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- PDB-5lut: Structures of DHBN domain of Gallus gallus BLM helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lut
タイトルStructures of DHBN domain of Gallus gallus BLM helicase
要素BLM helicase
キーワードTRANSFERASE / helicase dimerization alpha-helix motif
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated DNA replication / : / : / chromatin extrusion motor activity / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / : / cohesin loader activity / DNA clamp loader activity / DNA double-strand break processing ...regulation of DNA-templated DNA replication / : / : / chromatin extrusion motor activity / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / : / cohesin loader activity / DNA clamp loader activity / DNA double-strand break processing / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / protein complex oligomerization / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / four-way junction DNA binding / telomere maintenance / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / protein homooligomerization / single-stranded DNA binding / chromosome / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain ...RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RecQ-like DNA helicase BLM / RecQ-like DNA helicase BLM
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Shi, J. / Chen, W.-F. / Zhang, B. / Fan, S.-H. / Ai, X. / Liu, N.-N. / Rety, S. / Xi, X.-G.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: A helical bundle in the N-terminal domain of the BLM helicase mediates dimer and potentially hexamer formation.
著者: Shi, J. / Chen, W.F. / Zhang, B. / Fan, S.H. / Ai, X. / Liu, N.N. / Rety, S. / Xi, X.G.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BLM helicase
B: BLM helicase
C: BLM helicase
D: BLM helicase
E: BLM helicase
F: BLM helicase
G: BLM helicase
H: BLM helicase
I: BLM helicase
J: BLM helicase
K: BLM helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,24015
ポリマ－84,86011
非ポリマー3804
水73941
1
K: BLM helicase

J: BLM helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4292
ポリマ－15,4292
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
2
A: BLM helicase
B: BLM helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5243
ポリマ－15,4292
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area6810 Å2
手法PISA
3
C: BLM helicase
D: BLM helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5243
ポリマ－15,4292
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
4
E: BLM helicase

E: BLM helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4292
ポリマ－15,4292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area6600 Å2
手法PISA
5
F: BLM helicase
G: BLM helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5243
ポリマ－15,4292
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
6
H: BLM helicase
I: BLM helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5243
ポリマ－15,4292
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area6100 Å2
手法PISA
7
J: BLM helicase

K: BLM helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4292
ポリマ－15,4292
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
Buried area430 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.686, 230.804, 50.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
BLM helicase


分子量: 7714.577 Da / 分子数: 11 / 断片: UNP residues 97-612 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: RCJMB04_17c23 / プラスミド: pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZJM1, UniProt: Q9I920*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 0.1M MgCl2 0.1M Na-Citrate 12% PEG 1500 15% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9754 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9754 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.718→54.302 Å / Num. obs: 25224 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 75.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1144 / Net I/σ(I): 18.48
反射 シェル最高解像度: 2.815 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 1.8552 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / CC1/2: 0.802 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2650: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.72→72.774 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2829 1234 4.96 %5%
Rwork0.2364 ---
obs0.2387 24904 98.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→72.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4052 0 20 41 4113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1195516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.2832588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7201-2.8290.38471490.36892421X-RAY DIFFRACTION93
2.829-2.95770.3921310.33632533X-RAY DIFFRACTION97
2.9577-3.11370.3741300.29332585X-RAY DIFFRACTION100
3.1137-3.30880.32011220.28282642X-RAY DIFFRACTION100
3.3088-3.56420.34011400.2722622X-RAY DIFFRACTION100
3.5642-3.92290.28021510.22942642X-RAY DIFFRACTION100
3.9229-4.49050.2441400.18462649X-RAY DIFFRACTION100
4.4905-5.65720.25981310.22442731X-RAY DIFFRACTION100
5.6572-72.80020.24451400.21782845X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.933-0.64660.18694.5169-0.43284.3044-0.06930.08880.388-0.34450.29370.14420.18770.2893-0.14470.37890.0261-0.00970.38590.01950.4877-38.925847.592642.6193
26.69933.1205-2.39464.2913-0.63444.11710.3617-0.64030.23860.5955-0.269-0.6987-0.27970.6494-0.01780.33240.0922-0.06040.506-0.01820.4818-28.706951.380948.479
34.44271.189-1.61822.2125-0.68842.31850.27710.91520.27440.00640.1283-0.7417-0.21190.2655-0.1930.45420.1090.07660.61470.01160.6449-28.631244.123841.3814
41.6176-0.5057-0.63942.81060.69943.3364-0.1410.1109-0.0198-0.1380.11840.31320.2116-0.5145-0.10580.51410.0134-0.1040.41790.10420.4771-45.67641.221742.1181
55.0859-2.5781-0.23824.26990.30142.4973-0.1914-0.3767-0.3835-0.50540.4166-0.78530.11470.5909-0.16150.6024-0.08910.12050.6307-0.01380.6229-32.944123.820535.4226
65.52963.0074-1.49398.4797-0.88334.276-0.3743-0.1380.4183-0.51940.27561.5367-0.5294-1.4860.280.53870.1474-0.12370.66930.03310.5492-54.863427.022837.4151
74.8281.58141.21444.63010.81733.5923-0.0539-0.10240.08380.57320.0248-0.2031-0.1035-0.2651-0.02830.54520.09080.00730.52050.05180.4556-41.703429.33547.4471
84.1363-0.64361.26264.07280.15343.9691-0.2324-0.3514-0.53220.4770.0087-0.5990.05040.82980.17160.55210.05340.00340.62240.08720.4686-35.238721.747245.9141
91.8972-2.81861.36686.75990.90274.34670.6070.5165-0.2473-0.3877-0.80190.6560.3337-1.0751-0.05080.5793-0.0319-0.0930.57490.00440.5219-53.151221.697730.6097
104.112-0.95450.25973.66920.28552.5898-0.0730.6052-0.0366-0.80830.003-0.59880.40960.01180.10390.6545-0.07710.14170.4406-0.01480.5247-37.394916.720129.6897
113.9074-0.96371.4154.7272-0.7614.62570.104-0.80480.35520.5746-0.0123-0.7386-0.5885-0.2145-0.1510.508-0.0461-0.04340.5416-0.09530.6734-33.39591.003341.1258
124.604-0.25870.22825.20940.39593.94740.39850.9099-0.0066-0.7136-0.08440.5231-0.2361-0.114-0.0640.51130.0068-0.03250.52250.11350.5214-45.25385.61831.082
134.40120.33510.25223.8037-1.34755.61890.0020.84260.1271-1.244-0.0181-0.31710.46870.3519-0.22330.6565-0.01220.00420.54940.00350.5115-29.500666.95233.5703
143.13141.54951.2123.91860.33333.95760.2403-0.6228-0.21090.5266-0.30720.34120.1166-0.2996-0.01160.35270.06730.09320.50790.06250.5014-34.920363.800150.9102
154.02932.06631.71634.19870.79624.7644-0.520.32180.6027-0.46010.17051.2735-0.1788-0.25680.28010.3860.1044-0.05410.43340.01480.6238-38.006869.864240.6239
163.1691-1.2871-0.6123.1322-0.56143.87520.13530.0384-0.0582-0.2690.0594-0.0476-0.17160.384-0.07980.4419-0.06420.07330.416-0.11910.3882-21.837972.736942.7162
174.5176-1.2071.0323.94290.27092.9090.69430.60620.4279-0.28520.07691.6356-0.6346-1.8909-0.60070.56810.1262-0.00581.0640.17040.9525-34.110188.056433.6481
184.45333.17360.55745.1129-2.42566.1304-0.0784-0.6811-0.38471.2418-0.2053-0.8385-0.58851.24220.18050.65740.09210.08220.6691-0.05780.5746-13.778789.004838.9668
195.7043-0.289-1.18493.8275-1.27137.2850.8015-0.6661-0.08760.3507-0.3330.7839-1.66160.3916-0.19090.6350.05860.10070.3753-0.07030.4837-28.261984.538346.9606
203.35780.3708-1.16231.9124-0.38673.66510.26240.15140.84011.21160.4930.8751-0.9635-1.4262-0.80970.87240.16310.33680.66520.05420.8463-33.15592.266443.1503
211.9335-2.25680.45546.85951.04362.84730.3142-0.81850.54170.899-0.08890.2393-0.66790.8345-0.31110.7163-0.04490.10110.5934-0.09220.5578-15.249693.237130.6995
224.06570.57953.00164.8393.14183.82810.79862.00330.2765-1.17471.62290.2569-0.2225-1.3136-0.31590.64440.07210.07830.78670.62780.5854-28.391894.146727.3963
233.37532.6857-1.22792.51-1.24270.6236-0.32130.61170.1379-1.42510.6477-0.08910.8616-1.6404-0.01581.61760.1236-0.11371.34360.36461.0701-37.2792108.20230.2537
242.08-0.84390.15131.34511.72834.6186-1.04190.98991.2229-1.362-0.9654-0.26540.0291-0.23711.03671.53740.3380.07031.96120.06511.0978-28.4163105.813418.3812
251.3294-0.6735-0.61272.5139-1.6962.1481-0.3997-1.743-0.7737-0.1104-0.38610.1395-0.354-0.46840.55042.00320.1213-0.18674.0340.30780.863-24.6361112.214525.4802
260.21190.2042-0.2740.2665-0.21850.38130.1438-0.0893-0.433-0.2909-0.0794-0.2107-0.0548-0.10620.04423.46341.0028-0.51270.9284-1.62960.732-25.9258103.696439.7536
277.442-0.4655-0.06267.4422-1.12580.1696-0.9028-0.495-1.3725-0.77430.5222-0.2938-0.5518-0.98010.221.92540.030.03271.7161-0.00840.8746-47.8233117.588242.6632
283.6164-0.56950.59634.8857-2.23251.2543-0.0531-0.53091.38260.1422-0.1250.0856-0.14040.45790.13410.4985-0.2265-0.34591.37190.21231.3516-43.0287112.685426.2705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 310 through 341 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 342 through 361 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 309 through 330 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 331 through 361 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 310 through 330 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 331 through 341 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 342 through 361 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 308 through 330 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 331 through 341 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 342 through 361 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 310 through 330 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 331 through 361 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 307 through 330 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 331 through 361 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 310 through 330 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 331 through 361 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 312 through 330 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 331 through 343 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 344 through 361 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'I' and (resid 310 through 330 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 331 through 341 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'I' and (resid 342 through 357 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'J' and (resid 320 through 328 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'J' and (resid 329 through 338 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'J' and (resid 339 through 351 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'J' and (resid 352 through 359 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'K' and (resid 311 through 320 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'K' and (resid 321 through 332 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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