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- PDB-5lrp: Mopeia Virus Exonuclease domain complexed with Magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lrp
タイトルMopeia Virus Exonuclease domain complexed with Magnesium
要素Nucleoprotein
キーワードHYDROLASE / Mopeia virus / Exonuclease Magnesium
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mopeia virus AN20410 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.941 Å
データ登録者Yekwa, E.L. / Khourieh, J. / Canard, B. / Ferron, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-BSV8-0019 フランス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Activity inhibition and crystal polymorphism induced by active-site metal swapping.
著者: Yekwa, E. / Khourieh, J. / Canard, B. / Papageorgiou, N. / Ferron, F.
履歴
登録2016年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32021年3月17日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3056
ポリマ－47,1262
非ポリマー1794
水5,206289
1
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6533
ポリマ－23,5631
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6533
ポリマ－23,5631
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.439, 38.182, 137.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.99, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-859-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein


分子量: 23563.014 Da / 分子数: 2 / 断片: exonuclease domain, UNP residues 365-570 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mopeia virus AN20410 (ウイルス) / 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S581
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25 % (M/W) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月13日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.941→45.41 Å / Num. obs: 35271 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 14.88
反射 シェル解像度: 1.941→2.01 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 98.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSVERSION November 3, 2014データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q7B

3q7b


解像度: 1.941→45.41 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1712 4.86 %
Rwork0.195 --
obs0.1973 35224 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.941→45.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3302 0 4 289 3595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2234602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2791338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9411-1.99820.28751580.23312716X-RAY DIFFRACTION98
1.9982-2.06270.35011590.24022745X-RAY DIFFRACTION99
2.0627-2.13640.26251260.22752764X-RAY DIFFRACTION99
2.1364-2.22190.28091320.22492760X-RAY DIFFRACTION99
2.2219-2.32310.26621740.21182732X-RAY DIFFRACTION100
2.3231-2.44550.2571370.20682781X-RAY DIFFRACTION100
2.4455-2.59870.2481400.21672801X-RAY DIFFRACTION100
2.5987-2.79940.30041240.22472819X-RAY DIFFRACTION100
2.7994-3.0810.28071350.21682811X-RAY DIFFRACTION100
3.081-3.52670.2461320.19812840X-RAY DIFFRACTION100
3.5267-4.44270.20381510.1672805X-RAY DIFFRACTION100
4.4427-45.42390.20771440.16512938X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79870.4942-0.00840.5952-0.34452.19570.13250.0676-0.0213-0.1547-0.0973-0.03890.18490.01450.00090.22260.07850.01220.1167-0.0020.1859.05384.0997187.8651
20.691-0.0281-0.07080.2516-0.01660.0320.19390.65270.0177-0.31290.1691-0.2524-0.00260.31880.02390.25370.07430.05180.4325-0.00550.316780.92069.5394180.5877
30.91470.1778-0.34720.1476-0.12590.35270.23420.60180.3823-0.1252-0.10410.0265-0.004-0.39460.08130.26840.16160.03220.20820.06620.234957.333410.1022180.3136
40.27440.03310.31030.00220.03060.34380.11880.63060.01320.2578-0.118-0.128-0.16480.4997-0.15660.51860.11430.05540.1847-0.03680.443156.585727.5709201.9552
52.5004-0.57541.37911.4201-0.40623.5504-0.0785-0.1208-0.0808-0.07190.07050.0932-0.0628-0.2304-0.00010.17260.0593-0.01680.25050.01470.246445.085621.1117154.8285
60.0365-0.0666-0.12820.21580.34660.59370.4552-0.30330.27960.1349-0.3578-0.07940.5521-0.50770.06810.48110.117101.2276-0.06910.448322.581129.0894164.2417
70.3864-0.27420.09890.36720.36470.575-0.2677-0.21210.26810.11680.13730.0765-0.57880.0772-0.06610.32440.0554-0.02870.34810.00620.27247.627727.9141161.3566
80.1517-0.0826-0.08440.82270.30220.1275-0.169-0.48810.44530.2166-0.04890.337-0.3271-0.16220.00410.78330.0963-0.07890.3465-0.05430.503845.525842.7941141.4432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 365 through 511 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 512 through 527)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 528 through 561)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 562 through 570)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 365 through 511 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 512 through 527)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 528 through 561 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 562 through 570 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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