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万見
- PDB-5lse: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH Glu L212 replaced with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lse
タイトルPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH Glu L212 replaced with Ala (CHAIN L, EL212W), Asp L213 replaced with ALA (Chain L, DL213A) AND LEU M215 REPLACED WITH ALA (CHAIN M, LM215A)
要素(Reaction center protein ...) x 3
キーワードELECTRON TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / DODECANE / : / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fyfe, P.K. / Jones, M.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I022570/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilB13439 英国
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: On the mechanism of ubiquinone mediated photocurrent generation by a reaction center based photocathode.
著者: Friebe, V.M. / Swainsbury, D.J. / Fyfe, P.K. / van der Heijden, W. / Jones, M.R. / Frese, R.N.
履歴
登録2016年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
H: Reaction center protein H chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,56823
ポリマ－93,6673
非ポリマー10,90120
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38830 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area28770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.993, 138.993, 184.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31244.346 Da / 分子数: 1 / 変異: EL212A, DL213A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Glu L212 to Ala engineered mutation Asp L213 to Ala engineered mutation
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: pufL / プラスミド: PRKEH10D / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / Variant (発現宿主): EL212A/DL213A/LM215A / 参照: UniProt: P0C0Y8
#2: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34356.461 Da / 分子数: 1 / 変異: LM215A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Leu M215 ALA engineered mutation
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: pufM / プラスミド: pRKEH10D / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9
#3: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Missing N and C-terminal residues unobserved in electron density
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: puhA / プラスミド: PRKEH10D / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / Variant (発現宿主): EL212A/DL213A/LM215A / 参照: UniProt: P0C0Y7

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非ポリマー , 10種, 290分子

#4: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#5: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#6: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#7: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-SPN / SPEROIDENONE


分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H70O2
#10: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#12: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Well containing 9 mg mL-1 RC, 0.09 % v/v LDAO, 3.5 % w/v 1,2,3-heptanetriol, and 0.75 M potassium phosphate (pH 7.5) equilibrated against 1.5 M potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→23.9 Å / Num. obs: 70501 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD TYPE RHODOBACTER SPHAEROIDES COORDINATES (Unpublished data)

解像度: 2.5→23.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 10.34 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20118 3515 5 %RANDOM
Rwork0.16769 ---
obs0.16934 67435 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.06 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→23.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6447 0 710 270 7427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.027430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8362.04110150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.088316283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3585820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.18922.545279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55315966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.511532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2030.21018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8563.733286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8523.7283285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9795.5854104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9795.5884105
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5474.2534143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5394.2534143
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0226.2166046
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.82132.4988864
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.82632.5038865
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 253 -
Rwork0.256 4903 -
obs--98.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9395-0.0876-0.2310.37290.11060.4331-0.0040.0878-0.2145-0.014-0.01820.068-0.0418-0.01410.02220.09920.02440.03260.0158-0.01490.069210.139290.2467-154.2491
20.9262-0.1759-0.23210.63050.0650.56860.03930.02510.1115-0.02950.03-0.1308-0.10860.0923-0.06930.121-0.00850.05060.0224-0.00690.048422.9797108.0407-156.1966
30.93010.09260.05670.54180.00140.49860.0049-0.09880.03050.08130.03650.1246-0.1002-0.0186-0.04140.15920.03950.05570.02210.01510.0388-5.0976109.2067-137.9903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 281
2X-RAY DIFFRACTION2M3 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3H11 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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