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万見
- PDB-5lva: Crystal structure of thermophilic tryptophan halogenase (Th-Hal) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lva
タイトルCrystal structure of thermophilic tryptophan halogenase (Th-Hal) enzyme from Streptomycin violaceusniger.
要素NAD(P)H-FMN oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / thermophilic / flavin reductase / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NAD(P)H-FMN oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Menon, B.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure and biocatalytic scope of thermophilic flavin-dependent halogenase and flavin reductase enzymes.
著者: Menon, B.R. / Latham, J. / Dunstan, M.S. / Brandenburger, E. / Klemstein, U. / Leys, D. / Karthikeyan, C. / Greaney, M.F. / Shepherd, S.A. / Micklefield, J.
履歴
登録2016年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H-FMN oxidoreductase
B: NAD(P)H-FMN oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2794
ポリマ－39,3662
非ポリマー9132
水2,486138
1
A: NAD(P)H-FMN oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1402
ポリマ－19,6831
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NAD(P)H-FMN oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1402
ポリマ－19,6831
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.840, 66.840, 335.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 NAD(P)H-FMN oxidoreductase


分子量: 19683.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: frb / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q75V96
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M amino acids in a 0.1 M buffer (1.0M imidazole + MES monohydrate acid buffer) at pH 6.5 made up with a 50% v/v precipitant mix (that contained 10% w/v PEG 20,000; 20% v/v PEG MME 550)

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→54.71 Å / Num. obs: 15952 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.4 % / Net I/σ(I): 19.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 2.53→51.391 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 777 4.9 %
Rwork0.183 --
obs0.1856 15853 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.71 Å2 / Biso mean: 28.1904 Å2 / Biso min: 11.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→51.391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2767 0 62 138 2967
Biso mean--22.53 29.61 -
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1853998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8141036
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.53-2.68860.29111210.214824332554
2.6886-2.89610.29531300.220824332563
2.8961-3.18750.30331290.222824392568
3.1875-3.64870.27431380.199124702608
3.6487-4.59650.19161290.154325352664
4.5965-51.40140.19181300.160827662896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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