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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lou | ||||||
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タイトル | human NUDT22 | ||||||
![]() | Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 22 | ||||||
![]() | HYDROLASE / NUDIX | ||||||
機能・相同性 | GDP-mannose hydrolase activity / UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / nucleoplasm / metal ion binding / PHOSPHATE ION / Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT22![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Carter, M. / Stenmark, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human NUDT22 Is a UDP-Glucose/Galactose Hydrolase Exhibiting a Unique Structural Fold. 著者: Carter, M. / Jemth, A.S. / Carreras-Puigvert, J. / Herr, P. / Martinez Carranza, M. / Vallin, K.S.A. / Throup, A. / Helleday, T. / Stenmark, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35525.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.4M sodium phosphate monobasic, 0.8M potassium phosphate dibasic, pH 6.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→48.98 Å / Num. obs: 53860 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.17 % / Net I/σ(I): 19.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.19 % / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.8→48.983 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.983 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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