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万見
- PDB-5ltd: Phosphate-bound Pichia angusta Atg18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ltd
タイトルPhosphate-bound Pichia angusta Atg18
要素Autophagy-related protein 18
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / membrane bound protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phagophore assembly site membrane / vacuolar membrane / autophagy / protein transport / endosome membrane
類似検索 - 分子機能
: / PROPPIN / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Autophagy-related protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Pichia angusta (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Scacioc, A. / Kuhnel, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB860 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phopshate-bound Pichia angusta Atg18
著者: Scacioc, A. / Kuhnel, K.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 18
B: Autophagy-related protein 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4527
ポリマ－116,0102
非ポリマー4425
水2,144119
1
A: Autophagy-related protein 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1953
ポリマ－58,0051
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Autophagy-related protein 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2574
ポリマ－58,0051
非ポリマー2523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.242, 58.253, 62.250
Angle α, β, γ (deg.)83.73, 80.85, 86.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein 18


分子量: 58005.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: two phosphate ions bound as ligands to the protein / 由来: (組換発現) Pichia angusta (菌類) / 遺伝子: ATG18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5QA94
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20 % (w/V) PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium phosphate dibasic-citric acid pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45 Å / Num. obs: 27376 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.645 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LTG

5ltg


解像度: 2.5→45 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 --
Rwork0.221 --
obs-27376 98.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4738 0 24 119 4881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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