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- PDB-5lwl: MaeR D54A mutant response regulator bound to sulfate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lwl
タイトルMaeR D54A mutant response regulator bound to sulfate
要素Transcriptional regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / Response regulator Beryllium trifluoride Catalytic aspartic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus paracasei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Miguel-Romero, L. / Casino, P. / Landete, J.M. / Monedero, V. / Zuniga, M. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish ministry of science and innovationAGL2007-60975 スペイン
Spanish ministry of science and innovationAGL2010-15679 スペイン
Generalitat ValencianaACOMP2012/137 スペイン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The malate sensing two-component system MaeKR is a non-canonical class of sensory complex for C4-dicarboxylates.
著者: Miguel-Romero, L. / Casino, P. / Landete, J.M. / Monedero, V. / Zuniga, M. / Marina, A.
履歴
登録2016年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulatory protein
B: Transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0404
ポリマ－27,8482
非ポリマー1922
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.638, 76.638, 149.261
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulatory protein


分子量: 13924.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus paracasei (バクテリア)
遺伝子: LPL9_2999 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1MY03, UniProt: A0A247D6V9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.67 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1M lithium sulfate 0.5M ammonium sulfate 0.1M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→68.176 Å / Num. all: 7772 / Num. obs: 7772 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.1 % / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 9.5 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 23722
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.2730.541.4336711190.3730.6590.542.299.1
3.27-3.473.10.2952.6337110780.1970.3560.2953.699
3.47-3.713.10.1754.330759980.1190.2120.1755.699.6
3.71-42.90.116.627749470.0750.1330.117.699.5
4-4.383.10.0689.427198660.0460.0830.06811.399.5
4.38-4.93.10.04712.624147820.0310.0560.04715.799.3
4.9-5.6630.05113.620816910.0340.0620.05116.799.2
5.66-6.933.10.04714.617935850.0310.0560.04717.999.7
6.93-9.830.02822.413734560.0180.0340.02830.198.9
9.8-41.73130.02324.17552500.0150.0280.0234296.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LWK

5lwk


解像度: 3.1→68.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2851 605 7.8 %RANDOM
Rwork0.2253 ---
obs0.2297 7157 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 190.17 Å2 / Biso mean: 116.774 Å2 / Biso min: 49.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.52 Å2-0 Å2-0 Å2
2--8.52 Å2-0 Å2
3----17.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→68.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1958 0 10 8 1976
Biso mean--94.04 76.71 -
残基数----244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.9762690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0115242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.8042490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.40215376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2471516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.58511.614973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.57717.4111212
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3211.7481016
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.598 40 -
Rwork0.487 536 -
all-576 -
obs--98.46 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: -0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-30.519323.8391.6019
2-34.543717.52620.7179
3-33.621527.10371.2848
4-25.79732.30946.8859
5-11.943718.80119.4525
6-5.575419.697836.0956
7-4.441912.626737.4586
8-1.248521.510136.1318
9-6.42928.961530.2091
10000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2A14 - 22
3X-RAY DIFFRACTION3A23 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4A41 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5A73 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 13
7X-RAY DIFFRACTION7B14 - 22
8X-RAY DIFFRACTION8B23 - 40
9X-RAY DIFFRACTION9B41 - 72
10X-RAY DIFFRACTION10B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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