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万見
- PDB-5lvc: Aichi virus 1: empty particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lvc
タイトルAichi virus 1: empty particle
要素
  • VP0
  • VP1
  • VP3
キーワードVIRUS / picornavirus / picornaviridae / Aichi virus 1 / empty particle / kobuvirus / 50 genome / release / human / pathogen / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase ...host cell Golgi membrane / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
LRAT domain / LRAT domain profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. ...LRAT domain / LRAT domain profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Aichi virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Sabin, C. / Fuzik, T. / Skubnik, K. / Palkova, L. / Lindberg, A.M. / Plevka, P.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2016
タイトル: Structure of Aichi Virus 1 and Its Empty Particle: Clues to Kobuvirus Genome Release Mechanism.
著者: Charles Sabin / Tibor Füzik / Karel Škubník / Lenka Pálková / A Michael Lindberg / Pavel Plevka /
要旨: (AiV-1) is a human pathogen from the genus of the family. Worldwide, 80 to 95% of adults have antibodies against the virus. AiV-1 infections are associated with nausea, gastroenteritis, and fever. ... (AiV-1) is a human pathogen from the genus of the family. Worldwide, 80 to 95% of adults have antibodies against the virus. AiV-1 infections are associated with nausea, gastroenteritis, and fever. Unlike most picornaviruses, kobuvirus capsids are composed of only three types of subunits: VP0, VP1, and VP3. We present here the structure of the AiV-1 virion determined to a resolution of 2.1 Å using X-ray crystallography. The surface loop puff of VP0 and knob of VP3 in AiV-1 are shorter than those in other picornaviruses. Instead, the 42-residue BC loop of VP0 forms the most prominent surface feature of the AiV-1 virion. We determined the structure of AiV-1 empty particle to a resolution of 4.2 Å using cryo-electron microscopy. The empty capsids are expanded relative to the native virus. The N-terminal arms of capsid proteins VP0, which mediate contacts between the pentamers of capsid protein protomers in the native AiV-1 virion, are disordered in the empty capsid. Nevertheless, the empty particles are stable, at least , and do not contain pores that might serve as channels for genome release. Therefore, extensive and probably reversible local reorganization of AiV-1 capsid is required for its genome release. Aichi virus 1 (AiV-1) is a human pathogen that can cause diarrhea, abdominal pain, nausea, vomiting, and fever. AiV-1 is identified in environmental screening studies with higher frequency and greater abundance than other human enteric viruses. Accordingly, 80 to 95% of adults worldwide have suffered from AiV-1 infections. We determined the structure of the AiV-1 virion. Based on the structure, we show that antiviral compounds that were developed against related enteroviruses are unlikely to be effective against AiV-1. The surface of the AiV-1 virion has a unique topology distinct from other related viruses from the family. We also determined that AiV-1 capsids form compact shells even after genome release. Therefore, AiV-1 genome release requires large localized and probably reversible reorganization of the capsid.
履歴
登録2016年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4112
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4112
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: VP1
b: VP0
c: VP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2283
ポリマ－90,2283
非ポリマー00
水00
1
a: VP1
b: VP0
c: VP3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,413,661180
ポリマ－5,413,661180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
a: VP1
b: VP0
c: VP3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 451 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,13815
ポリマ－451,13815
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
a: VP1
b: VP0
c: VP3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 541 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,36618
ポリマ－541,36618
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 27194.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aichi virus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): GMK / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: Q91QP4, UniProt: O91464*PLUS
#2: タンパク質 VP0


分子量: 38950.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aichi virus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): GMK / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: Q91QP4, UniProt: O91464*PLUS
#3: タンパク質 VP3


分子量: 24082.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VP3 / 由来: (天然) Aichi virus (ウイルス) / 参照: UniProt: O91464

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Aichi / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Aichi virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11606 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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