PDB-5ltc: Crystal structure of doubly spin labelled VcSiaP R125

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ltc

タイトル

Crystal structure of doubly spin labelled VcSiaP R125

要素

C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Substrate binding protein / spin label / mtssl

機能・相同性

機能・相同性情報

: / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Peter, M. / Glaenzer, J. / Hagelueken, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2017
タイトル: PELDOR Spectroscopy Reveals Two Defined States of a Sialic Acid TRAP Transporter SBP in Solution.
著者: Glaenzer, J. / Peter, M.F. / Thomas, G.H. / Hagelueken, G.

履歴

登録	2016年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ltc.cif.gz	255.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ltc.ent.gz	208.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ltc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ltc_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ltc_full_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示
XML形式データ	5ltc_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	5ltc_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4magS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ibq-1 6in9-2 5rd4-d 2cex-1 4pfr-1 1sa3-1 5r30-d 1ibq-2 3fet-2 5rbr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein

A: C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein

74.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.270, 78.100, 116.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein 分子量: 37328.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6HRA2, UniProt: Q9KR64*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 1.26 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.89429 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89429 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.101→45.29 Å / Num. obs: 37987 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 7.25
反射シェル	解像度: 2.101→2.176 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MAG

4mag

解像度: 2.101→45.29 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2625	2019	5.32 %
R_work	0.2188	-	-
obs	0.2212	37954	97.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→45.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4762	0	0	181	4943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4858
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.354	6588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.279	2948
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	722
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	852

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.101-2.1536	0.3545	136	0.342	2400	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1536-2.2118	0.3398	141	0.3304	2567	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2118-2.2769	0.4044	136	0.3239	2572	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2769-2.3503	0.3733	150	0.3193	2569	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3503-2.4343	0.3328	129	0.2909	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4343-2.5318	0.3449	163	0.2793	2578	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5318-2.647	0.2875	138	0.2725	2549	X-RAY DIFFRACTION	98
2.647-2.7866	0.317	138	0.2683	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7866-2.9611	0.3148	153	0.2576	2563	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9611-3.1897	0.3125	139	0.2465	2580	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1897-3.5106	0.2804	147	0.2234	2582	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5106-4.0184	0.2077	150	0.1807	2561	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0184-5.0617	0.1774	144	0.1485	2601	X-RAY DIFFRACTION	96
5.0617-46.6375	0.2254	155	0.1733	2639	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6093	0.1023	-0.6052	1.6859	0.3984	1.1536	0.0355	0.0162	-0.3593	0.0386	-0.1642	0.0754	-0.0201	0.109	0.0656	0.3141	-0.0155	-0.1314	0.3851	0.0729	0.356	54.5679	-15.255	246.8058
2	5.4533	-1.2023	1.2864	3.6394	-1.8475	2.9396	0.0648	0.7842	0.482	-0.9483	-0.2681	-0.5459	0.3424	0.227	0.0976	0.5526	0.0274	0.0622	0.4354	0.0541	0.3204	67.5196	7.9108	243.9275
3	2.6308	0.9049	-0.3493	3.8335	0.3024	0.7557	0.1405	-0.2148	-0.0995	0.1826	0.025	0.3272	-0.1019	-0.2104	-0.1317	0.3552	0.0303	-0.0796	0.3917	0.0707	0.259	52.525	-5.0771	249.95
4	4.0491	-0.1861	0.6786	3.0262	-1.8008	7.2832	-0.4457	0.2802	0.5316	-0.0622	0.2128	-1.1637	-0.2305	0.6653	0.129	0.4016	-0.0683	-0.0232	0.4978	-0.1522	0.5494	61.821	-18.1587	209.6968
5	0.8585	-0.3828	-0.4453	2.5286	0.1893	1.5078	-0.2089	0.0858	-0.2521	-0.0898	-0.098	0.0355	-0.0153	-0.2588	0.244	0.3302	0.0411	-0.079	0.4661	-0.2139	0.5003	52.9272	-26.8223	219.3197
6	3.7708	-0.707	-0.8039	2.9682	-2.3532	3.5001	-0.2035	-0.6467	0.1814	0.5072	0.0164	-0.2082	-0.197	0.3589	0.2537	0.5459	-0.0402	0.0552	0.5074	-0.344	0.7874	67.4943	-47.7026	220.5432
7	0.7968	-1.2336	0.3317	4.1923	-0.2141	1.8408	-0.2135	0.1769	-0.2188	-0.0328	0.1302	0.2109	0.085	-0.3549	0.011	0.3063	-0.0539	-0.0009	0.5308	-0.225	0.5647	52.8865	-34.9777	213.8029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 129 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 130 through 210 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 211 through 299 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 30 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 31 through 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 130 through 210 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 211 through 299 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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