ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (dev_2481: ???)精密化 | xia2 | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→32.108 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 47.85
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2556 | 477 | 4.87 % |
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Rwork | 0.2456 | - | - |
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obs | 0.2461 | 5654 | 95.95 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→32.108 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 432 | 0 | 20 | 452 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 482 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.458 | 754 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d11.11 | 216 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.04 | 96 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 20 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.8702-2.1408 | 0.4501 | 135 | 0.4205 | 3066 | X-RAY DIFFRACTION | 94 | 2.1408-2.6969 | 0.3776 | 168 | 0.3604 | 3151 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.6969-32.1129 | 0.2159 | 174 | 0.1929 | 3098 | X-RAY DIFFRACTION | 96 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 6.2066 | -0.5523 | 4.5773 | 0.5572 | 0.2922 | 4.4375 | -0.0001 | -0.2765 | -0.203 | 0.0256 | 0.1248 | 0.1756 | -0.6674 | -0.2444 | -0.1886 | 0.3622 | -0.055 | 0.0688 | 0.4371 | -0.0333 | 0.3512 | -19.3608 | -5.3736 | -6.5122 | 2 | 0.5559 | -0.7945 | -0.5556 | 8.0803 | 5.379 | 3.564 | -0.2083 | -0.3169 | 0.6366 | 0.3823 | 0.2659 | 0.0439 | -0.36 | 0.1999 | -0.0812 | 0.4977 | -0.0341 | -0.0452 | 0.2947 | -0.0724 | 0.4125 | -9.6951 | 1.1084 | 6.5802 | 3 | 3.7416 | -1.5494 | -4.6139 | 3.7853 | 0.8601 | 8.5562 | 0.1213 | 0.8686 | 0.4086 | -0.2843 | 0.1194 | -0.0198 | 0.0935 | -1.4594 | -0.2123 | 0.5327 | -0.0651 | -0.089 | 0.569 | 0.087 | 0.4245 | -16.1937 | 4.4463 | 2.0926 | 4 | 7.8514 | 1.9154 | 1.6036 | 9.2779 | 2.2117 | 7.5033 | 0.284 | 0.538 | 0.1864 | -1.0719 | -0.5591 | 0.4815 | -0.2598 | -0.1245 | 0.284 | 0.331 | 0.1105 | -0.0055 | 0.4616 | 0.0205 | 0.2923 | -13.3101 | -7.3092 | -11.2635 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | (chain A and resid 1:6)2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | (chain A and resid 7:10)3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | (chain B and resid 1:5)4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | (chain B and resid 6:10) | | | |
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