PDB-5lsm: Crystal structure of nitronate monooxygenase (SO_0471) from Shewa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lsm

タイトル

Crystal structure of nitronate monooxygenase (SO_0471) from Shewanella oneidensis MR-1

要素

FMN-dependent nitronate monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NITRONATE MONOXYGENASE / 2-NITROPROPANE

機能・相同性

機能・相同性情報

nitronate monooxygenase / nitronate monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Baker, G.E. / Race, P.R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of nitronate monooxygenase (SO_0471) from Shewanella oneidensis MR-1
著者: Baker, G.E. / Race, P.R.

履歴

登録	2016年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lsm.cif.gz	499.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lsm.ent.gz	404 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lsm_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lsm_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	5lsm_validation.xml.gz	96.8 KB	表示
CIF形式データ	5lsm_validation.cif.gz	131.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5lsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5lsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gjlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bw4-1 3bw3-1 4w78-1 6alo-1 1tnu-4 4qiu-d 4xdd-2 6lky-d 6gm8-1 3ztv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FMN-dependent nitronate monooxygenase

B: FMN-dependent nitronate monooxygenase

C: FMN-dependent nitronate monooxygenase

D: FMN-dependent nitronate monooxygenase

E: FMN-dependent nitronate monooxygenase

F: FMN-dependent nitronate monooxygenase

G: FMN-dependent nitronate monooxygenase

H: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

308 kDa, 8 ポリマー
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1

H: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

A: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77 kDa, 2 ポリマー
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2

G: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

E: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

H: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77 kDa, 2 ポリマー
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4

B: FMN-dependent nitronate monooxygenase

C: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77 kDa, 2 ポリマー
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5

D: FMN-dependent nitronate monooxygenase

F: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77 kDa, 2 ポリマー
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6

E: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

G: FMN-dependent nitronate monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.001, 99.911, 108.558
Angle α, β, γ (deg.)	95.31, 106.23, 91.62
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	FMN-dependent nitronate monooxygenase 分子量: 38019.324 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_0471 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EJJ2, nitronate monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.5 M potassium dihydrogen phosphate and 20 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97833 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97833 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→34.16 Å / Num. obs: 99971 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / R_merge(I) obs: 0.343 / CC_1/2: 0.67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GJL

2gjl

解像度: 2.5→34.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 10.444 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.554 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25572	5038	5 %	RANDOM
R_work	0.18516	-	-	-
obs	0.18866	94928	94.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.74 Å²	-0.29 Å²	-0.79 Å²
2-	-	0.39 Å²	-0.24 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19289	0	272	424	19985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	19983
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	18597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.066	1.969	27285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.7	3	42517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.872	5	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.313	23.913	713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.064	15	2757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.428	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	22903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.898	4.319	10693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.898	4.319	10692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.497	6.469	13312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.497	6.469	13313
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.27	4.601	9290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.27	4.601	9290
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.166	6.785	13974
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.9	36.514	22664
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.9	36.515	22665
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	381	-
R_work	0.283	7053	-
obs	-	-	95.52 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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