 Å20 Å20 Å2
2--13.1054 Å20 Å2
3---4.4985 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.73→26.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3985 0 11 169 4165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.975660HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1347SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes69HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes616HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4167HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion521SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5171SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.73→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 129 4.99 %
Rwork0.25 2454 -
all0.251 2583 -
obs--89.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4843-0.1315-0.47135.68081.33970.75660.07840.00730.0549-0.0368-0.01650.138-0.3042-0.0735-0.06190.15320.2381-0.0627-0.0857-0.0389-0.150521.09643.9982-5.9642
22.36721.86850.36532.14450.12141.6984-0.0402-0.08520.0372-0.17340.03040.14470.1507-0.30990.0097-0.0804-0.07-0.07590.0328-0.0421-0.061414.221-3.2063-20.165
31.8567-0.4116-0.05621.5727-0.04992.9459-0.0172-0.0033-0.0925-0.1164-0.07550.0308-0.0262-0.05040.09270.0058-0.0125-0.0061-0.073-0.0117-0.014734.51653.7607-15.8313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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