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- PDB-5lwf: Structure of a single domain camelid antibody fragment cAb-G10S i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lwf
タイトルStructure of a single domain camelid antibody fragment cAb-G10S in complex with the BlaP beta-lactamase from Bacillus licheniformis
要素
  • Beta-lactamase
  • Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-G10S
キーワードHYDROLASE / vhh / aggregation
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Vettore, N. / Kerff, F. / Pain, C. / Herman, R. / Sauvage, E. / Preumont, S. / Charlier, P. / Dumoulin, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Probing the mechanism of aggregation of polyQ model proteins with camelid heavy-chain antibody fragments
著者: Vettore, N. / Kerff, F. / Pain, C. / Herman, R. / Sauvage, E. / Preumont, S. / Charlier, P. / Dumoulin, M.
履歴
登録2016年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-G10S
D: Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-G10S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2949
ポリマ－89,9994
非ポリマー2955
水181
1
A: Beta-lactamase
C: Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-G10S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2366
ポリマ－44,9992
非ポリマー2364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
D: Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-G10S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0583
ポリマ－44,9992
非ポリマー591
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.278, 121.691, 137.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Penicillinase


分子量: 30412.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: penP, blaP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00808, beta-lactamase
#2: 抗体 Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-G10S


分子量: 14587.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Mg Acetate, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 20% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.4593 Å / Num. obs: 54511 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 45.36 Å2 / Net I/σ(I): 9.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.56→40.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.289 / SU Rfree Blow DPI: 0.303 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.309
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1231 4.98 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.217 24712 93.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5067 Å20 Å20 Å2
2--4.3568 Å20 Å2
3----0.85 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→40.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5906 0 20 1 5927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0076032HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.018166HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2105SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes162HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes873HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6032HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.23
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion795SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6694SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 128 4.8 %
Rwork0.221 2539 -
all0.222 2667 -
obs--84.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23631.1673-1.26167.4740.18152.23050.2352-0.5702-0.37281.0081-0.1779-0.72340.29950.4472-0.05730.73710.190.2191-0.27080.0897-0.069414.8828-31.37-17.556
21.62810.50863.00861.89010.23485.0403-0.350.1274-0.27690.85750.21860.4228-0.042-0.09340.1313-0.09150.10380.112-0.31410.0294-0.07727.3412-21.0592-28.4457
34.7263-9.1196-2.01950-1.42010.7013-0.01440.3643-0.18780.112-0.0863-0.0205-0.0204-0.24060.1007-0.5888-0.0056-0.111-0.2841-0.30920.3456-5.9194-20.8975-50.911
47.82951.3573-0.67410.05731.45654.306-0.18150.5339-0.39280.4335-0.50740.68820.2369-0.63110.6888-0.7561-0.00620.0993-0.5247-0.1585-0.15181.8101-29.3555-48.6914
53.1471.05190.0643.9392-0.46563.8822-0.2721-0.4211-0.03830.11950.18610.3192-0.25870.09590.086-0.24880.0037-0.0668-0.3931-0.0049-0.076511.0916-15.2259-38.9266
60.2449-0.4875-0.44481.52441.63572.4482-0.07150.1505-0.32380.61110.1004-0.04840.21190.0288-0.0288-0.2290.07820.0433-0.45440.0551-0.109312.9651-21.334-32.4805
72.2970.47130.09885.58450.57671.6008-0.2552-0.1455-0.44811.3123-0.05311.33740.4147-0.48560.3083-0.21460.00530.4316-0.5054-0.0312-0.0436-0.7711-27.8407-29.7254
80.99791.57782.98362.3530.49450.2483-0.0799-0.0792-0.15010.69760.18520.20710.5485-0.2829-0.10540.27580.13740.3091-0.48460.1114-0.13198.8863-32.595-22.2598
97.92460.57220.65212.77351.19570.29950.18020.58980.21321.86060.30211.1932-0.6495-0.9155-0.48231.14870.67530.74590.39250.43810.63587.6275-61.8116-3.8676
101.20120.8085-0.35879.8993-4.38594.076-0.2664-0.0460.02871.73360.2582-0.3185-1.1043-0.16070.00820.23230.1451-0.0612-0.2782-0.0435-0.071529.2127-57.8569-13.3013
114.03723.00120.15484.2098-0.55614.3064-0.42020.80440.4175-0.16420.2578-0.7291-0.741-0.04120.1624-0.06460.0104-0.0955-0.27210.10550.109828.262-46.2727-30.7875
120-5.1986-2.5156.5254-1.95673.1278-0.17690.04950.00541.17190.2206-0.235-0.90210.0422-0.04370.02870.0294-0.1432-0.4068-0.03350.013830.5824-51.0597-22.2812
131.73020.3799-4.23997.0284-1.39270.0011-0.0666-0.37660.07040.41430.004-0.2569-0.06790.14340.0627-0.19690.0046-0.0427-0.355-0.014-0.056329.8717-66.752-18.5014
140.00260.1814-1.32393.5426-5.08730-0.10280.48590.06681.46680.51640.8654-0.7984-0.5531-0.41360.06940.17090.0235-0.38670.0124-0.104221.9954-64.8227-14.4284
154.01691.5034-0.55774.5933-3.50072.57530.2591-0.33490.38222.96510.13340.1538-1.9506-0.1103-0.39250.81740.2323-0.0179-0.6595-0.0003-0.27924.768-51.2148-7.7769
160.00780.9709-2.08327.1936-2.50152.68960.11990.44420.32341.790.92121.3345-0.7884-0.7354-1.04110.58730.58560.5011-0.01010.29370.230913.8348-57.1752-9.2812
173.1153-6.3668-5.57120.66315.78180.01430.08850.03990.43280.1223-0.13340.0113-0.0867-0.16010.0451.86230.74050.88830.03610.40190.486710.5461-54.1826-0.579
183.035-3.0668-1.492910.73832.0380.0013-0.13660.3533-0.4945-0.68740.27540.08690.08050.5289-0.1388-0.0729-0.03390.0809-0.0854-0.12690.308929.4181-30.4709-64.2871
190-2.2838-0.28140.019119.22180-0.16090.0795-0.4525-0.737-0.00010.15352.32340.22010.161-2.453-0.6555-0.1259-0.3127-0.04150.221721.3724-31.0792-58.5629
205.76510.20542.19514.22053.04978.7314-0.08540.7051-0.6929-0.64920.23090.46861.2739-0.6471-0.1455-0.2681-0.07980.0503-0.2162-0.09350.300617.1185-36.6211-57.7185
210.3295-1.18332.23670-2.0890.002-0.02480.02680.2133-0.080.17-0.0946-0.3255-0.0385-0.1452-0.05060.1973-0.1977-0.0287-0.17940.274128.6267-20.9205-49.1682
224.7218-10.06993.16980.00060.58534.3171-0.2802-0.2157-0.1280.0896-0.42230.07520.3795-0.17590.7025-0.10080.09930.198-0.07230.04460.22223.2778-34.0364-48.5463
2310.5797-3.11573.11780.01743.62580.6090.1556-0.1201-0.75520.2860.3767-0.56930.91630.7811-0.5323-0.03950.0247-0.0343-0.0975-0.21290.191130.6266-31.4046-53.5919
240.00312.6289-0.11710.00283.57984.10570.0143-0.02210.2795-0.48360.1795-0.2996-0.07120.3223-0.1938-0.42420.01590.12630.1209-0.02710.484833.4619-29.2242-60.373
254.9813-4.7666-1.655410.13825.91594.75940.05650.2032-0.68460.1581-0.0751-0.11610.27110.06320.0186-0.4090.0016-0.0187-0.242-0.04240.102220.9372-32.3297-56.7036
261.5799-1.7715-3.07459.8262-0.22810.4464-0.05210.5322-0.3143-0.49860.2132-0.1057-0.0324-0.0387-0.1611-0.3422-0.0174-0.1429-0.2677-0.1455-0.024220.2315-31.2495-63.7013
273.85350.910.7030.0918-0.95450.7439-0.06040.30360.2937-1.0289-0.01540.93060.0393-0.34210.07580.42710.0704-0.42390.56740.08910.642812.674-61.5845-51.968
280.38621.59651.16765.3694-4.75093.87650.0080.5025-0.0121-1.00740.36810.01830.2037-0.0375-0.37610.2029-0.099-0.311-0.07-0.03270.053823.2969-65.8586-44.8625
296.9061-0.7174-0.83090.62643.63868.9847-0.1819-0.08790.3253-0.4345-0.10210.0254-1.0015-0.02730.284-0.0329-0.0428-0.33530.14140.13470.557318.2755-59.7909-38.9188
301.814-5.53716.02440.003-0.5971.44980.1107-0.0353-0.1580.0246-0.15960.2033-0.8141-0.4830.049-0.0576-0.0578-0.17410.4450.21370.438312.6856-60.8001-34.5988
310.8846-5.8244-1.58110-0.252800.0463-0.0987-0.05320.01120.05770.40690.2422-0.642-0.10410.1033-0.0601-0.360.29610.11231.069710.4165-65.0683-39.6346
320.88433.40850.96880.91870.68891.1971-0.030.260.2742-0.35890.21260.16510.78530.3447-0.18260.6779-0.087-0.59090.492-0.13250.916513.4784-68.9745-47.6175
332.0449-1.41786.70980.5885-0.09790-0.02760.0179-0.070.04820.17980.1586-0.2649-0.2256-0.15220.46830.0227-0.40990.49610.28811.5295.533-53.3634-43.6802
346.95653.02662.41336.8145-2.02526.3915-0.02620.62750.0011-0.8608-0.01930.5017-0.1093-0.13420.04550.05740.0361-0.1396-0.0526-0.02630.063623.9989-61.2856-39.6543
356.1855-3.55721.33545.826-2.68742.46840.10550.36360.1768-1.10140.12630.32090.2924-0.4383-0.23180.0487-0.0092-0.19020.03610.18190.27421.9871-57.7408-46.9832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|30 - A|50 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|51 - A|83 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|86 - A|98 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|99 - A|142 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|143 - A|167 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|168 - A|194 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|195 - A|251 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|252 - A|291 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|31 - B|50 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|51 - B|98 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|99 - B|118 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|119 - B|142 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|143 - B|167 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|168 - B|194 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|195 - B|251 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ B|252 - B|275 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ B|276 - B|291 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ C|5 - C|35 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ C|36 - C|42 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ C|43 - C|54 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ C|55 - C|60 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ C|61 - C|67 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ C|68 - C|77 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ C|78 - C|86 }
25X-RAY DIFFRACTION25{ C|87 - C|111 }
26X-RAY DIFFRACTION26{ C|112 - C|126 }
27X-RAY DIFFRACTION27{ D|6 - D|27 }
28X-RAY DIFFRACTION28{ D|28 - D|42 }
29X-RAY DIFFRACTION29{ D|43 - D|60 }
30X-RAY DIFFRACTION30{ D|61 - D|67 }
31X-RAY DIFFRACTION31{ D|68 - D|75 }
32X-RAY DIFFRACTION32{ D|76 - D|86 }
33X-RAY DIFFRACTION33{ D|87 - D|94 }
34X-RAY DIFFRACTION34{ D|95 - D|111 }
35X-RAY DIFFRACTION35{ D|112 - D|126 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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