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- PDB-5loo: Structure of full length unliganded CodY from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5loo
タイトルStructure of full length unliganded CodY from Bacillus subtilis
要素GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
キーワードTRANSCRIPTION / GAF / wHTH / transcriptional regulator / CodY
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY, N-terminal / GTP-sensing helix-turn-helix, CodY, C-terminal / GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY / CodY GAF-like domain / CodY helix-turn-helix domain / GAF-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Global transcriptional regulator CodY
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Wilkinson, A.J. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBBS/B1213X 英国
Wellcome Trust082829/Z/07/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)GM042219 米国
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Branched-chain Amino Acid and GTP-sensing Global Regulator, CodY, from Bacillus subtilis.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E. / Young, V.L. / Belitsky, B.R. / Lebedev, A. / Sonenshein, A.L. / Wilkinson, A.J.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural rearrangement accompanying ligand binding in the GAF domain of CodY from Bacillus subtilis.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E. / Colledge, V.L. / Lebedev, A.A. / Williamson, D.C. / Sonenshein, A.L. / Wilkinson, A.J.
#2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2006
タイトル: The structure of CodY, a GTP- and isoleucine-responsive regulator of stationary phase and virulence in gram-positive bacteria.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E. / Joseph, P. / Sonenshein, A.L. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.42022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
B: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
C: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
D: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
E: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
F: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
G: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
H: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
I: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
J: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
K: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
L: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
M: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
N: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,46614
ポリマ－414,46614
非ポリマー00
水00
1
M: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

N: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2092
ポリマ－59,2092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_456-x-1,y,-z+11
2
N: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

M: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2092
ポリマ－59,2092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_456-x-1,y,-z+11
3
A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
B: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2092
ポリマ－59,2092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27970 Å2
手法PISA
4
C: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
D: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2092
ポリマ－59,2092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28390 Å2
手法PISA
5
E: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
F: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2092
ポリマ－59,2092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area28130 Å2
手法PISA
6
G: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
H: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2092
ポリマ－59,2092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
7
I: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
J: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2092
ポリマ－59,2092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area27910 Å2
手法PISA
8
K: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
L: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2092
ポリマ－59,2092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area28820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)315.628, 113.676, 168.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY / Vegetative protein 286B / VEG286B


分子量: 29604.713 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: codY, BSU16170 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P39779

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1M sodium citrate pH6.0, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 0.9804 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→20 Å / Num. obs: 29671 / % possible obs: 71.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.77
反射 シェル解像度: 4.5→4.58 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / % possible all: 71.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LOJ

5loj


解像度: 4.5→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.824 / SU B: 165.968 / SU ML: 2.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.999 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.42963 1479 5.1 %RANDOM
Rwork0.25054 ---
obs0.26008 27647 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 235.091 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2 Å20 Å211.4 Å2
2--8.16 Å20 Å2
3---2.83 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 4.5→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28154 0 0 0 28154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02228854
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.98138850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.20253626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.59825.2581358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.427155586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.07915196
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.24550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0221210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.216056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.218772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.071618728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.629729064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.707911313
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.361119786
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.611 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 113 -
Rwork0.357 1922 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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