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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lu5 | ||||||
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タイトル | A quantum half-site enzyme | ||||||
要素 | Phosphoheptose isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Cooperativity / enzyme kinetics / hydrogen bonds / molecular modelling / quantum mechanics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase / D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / capsule polysaccharide biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Vivoli, M. / Harmer, N.J. / Pang, J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: A half-site multimeric enzyme achieves its cooperativity without conformational changes. 著者: Vivoli, M. / Pang, J. / Harmer, N.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lu5.cif.gz | 177.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lu5.ent.gz | 140 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lu5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5lu5_validation.pdf.gz | 818.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5lu5_full_validation.pdf.gz | 821.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5lu5_validation.xml.gz | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5lu5_validation.cif.gz | 56.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/5lu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/5lu5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 20833.768 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: gmhA, DP49_467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A095TT41, UniProt: Q93UJ2*PLUS, D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase #2: 糖 | ChemComp-M7P / |
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-非ポリマー , 8種, 828分子
#3: 化合物 | ChemComp-PG4 / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 化合物 | ChemComp-MG / | #9: 化合物 | ChemComp-ACT / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode 詳細: untagged GmhA 10 mg per mL 0.1 M Na Acetate, pH 4.6, 8% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→63.4 Å / Num. obs: 113107 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 17.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.55→63.39 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→63.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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