PDB-5lx7: Cys-Gly dipeptidase GliJ mutant D38N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lx7

タイトル

Cys-Gly dipeptidase GliJ mutant D38N

要素

Dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / carboxypeptidase / dipeptidase / gliotoxin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host immune response / gliotoxin biosynthetic process / membrane dipeptidase / mycotoxin biosynthetic process / metallodipeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Huber, E.M. / Groll, M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Gliotoxin Biosynthesis: Structure, Mechanism, and Metal Promiscuity of Carboxypeptidase GliJ.
著者: Marion, A. / Groll, M. / Scharf, D.H. / Scherlach, K. / Glaser, M. / Sievers, H. / Schuster, M. / Hertweck, C. / Brakhage, A.A. / Antes, I. / Huber, E.M.

履歴

登録	2016年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lx7.cif.gz	179.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lx7.ent.gz	140.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lwzC 5lx0SC 5lx1C 5lx4C 5nrtC 5nruC 5nrxC 5nryC 5nrzC 5ns1C 5ns2C 5ns5C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xrk-d 3vvm-d 5ggw-d 3had-d 3caq-d 1lso-d 2brw-1 2zzk-1 1f12-d 1kcm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dipeptidase

ヘテロ分子

45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dipeptidase

ヘテロ分子

A: Dipeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.680, 99.680, 107.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Dipeptidase 分子量: 45007.078 Da / 分子数: 1 / 変異: D38N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 遺伝子: AFUA_6G09650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WMJ8, membrane dipeptidase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 5% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45 Å / Num. obs: 45387 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.95→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LX0

5lx0

解像度: 1.95→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 6.653 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19458	2263	5 %	RANDOM
R_work	0.16389	-	-	-
obs	0.16542	42999	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.568 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0.12 Å²	-0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.95→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3007	0	27	291	3325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.113	1.96	4238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.905	3	6963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.805	5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.728	22.949	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.798	15	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.566	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.172	4.073	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.172	4.071	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.527	6.099	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.527	6.101	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.395	4.263	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.394	4.263	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.64	6.337	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.952	32.861	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.952	32.86	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.53	3	6171
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	31.843	5	98
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.768	5	6308

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	163	-
R_work	0.243	3096	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -35.7771 Å / Origin y: 17.0761 Å / Origin z: 16.3676 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0315 Å²	-0.003 Å²	-0.001 Å²	-	0.0512 Å²	-0.0023 Å²	-	-	0.0006 Å²
L	0.0037 °²	0.0015 °²	-0.005 °²	-	0.1404 °²	0.0169 °²	-	-	0.036 °²
S	-0.0074 Å °	0.0026 Å °	0.001 Å °	-0.0039 Å °	0.0116 Å °	-0.0044 Å °	-0.012 Å °	0.0083 Å °	-0.0042 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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