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万見
- PDB-5lvs: Self-assembled protein-aromatic foldamer complexes with 2:3 and 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lvs
タイトルSelf-assembled protein-aromatic foldamer complexes with 2:3 and 2:2:1 stoichiometries
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / PROTEIN-FOLDAMER COMPLEX / PROTEIN FOLDAMER INTERACTIONS / MODIFIED INHIBITOR / ANCHORED FOLDAMER / HCAII DIMERISATION / QUINOLINE OLIGOAMIDE FOLDAMER / BENZENE SULFONAMIDE MODIFIED INHIBITOR / LYASE-LYASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6H0 / FORMYL GROUP / Chem-QUJ / Chem-QUK / Chem-QVE / 8-azanyl-4-oxidanyl-quinoline-2-carboxylic acid / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Jewginski, M. / LANGLOIS D'ESTAINTOT, B. / Granier, T. / Huc, Y.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish Ministry of Science and Higher Education (Mobility Plus Program) ポーランド
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Self-Assembled Protein-Aromatic Foldamer Complexes with 2:3 and 2:2:1 Stoichiometries.
著者: Jewginski, M. / Granier, T. / Langlois d'Estaintot, B. / Fischer, L. / Mackereth, C.D. / Huc, I.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,41231
ポリマ－58,3162
非ポリマー5,09629
水10,359575
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.730, 54.810, 84.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 260 / Label seq-ID: 1 - 259

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29157.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 9種, 604分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-6H0 / ~{N}-[[3-(4-formamidobutoxy)phenyl]methyl]-4-sulfamoyl-benzamide


分子量: 405.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N3O5S
#4: 化合物
ChemComp-QUK / 8-azanyl-4-(3-azanylpropoxy)quinoline-2-carboxylic acid / 8-アミノ-4-(3-アミノプロポキシ)-2-キノリンカルボン酸


分子量: 261.276 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15N3O3
#5: 化合物 ChemComp-QVS / 8-azanyl-4-oxidanyl-quinoline-2-carboxylic acid


分子量: 204.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8N2O3
#6: 化合物 ChemComp-QVE / 8-azanyl-4-(2-hydroxy-2-oxoethyloxy)quinoline-2-carboxylic acid


分子量: 262.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10N2O5
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-QUJ / 8-azanyl-4-(2-methylpropoxy)quinoline-2-carboxylic acid / 4-イソブトキシ-8-アミノキノリン-2-カルボン酸


分子量: 260.288 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16N2O3
#9: 化合物 ChemComp-FOR / FORMYL GROUP / ホルムアルデヒド


分子量: 30.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: Ammonium sulfate 200 mM Sodium acetate 100 mM PEG 4000 24% NaN3 3 mM
PH範囲: 5.2 - 5.35

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月1日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 125435 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 27.422 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 24.17
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.42-1.461.3642.320.82197.7
1.46-1.51.0393.220.865197.9
1.5-1.560.7634.670.92198.2
1.56-1.60.5566.580.947198.4
1.6-1.70.3799.560.976198.6
1.7-1.80.23315.490.992198.8
1.8-20.12324.770.998199.2
2-2.50.06538.870.999199.6
2.5-30.04847.060.999199.8
3-40.04158.640.999199.8
4-60.04164.090.999199.8
6-100.04362.630.999199.8
100.05157.30.996197.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KS3

3ks3


解像度: 1.42→45.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.053 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0568 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.053
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1782 6182 4.9 %RANDOM
Rwork0.1494 ---
obs0.1509 119253 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.94 Å2 / Biso mean: 27.484 Å2 / Biso min: 11.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.91 Å20 Å21.2 Å2
2---2.71 Å2-0 Å2
3---3.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→45.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4066 0 336 575 4977
Biso mean--30.47 41.11 -
残基数----518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.852.0156331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0153.0069702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4175545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.98724.479192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.05815688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6461515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9142.2842144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9032.2762127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3393.4352673
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.77338845
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.4915365
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.15858903
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17620 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 455 -
Rwork0.462 8638 -
all-9093 -
obs--97.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)
10.07610.01980.01290.04340.00170.00930.0079-0.0159-0.0003-0.0107-0.0094-0.03730.0055-0.01390.00160.03170.00380.01140.02620.00460.0363
20.0294-0.0018-0.00550.0405-0.00170.0486-0.0023-0.0131-0.00020.01430.0014-0.01060.00160.01540.00080.04350.0015-0.00440.05040.00010.0028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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