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- PDB-5lsa: human catechol O-methyltransferase in complex with SAM and DNC at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lsa
タイトルhuman catechol O-methyltransferase in complex with SAM and DNC at 1.50A
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : / catechol O-methyltransferase / renal filtration / developmental process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / Methylation / renal albumin absorption / habituation / artery development / response to salt / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / cellular response to phosphate starvation / glomerulus development / synaptic transmission, dopaminergic / O-methyltransferase activity / response to angiotensin / cellular response to cocaine / exploration behavior / response to food / cholesterol efflux / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / glycogen metabolic process / dopamine metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / : / behavioral fear response / response to amphetamine / methyltransferase activity / response to cytokine / visual learning / multicellular organism growth / response to toxic substance / memory / response to wounding / gene expression / methylation / response to oxidative stress / Potential therapeutics for SARS / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / axon / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / dendrite / magnesium ion binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-DINITROCATECHOL / S-ADENOSYLMETHIONINE / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ehler, A. / Lerner, C. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: human catechol O-methyltransferase in complex with SAM and DNC at 1.50A
著者: Lerner, C. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2016年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1365
ポリマ－24,4781
非ポリマー6584
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.021, 61.311, 44.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 24478.076 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21964, catechol O-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-DNC / 3,5-DINITROCATECHOL


分子量: 200.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→37.88 Å / Num. obs: 32181 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.47 % / Biso Wilson estimate: 21.029 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 8.53 / Num. measured all: 111776
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.540.6741.264697242619470.5970.86380.3
1.54-1.580.5711.676062233221720.7050.70693.1
1.58-1.630.58127688231422870.7760.69198.8
1.63-1.680.4832.527765223222220.8340.5799.6
1.68-1.730.4162.827789220121890.8980.4999.5
1.73-1.790.323.817390207520640.9320.37699.5
1.79-1.860.2724.497311201220090.9570.31999.9
1.86-1.940.2116.017110195019400.9540.24799.5
1.94-2.020.1737.156827186218590.9750.20399.8
2.02-2.120.1398.956619179417920.9810.16399.9
2.12-2.240.12210.46282170516940.9840.14399.4
2.24-2.370.10312.126031163416270.9880.12199.6
2.37-2.540.08813.715489150414960.990.10499.5
2.54-2.740.0814.835057138813790.9920.09399.4
2.74-30.0716.544829133613290.9930.08299.5
3-3.350.05619.894115116911620.9950.06699.4
3.35-3.870.04622.153682105510490.9960.05499.4
3.87-4.740.04223.8531438938870.9970.04999.3
4.74-6.710.03723.6724966886830.9980.04399.3
6.71-37.880.03325.6613944053940.9990.03997.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0057精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.5→37.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.846 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.088
詳細: there is a piece of unmodelled density close to the ligand binding site. nature of this density is unknown. clear density for ligands SAM and DNC.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2096 1512 5.1 %RANDOM
Rwork0.1673 ---
obs0.1694 28358 90.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 46.74 Å2 / Biso mean: 12.995 Å2 / Biso min: 6.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20.88 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→37.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1670 0 43 250 1963
Biso mean--10.42 29.51 -
残基数----214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6532.0022434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9932893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5645224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93625.06379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25415309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.715159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9841.51095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3071.5442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68121770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6833693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2634.5660
LS精密化 シェル解像度: 1.496→1.535 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 75 -
Rwork0.299 1330 -
all-1405 -
obs--57.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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