[日本語] English
万見
- PDB-5ls9: Humanized Archaeal ferritin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ls9
タイトルHumanized Archaeal ferritin
要素Ferritin, putative
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / chimeric protein ferritin metal binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Baiocco, P. / Trabuco, M.C. / Boffi, A.
引用ジャーナル: Nanoscale / 年: 2017
タイトル: Humanized archaeal ferritin as a tool for cell targeted delivery.
著者: de Turris, V. / Cardoso Trabuco, M. / Peruzzi, G. / Boffi, A. / Testi, C. / Vallone, B. / Celeste Montemiglio, L. / Georges, A.D. / Calisti, L. / Benni, I. / Bonamore, A. / Baiocco, P.
履歴
登録2016年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferritin, putative
B: Ferritin, putative
C: Ferritin, putative
D: Ferritin, putative
E: Ferritin, putative
F: Ferritin, putative
G: Ferritin, putative
H: Ferritin, putative
I: Ferritin, putative
J: Ferritin, putative
K: Ferritin, putative
L: Ferritin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,81514
ポリマ－244,76612
非ポリマー492
水23413
1
A: Ferritin, putative
B: Ferritin, putative
C: Ferritin, putative
D: Ferritin, putative
E: Ferritin, putative
F: Ferritin, putative
G: Ferritin, putative
H: Ferritin, putative
I: Ferritin, putative
J: Ferritin, putative
K: Ferritin, putative
L: Ferritin, putative
ヘテロ分子

A: Ferritin, putative
B: Ferritin, putative
C: Ferritin, putative
D: Ferritin, putative
E: Ferritin, putative
F: Ferritin, putative
G: Ferritin, putative
H: Ferritin, putative
I: Ferritin, putative
J: Ferritin, putative
K: Ferritin, putative
L: Ferritin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,62928
ポリマ－489,53224
非ポリマー974
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.797, 190.650, 176.537
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A3 - 166
2114B3 - 166
3114C3 - 166
4114D3 - 166
5114E3 - 166
6114F3 - 166
7114G3 - 166
8114H3 - 166
9114I3 - 166
10114J3 - 166
11114K3 - 166
12114L3 - 166

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.996976, -0.022951, -0.074238), (-0.028078, -0.784431, 0.61958), (-0.072455, 0.619791, 0.781415)-96.16295, 5.65209, -5.89815
3given(0.032308, 0.719893, 0.693332), (-0.996692, 0.074963, -0.031392), (-0.074573, -0.690025, 0.719934)-40.4479, -47.49412, -6.52906
4given(0.000414, -0.643547, -0.765406), (0.736742, -0.517352, 0.435383), (-0.676174, -0.564087, 0.473914)-55.53174, 39.82359, -37.43767
5given(-0.005502, 0.747752, -0.663956), (-0.684297, -0.486975, -0.542764), (-0.729182, 0.451357, 0.514364)-53.95459, -35.99173, -39.46035
6given(0.076869, -0.766257, 0.637919), (0.091721, 0.642534, 0.760748), (-0.992813, 3.3E-5, 0.119672)-38.40041, 10.72198, -54.92027
7given(-0.9998, 0.016341, -0.011563), (-0.013491, -0.1233, 0.992278), (0.014789, 0.992235, 0.123495)-107.73722, -1.95239, 1.57635
8given(0.996052, -0.084903, -0.025917), (0.042469, 0.712138, -0.700754), (0.077952, 0.696887, 0.712932)11.30689, 10.57649, 1.87554
9given(-0.040063, 0.602009, 0.797484), (0.997963, -0.015545, 0.061868), (0.049642, 0.798338, -0.60016)-44.93353, 61.99559, 0.47197
10given(0.007346, -0.678865, -0.734226), (-0.739618, 0.490462, -0.460882), (0.672987, 0.546433, -0.498498)-54.47013, -40.16656, 36.65425
11given(-0.02034, -0.748531, 0.662788), (0.68983, -0.490356, -0.532622), (0.723686, 0.446377, 0.526333)-56.40818, 38.5731, 38.6942
12given(-0.054979, 0.723098, -0.688554), (-0.117011, 0.68018, 0.723646), (0.991608, 0.120354, 0.047215)-44.19822, -1.95017, 52.65534

-
要素

#1: タンパク質
Ferritin, putative


分子量: 20397.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF_0834 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29424
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% Polyacrylic acid Tris pH 7.4 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87292 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87292 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.846
11K, H, -L20.154
反射解像度: 2.93→50 Å / Num. obs: 59926 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.93→3 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S3Q

1s3q


解像度: 2.93→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 23.569 / SU ML: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3019 3071 5.1 %RANDOM
Rwork0.2771 ---
obs0.2784 56823 89.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.88 Å2 / Biso mean: 70.446 Å2 / Biso min: 24.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.25 Å20 Å20 Å2
2---19.7 Å20 Å2
3----8.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.93→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16335 0 2 13 16350
Biso mean--58.26 40.17 -
残基数----1963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01916695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9981.94322473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.719336051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38551951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.89624.538899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.93153099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2341596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.22363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7657.0147840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7657.0147839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.57710.5189779
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2638 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.610.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.550.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.580.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.540.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.540.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.50.5
7GMEDIUM POSITIONAL0.580.5
8HMEDIUM POSITIONAL0.650.5
9IMEDIUM POSITIONAL0.550.5
10JMEDIUM POSITIONAL0.510.5
11AMEDIUM POSITIONAL0.630.5
12BMEDIUM POSITIONAL0.590.5
1AMEDIUM THERMAL12.262
2BMEDIUM THERMAL16.192
3CMEDIUM THERMAL15.212
4DMEDIUM THERMAL10.632
5EMEDIUM THERMAL10.92
6FMEDIUM THERMAL9.412
7GMEDIUM THERMAL11.342
8HMEDIUM THERMAL14.062
9IMEDIUM THERMAL10.282
10JMEDIUM THERMAL17.132
11AMEDIUM THERMAL10.042
12BMEDIUM THERMAL17.232
LS精密化 シェル解像度: 2.932→3.008 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.593 20 -
Rwork0.712 346 -
all-366 -
obs--7.45 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る