[日本語] English
万見
- PDB-5ltc: Crystal structure of doubly spin labelled VcSiaP R125 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ltc
タイトルCrystal structure of doubly spin labelled VcSiaP R125
要素C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Substrate binding protein / spin label / mtssl
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
TRAP transporter solute receptor, DctP family / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein / Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Peter, M. / Glaenzer, J. / Hagelueken, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationHA6805/4-1 ドイツ
引用ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2017
タイトル: PELDOR Spectroscopy Reveals Two Defined States of a Sialic Acid TRAP Transporter SBP in Solution.
著者: Glaenzer, J. / Peter, M.F. / Thomas, G.H. / Hagelueken, G.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein
A: C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6572
ポリマ－74,6572
非ポリマー00
水3,261181
1
B: C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3281
ポリマ－37,3281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3281
ポリマ－37,3281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.270, 78.100, 116.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

-
要素

#1: タンパク質 C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein


分子量: 37328.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6HRA2, UniProt: Q9KR64*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 1.26 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.89429 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89429 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.101→45.29 Å / Num. obs: 37987 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 7.25
反射 シェル解像度: 2.101→2.176 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MAG

4mag


解像度: 2.101→45.29 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 2019 5.32 %
Rwork0.2188 --
obs0.2212 37954 97.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→45.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4762 0 0 181 4943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3546588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2792948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.101-2.15360.35451360.3422400X-RAY DIFFRACTION93
2.1536-2.21180.33981410.33042567X-RAY DIFFRACTION99
2.2118-2.27690.40441360.32392572X-RAY DIFFRACTION99
2.2769-2.35030.37331500.31932569X-RAY DIFFRACTION99
2.3503-2.43430.33281290.29092595X-RAY DIFFRACTION99
2.4343-2.53180.34491630.27932578X-RAY DIFFRACTION98
2.5318-2.6470.28751380.27252549X-RAY DIFFRACTION98
2.647-2.78660.3171380.26832579X-RAY DIFFRACTION98
2.7866-2.96110.31481530.25762563X-RAY DIFFRACTION98
2.9611-3.18970.31251390.24652580X-RAY DIFFRACTION97
3.1897-3.51060.28041470.22342582X-RAY DIFFRACTION97
3.5106-4.01840.20771500.18072561X-RAY DIFFRACTION96
4.0184-5.06170.17741440.14852601X-RAY DIFFRACTION96
5.0617-46.63750.22541550.17332639X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60930.1023-0.60521.68590.39841.15360.03550.0162-0.35930.0386-0.16420.0754-0.02010.1090.06560.3141-0.0155-0.13140.38510.07290.35654.5679-15.255246.8058
25.4533-1.20231.28643.6394-1.84752.93960.06480.78420.482-0.9483-0.2681-0.54590.34240.2270.09760.55260.02740.06220.43540.05410.320467.51967.9108243.9275
32.63080.9049-0.34933.83350.30240.75570.1405-0.2148-0.09950.18260.0250.3272-0.1019-0.2104-0.13170.35520.0303-0.07960.39170.07070.25952.525-5.0771249.95
44.0491-0.18610.67863.0262-1.80087.2832-0.44570.28020.5316-0.06220.2128-1.1637-0.23050.66530.1290.4016-0.0683-0.02320.4978-0.15220.549461.821-18.1587209.6968
50.8585-0.3828-0.44532.52860.18931.5078-0.20890.0858-0.2521-0.0898-0.0980.0355-0.0153-0.25880.2440.33020.0411-0.0790.4661-0.21390.500352.9272-26.8223219.3197
63.7708-0.707-0.80392.9682-2.35323.5001-0.2035-0.64670.18140.50720.0164-0.2082-0.1970.35890.25370.5459-0.04020.05520.5074-0.3440.787467.4943-47.7026220.5432
70.7968-1.23360.33174.1923-0.21411.8408-0.21350.1769-0.2188-0.03280.13020.21090.085-0.35490.0110.3063-0.0539-0.00090.5308-0.2250.564752.8865-34.9777213.8029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 129 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 210 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 211 through 299 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 30 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 31 through 129 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 130 through 210 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 211 through 299 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る