PDB-5lr8: Structure of plastidial phosphorylase Pho1 from Barley

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lr8

タイトル

Structure of plastidial phosphorylase Pho1 from Barley

要素

Alpha-1,4 glucan phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Starch / phosphorylase / plastidial

機能・相同性

機能・相同性情報

glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Hordeum vulgare var. distichum (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Cuesta-Seijo, J.A. / Ruzanski, C. / Kruzewicz, K. / Palcic, M.M.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Functional and structural characterization of plastidic starch phosphorylase during barley endosperm development.
著者: Cuesta-Seijo, J.A. / Ruzanski, C. / Krucewicz, K. / Meier, S. / Hagglund, P. / Svensson, B. / Palcic, M.M.

履歴

登録	2016年8月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lr8.cif.gz	684.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lr8.ent.gz	563.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lr8_validation.pdf.gz	483.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lr8_full_validation.pdf.gz	494.9 KB	表示
XML形式データ	5lr8_validation.xml.gz	57 KB	表示
CIF形式データ	5lr8_validation.cif.gz	78.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lraC 5lrbC 2zb2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lra-2 5lrb-1 5lrb-2 5lra-1 9751 4bqf-d 6brd-d 6lqg-d 2aw3-d 0944 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Alpha-1,4 glucan phosphorylase

B: Alpha-1,4 glucan phosphorylase

ヘテロ分子

213 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-1,4 glucan phosphorylase

ヘテロ分子

A: Alpha-1,4 glucan phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
213 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-1,4 glucan phosphorylase

ヘテロ分子

B: Alpha-1,4 glucan phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
213 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	229.210, 63.480, 148.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-1,4 glucan phosphorylase 分子量: 106013.734 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 44-968 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hordeum vulgare var. distichum (オオムギ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2E0G2, glycogen phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1M Na Citrate 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 51731 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 1.1144 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC_1/2: 0.666 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZB2

2zb2

解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 32.728 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.362 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25732	1600	3 %	RANDOM
R_work	0.21704	-	-	-
obs	0.21824	51731	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.261 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.67 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	-2.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13430	0	43	148	13621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	13872
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13077
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.97	1.954	18811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.701	3	30130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.483	5	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.736	24.441	662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.615	15	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.267	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	15754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.685	3.439	6768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.685	3.439	6767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.215	5.158	8459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.215	5.158	8460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.584	3.501	7104
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.583	3.499	7102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.034	5.227	10340
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.401	32.464	59512
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.401	32.465	59513
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.702→2.772 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.578	116	-
R_work	0.484	3752	-
obs	-	-	98.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3948	-0.063	0.5886	1.0607	-0.3629	1.8278	-0.2104	0.2397	-0.2031	-0.1085	0.1533	0.0351	-0.1493	0.074	0.0571	0.1978	-0.0949	-0.0034	0.1022	-0.0804	0.182	75.1131	0.7704	48.8733
2	1.6933	-0.1302	0.3822	1.4287	0.2989	1.8285	-0.1236	-0.293	-0.3144	0.282	0.1205	-0.0262	0.0097	-0.0275	0.0031	0.1797	0.0653	0.0208	0.0924	0.118	0.2065	7.8355	5.9383	18.4673
3	2.0035	0.2151	0.015	1.5158	0.2257	1.271	-0.1505	-0.1092	-0.1686	0.1225	0.1805	0.3434	-0.1283	-0.3595	-0.03	0.2203	0.0032	-0.0075	0.2322	0.0338	0.2533	46.2119	1.9336	52.3527
4	2.1785	-0.376	0.0778	1.309	-0.3192	1.3357	-0.122	0.0665	-0.2241	0.1179	0.1212	-0.227	-0.0272	0.3572	0.0008	0.2041	0.0549	-0.0382	0.202	0.0108	0.2037	36.8002	6.887	14.9016

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	68 - 495
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	69 - 495
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	553 - 968
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	553 - 968

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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