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- PDB-5lq0: Crystal structure of Tyr24 phosphorylated Annexin A2 at 2.9 A res... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lq0
タイトルCrystal structure of Tyr24 phosphorylated Annexin A2 at 2.9 A resolution
要素Annexin A2
キーワードcalcium binding protein / tyrosine phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / positive regulation of vacuole organization / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of vesicle fusion / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / positive regulation of plasma membrane repair ...positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / positive regulation of vacuole organization / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of vesicle fusion / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / positive regulation of plasma membrane repair / positive regulation of plasminogen activation / PCSK9-AnxA2 complex / myelin sheath adaxonal region / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Schmidt-Lanterman incisure / vesicle budding from membrane / cornified envelope / plasma membrane protein complex / calcium-dependent phospholipid binding / negative regulation of receptor internalization / collagen fibril organization / Dissolution of Fibrin Clot / S100 protein binding / virion binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / osteoclast development / epithelial cell apoptotic process / positive regulation of receptor recycling / phosphatidylserine binding / positive regulation of exocytosis / basement membrane / regulation of neurogenesis / Smooth Muscle Contraction / fibrinolysis / cytoskeletal protein binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / lipid droplet / cell-matrix adhesion / response to activity / adherens junction / lung development / calcium channel activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / nuclear matrix / RNA polymerase II transcription regulator complex / calcium-dependent protein binding / azurophil granule lumen / melanosome / late endosome membrane / midbody / basolateral plasma membrane / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / vesicle / early endosome / endosome / lysosomal membrane / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Annexin A2 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A2 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ecsedi, P. / Gogl, G. / Kiss, B. / Nyitray, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Regulation of the Equilibrium between Closed and Open Conformations of Annexin A2 by N-Terminal Phosphorylation and S100A4-Binding.
著者: Ecsedi, P. / Kiss, B. / Gogl, G. / Radnai, L. / Buday, L. / Koprivanacz, K. / Liliom, K. / Leveles, I. / Vertessy, B. / Jeszenoi, N. / Hetenyi, C. / Schlosser, G. / Katona, G. / Nyitray, L.
履歴
登録2016年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A2
B: Annexin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6288
ポリマ－77,3882
非ポリマー2406
水1267
1
A: Annexin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8144
ポリマ－38,6941
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Annexin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8144
ポリマ－38,6941
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.450, 63.470, 268.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Annexin A2 / Annexin II / Annexin-2 / Calpactin I heavy chain / Calpactin-1 heavy chain / Chromobindin-8 / ...Annexin II / Annexin-2 / Calpactin I heavy chain / Calpactin-1 heavy chain / Chromobindin-8 / Lipocortin II / Placental anticoagulant protein IV / PAP-IV / Protein I / p36


分子量: 38693.918 Da / 分子数: 2 / 変異: A66E Y24(PTR) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANXA2, ANX2, ANX2L4, CAL1H, LPC2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07355
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6, 0.1 M magnesium chloride, 4% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.77 Å / Num. obs: 22187 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 9.14 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 18.67
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.33 % / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / % possible all: 99.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HYW

2hyw


解像度: 2.9→47.767 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 1102 4.98 %
Rwork0.2265 --
obs0.2282 22125 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5004 0 6 7 5017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6276844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6451931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.03210.40681460.32812602X-RAY DIFFRACTION100
3.0321-3.19190.34111420.28452556X-RAY DIFFRACTION100
3.1919-3.39180.34991160.27412646X-RAY DIFFRACTION100
3.3918-3.65360.31361250.29492510X-RAY DIFFRACTION96
3.6536-4.02110.35121270.2712575X-RAY DIFFRACTION97
4.0211-4.60260.23391550.18482611X-RAY DIFFRACTION100
4.6026-5.79720.20831380.18752693X-RAY DIFFRACTION100
5.7972-47.77340.17711530.17712830X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9113-0.1454-2.12241.764-0.8086.5380.0232-0.1852-0.0793-0.0551-0.20960.019-0.5165-0.04850.22750.49180.06060.00850.3495-0.06480.3199-16.832114.859-32.007
20.7951-0.677-0.74451.96060.53473.07760.09110.2749-0.1771-0.613-0.43660.4236-0.5119-0.64490.3130.5330.1309-0.14070.5657-0.1470.4688-16.06679.3687-65.3921
33.3850.7591-2.61244.09911.24613.94920.0809-0.1557-0.0076-0.16360.022-0.3061-0.28280.001-0.0870.48780.0549-0.08330.43680.03460.2482-3.169218.7765-48.8972
41.7654-0.1284-1.56292.48470.3284.8722-0.0245-0.34630.06220.0386-0.0585-0.317-0.40310.22390.06030.2687-0.0153-0.01020.3742-0.00340.4937-23.886514.90577.1291
53.97123.75591.72326.8391-0.23592.9179-0.47160.6166-0.5871-0.39890.4720.15650.1809-0.6177-0.09830.3524-0.08750.06270.3838-0.01060.4829-32.71120.364-13.0143
61.40280.61750.53332.64080.51283.0025-0.1791-0.0469-0.5721-0.17310.0036-0.35620.4482-0.01540.10940.32280.03440.17210.41320.07410.8084-26.0607-8.8129-3.3216
73.8239-1.56321.53134.71592.48557.94570.9693-1.1397-0.37960.6052-0.83840.05560.31260.0077-0.31320.41720.0182-0.10920.57510.19630.5639-20.59632.369819.3676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 21 through 92 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 93 through 276 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 277 through 339 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 23 through 164 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 165 through 187 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 188 through 324 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 325 through 339 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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