PDB-5lsr: Carboxysome shell protein CcmP from Synechococcus elongatus PCC 7942

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lsr

タイトル

Carboxysome shell protein CcmP from Synechococcus elongatus PCC 7942

要素

CcmP

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Carboxysome Shell protein BMC domain Gated transport

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Larsson, A.M. / Hasse, D. / Valegard, K. / Andersson, I.

資金援助

スウェーデン, 4件

組織	認可番号	国
Swedish Research Council		スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation		スウェーデン
European Research Council		スウェーデン
Rontgen-Angstrom Cluster		スウェーデン

引用

ジャーナル: J. Exp. Bot. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of beta-carboxysome shell protein CcmP: ligand binding correlates with the closed or open central pore.
著者: Larsson, A.M. / Hasse, D. / Valegard, K. / Andersson, I.

履歴

登録	2016年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lsr.cif.gz	249.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lsr.ent.gz	203.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lsr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lsr_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lsr_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	5lsr_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	5lsr_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5lsr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5lsr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lt5C 4ht5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v76-1 5suh-1 5y52-d 7cug-1 5z2b-1 4ht7-2 5v75-d 1k1e-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (3) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CcmP

B: CcmP

C: CcmP

ヘテロ分子

72.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CcmP

B: CcmP

C: CcmP

ヘテロ分子

A: CcmP

B: CcmP

C: CcmP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.740, 178.740, 178.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-461- HOH

#1: タンパク質	CcmP 分子量: 24271.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 遺伝子: Synpcc7942_0520 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q31QW7
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20 mM BIS-tris propane, 50 mM NaCl, 0.1 mM RuBP, 0.1 mM TrisHCl pH 7, 0.2 mM potassium thiocyanate, 6% poly-alpha-glutamic acid,

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→44.69 Å / Num. obs: 113271 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.15 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 18.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.68	17.6	1.404	2.3	0.764	1	100
9.04-44.69	19.7	0.071	48.3	0.998	1	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.29	データスケーリング
BUSTER-TNT	1.10.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS	November 3, 2014	データ削減
PHASER	2.5.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HT5

4ht5

解像度: 1.65→44.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9583 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9578 / SU R Cruickshank DPI: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.07 / SU R_free Blow DPI: 0.067 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.067

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1911	5675	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1813	-	-	-
obs	0.1818	113268	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.31 Å² / B_iso mean: 32.66 Å² / B_iso min: 17.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.205 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→44.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4714	0	6	357	5077
B_iso mean	-	-	37.15	39.89	-
残基数	-	-	-	-	616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1742	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	127	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	725	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	4849	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	638	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	5931	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	4849	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	6570	HARMONIC	2	1.03
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.79
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				15.06

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	410	4.91 %
R_work	0.2028	7940	-
all	0.2032	8350	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5079	-0.2192	0.3878	0.4756	-0.2746	0.961	0.013	-0.0852	-0.0649	0.0152	0.0366	0.0791	-0.073	-0.1518	-0.0495	-0.0241	0.0214	-0.028	-0.0079	0.0178	-0.0027	26.2932	-50.9942	0.9587
2	0.8514	0.1976	0.4832	0.5022	0.2739	0.996	-0.1288	-0.1165	0.1661	0.0025	-0.0045	0.0755	-0.4035	-0.1872	0.1333	0.12	0.1075	-0.0798	-0.1238	-0.0288	-0.0457	27.2205	-17.9014	2.3463
3	0.4803	-0.0452	0.1433	0.9177	0.0337	0.6764	-0.0497	-0.1514	0.0541	0.0791	0.0323	0.0496	-0.2237	-0.0806	0.0174	0.0201	0.0336	-0.0328	-0.0229	-0.017	-0.0508	44.1237	-35.8782	24.4128

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	3 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	2 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	3 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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